Пришвин родился и провел детство в селе Хрущево Елецкого уезда Орловской губернии в усадьбе, доставшейся по наследству его отцу. Его племянник Андрей Пришвин вспоминал рассказы писателя: «Мы купцы. Дед в одних лапоточках в Елец пришел. Битую дичь возил в Москву, в Охотный ряд, и расторговался. А потом само пошло… Купец второй гильдии, потомственный почетный гражданин… Внукам – образование, имение купили… А в корне как мы были мужики – так и остались. Корень мужицкий, а человек из корня растет». Во многом благодаря матери для Пришвина не было отвлеченного понятия «народ», а были конкретные люди с конкретными судьбами и именами. Похожее отношение было и к природе. Нет абстрактной природы, а есть отдельное дерево, лес, речка, травинка и цветок. Мать сумела сформировать в сыне дисциплинированность и умение владеть своими чувствами. Отец Пришвина в одночасье потерял все, что было нажито предками. Он проиграл свое имение в карты, пятеро детей и жена оказались на грани нищеты. Только ценой невероятных усилий матери Пришвина удалось выкупить имение и на семейные средства дать детям образование.
Уже в 10 лет проявилась романтическая натура будущего писателя: мальчик с друзьями попробовал совершить побег в «Америку». При всей очевидной несерьезности этой затеи юным беглецам удалось все-таки провести на реке несколько дней. Для Пришвина это приключение детства на всю жизнь осталось неким символом и приобрело впоследствии мифическую окраску. Другим событием, повлиявшим на его дальнейшую жизнь, было знакомство с видным философом В. В. Розановым. Это знакомство началось не очень приятно: Розанов преподавал географию в Елецком училище, где учился Пришвин, и однажды Миша на уроке ему нагрубил, за что был отчислен из школы. Позже, однако, отношения были восстановлены и Пришвин признавался, что Розанов «вдохнул» в него «священное благоговение к тайнам человеческого рода».
Закончив шесть классов реального училища, юноша в 1893 году поступил в Рижский политехникум. Там он участвовал в деятельности «школы пролетарских вождей», распространял нелегальную марксистскую литературу, что привело впоследствии к аресту, ссылке и лишило его возможности получить образование в России.
Благодаря хлопотам матери ему удалось в 1900 году выехать в Германию и поступить в Лейпцигский университет. Он слушал лекции известных профессоров, увлекался классической музыкой (в частности Р. Вагнером) и натурфилософией И. В. Гёте. Пришвин получил лучшее по тем временам образование в области естественных и философских наук. Именно в стенах университета, в Германии, Пришвин пришел к убеждению, что истинная свобода заключена в душе человека.
В 1902 году в Париже Пришвин встретил свою первую любовь. Он испытал чувство, которое на долгие годы окрасило в грустные романтические тона его жизнь. Предметом его любви явилась В. Измалкова, студентка Сорбонны. Вспыхнувшее чувство окончилось трагическим разрывом. Девушка почувствовала, что любят не ее, а мечту.
Вернувшись на родину, Пришвин стал работать агрономом. Свой путь в литературу он не случайно впоследствии назвал «тележным» – он занимался земледелием, фольклористикой, этнографией, корреспондентской работой, писал очерки. Близкое общение с людьми, внимательное отношение к языку способствовали увлечению выразительной народной речью: «Я шел путем всех наших крупнейших писателей, шел странником в русском народе, прислушиваясь к его говору», – вспоминал писатель.
Летом 1906 года Пришвин познакомился с этнографом Н. Е. Ончуковым и совершил вместе с ним, по заданию Русского географического общества, поездку по русскому северу для сбора сказок и былин. Главным результатом поездки явилась книга «В краю непуганых птиц. Очерки Выговского края» (1907), основу которой составили впечатления от экспедиции. Именно в этой книге наметился новый для русской литературы взгляд на тему «человек и природа». Творчество Пришвина оказалось в пограничном пространстве – между наукой и искусством. Объективность изображения, научная точность историка, географа, этнографа, достоверность деталей соседствовали у него с пантеистическим восприятием мира.