В 1927–1930 годах Пришвину удалось благодаря поддержке Горького издать собрание сочинений в 7 томах. Появление 7-го тома – «Журавлиная родина» – совпало с началом травли Пришвина в печати. На него обрушился РАПП с обвинениями в «биологизме», «наивничанье» и «неверии в конечные цели революции», в отсутствии «советского духа» и незнании языка. Писатель был на грани самоубийства, его мучило состояние личной и творческой несвободы. Между тем в творчестве Пришвина открывается, по словам Горького, «совершенно новое мироощущение». На мировоззрение писателя большое влияние оказывают философские и научные идеи эпохи о космическом сознании, например идея «всеединства», т. е. родственной близости всех элементов бытия. Пришвин увлекся книгами известного мыслителя А. Лосева «Античный космос и современная наука», В. Вернадского «Биосфера». По теории последнего, биосфера и человек – это единая система, изменить которую можно лишь по воле человека и с помощью его разума. Конечное состояние биосферы, когда человеком вносятся глобальные изменения в естественную среду, называется ноосферой. В ноосфере происходит замена антропоцентризма на антропокосмизм, устраняется противостояние человека и природы. На основе этой теории возникает тезис Пришвина: «Мы – дети солнца».
В 1931 году Пришвин отправился в поездку на Урал и Дальний Восток, а в 1933 году в числе других писателей ездил на строительство Беломорского канала. Свои впечатления прозаик объединил в книгу очерков «Золотой рог» (1931), где картины природы Сибири соседствуют с историями автора-рассказчика.
В поэтической повести «Жень-шень» («Корень жизни», 1933) сильно лирическое начало, связанное с переживаниями героя. Встреча с природой поначалу не отвлекает героя от печальных раздумий, а бередит душу, но постепенно излечивает его, возвращает к жизни и радости. «Жень-шень» – это итоговое произведение писателя. Это роман об утрате иллюзий и об обретении истинного счастья через единение с людьми и природой. Природа у Пришвина – живая, одухотворенная: океан дышит, у оленя – человеческие глаза, внутри камня бьется чуткое сердце природы.
В 1920-1930-е годы писатель много внимания уделяет произведениям для детей. Выходят его сборники «Еж» (1928), «Луговка» (1928), «Зверь-Бурундук» (1935), «Журка» (1938), «Серая Сова» (1938), «Дедушкины валенки» (1941). Пришвин очень серьезно относился к творчеству для детей, считая, что детский рассказ является пробным камнем для писателя. Его книги познавательны и светлы, они увлекают ребенка, будят юное воображение.
В конце 1930-х годов в жизни Пришвина происходит духовный переворот, завершается долгий путь к «Невидимому граду» христианства, к церкви, положивший начало новому этапу творчества – «радостному творчеству христианского космоса любви». Этому способствовала женитьба на В. Лебедевой. В 1940 году создана книга «Лесная капель», в нее вошли поэма «Фацелия» и лирические миниатюры «Лесная капель». «Фацелия» – самая любимая поэма писателя, он ее называл «Песнь песней». Фацелия – это трава с синими цветами – символ любви, поэтому поэма посвящена Вере Дмитриевне Пришвиной – жене писателя. В этом произведении – ощущение подлинного счастья, которое испытал писатель в личной жизни. Образ любимой женщины в поэме собирательный. Здесь присутствует и горький привкус утраченной первой любви, не покидающий автора.
В военные годы Пришвин пишет «Повесть нашего времени» (1941), цикл рассказов «Ленинградские дети», или «Рассказы о прекрасной маме». Писатель создает замечательный образ русской женщины, которая стала «прекрасной мамой» тремстам детям-сиротам. Пришвину удается вернуть первоначальный смысл заштампованному выражению и символу «Родина-мать». В 1945 году появилась сказка-быль «Кладовая солнца», основной темой которой стало становление детских характеров, единство человека и природы. Это произведение было удостоено первого места на конкурсе Министерства просвещения РСФСР на лучшую книгу для детей. Для послевоенного творчества писателя характерна сказочная тема. Именно в ней он видит неограниченные возможности для соединения мечты и реальности, для осуществления идей религиозного преображения мира. Повесть-сказка «Корабельная чаща» (1953) вышла в свет уже после смерти писателя и стала его духовным завещанием. Герой «Корабельной чащи» – человек – властелин природы и Земли, но в то же время и ее часть.
В течение почти 20 лет Пришвин работал над романом-сказкой «Осударева дорога», в основе которого лежат впечатления от двух поездок в Заонежье и на строительство Беломорканала. Этот роман является авторской исповедью и трудом всей жизни. В произведении переплетены история и биографии современников. Рождение нового человека – сквозная тема произведения – решается Пришвиным в духе христианства.