Все эти проблемы расшатали здоровье императора, вызывали у него резкое обострение то ли наследственного, то ли благоприобретенного заболевания нервной системы, что позволило многим его современникам прямо называть монарха «безумным», а потомкам — шизофреником. Как правило, обострение случалось после неудачных войн и неудачных попыток религиозных реформ. Так, императору не удалось дать отпор войскам Османской империи, дважды проваливалась затея Рудольфа II рекатолизировать протестантов Венгрии и Богемии, только случай спас монарха от дворцового переворота, едва не осуществленного одним из его вельмож И. Попелом.
Неудачей закончилась попытка самодержца подавить венгерское восстание 1604 — 1606 гг. под руководством И. Бочкаи. На руку повстанцам сыграли братья государя Матиас и Максимилиан, вместе с другими членами имперской семьи объявившие Рудольфа II душевнобольным, из-за чего король вынужден был пойти на ряд уступок венгерским феодалам.
В результате дальнейших интриг самого Рудольфа, его родни и феодалов император лишился в 1608 г. Верхней и Нижней Австрии, Венгрии и Моравии. Оставшись номинальным правителем Чехии, Силезии и Лужиц, король не смог противостоять натиску сословий, жаждавших свободы вероисповедания, и вынужден был подписать в 1609 г. так называемую Грамоту величества, уравнивавшую в правах гуситов и католиков.
Последние два года правления венценосца были омрачены его дальнейшими уступками чешской аристократии, вступившей в сговор с Матиасом, которому, в конце концов, и передал Рудольф II свою последнюю корону, оставшись, правда, императором фактически несуществующей империи. Это случилось 23 мая 1611 г. после неудавшейся авантюрной попытки Рудольфа «наказать» Прагу силами наемников.
Через 7 месяцев, 20 января 1612 г., император скончался от легочной инфекции. Похоронен в соборе Святого Вита в Праге. Его преемником стал Матиас II Габсбург.
Посмертная слава Рудольфа II оказалась счастливее прижизненной. Уж слишком много добрых дел сделал король для процветания Праги, для чешской культуры и европейской науки. Из всей династии австрийских Габсбургов, правивших Чехией 400 лет, лишь Рудольф II стал символом Праги.
Как отмечали биографы, именно неудачи правления вызвали в самодержце увлечение наукой (астрономией и минералогией), оккультными учениями, живописью, скульптурой, архитектурой.
Надо признать, что науки Рудольф развивал в поисках эликсира бессмертия, рецепта получения золота, Философского камня. Для этих целей он пригласил в Прагу из разных стран многих знаменитых алхимиков и великих ученых — лекаря и естествоведа Т. Гаека из Гайку, анатома и хирурга Я. Есениуса, астрономов И. Кеплера и Т. Браге.
Я. Есениус провел в 1600 г. первое прилюдное вскрытие тела повешенного и издал 300-страничную книгу, посвященную этому событию.
Т. Браге первым в Европе начал проводить систематические и высокоточные астрономические наблюдения. В 1601 г. астроном умер в Праге и «по приказу императора Рудольфа II был похоронен с рыцарскими почестями в пражском Тынском соборе (надо подчеркнуть, что погребение протестанта в католическом соборе было в те годы событием невероятным)».
«Основываясь на точных измерениях Т. Браге и его каталоге 777 звезд, И. Кеплер вывел законы небесной механики... Кеплер, проведя в Праге 12 самых плодотворных лет жизни, опубликовал научные труды, главные из которых „Новая астрономия“, „Разговор со „Звездным вестником““, „Рудольфовы таблицы“».
Д. Бруно написал в Праге книгу «Сто шестьдесят тезисов против современных математиков и философов» и посвятил ее Рудольфу II, благосклонно принявшему философский труд.
В столицу империи устремились астрологи, чернокнижники, маги, чародеи, шарлатаны со всей Европы. Покровительствуя прибывшим, монарх превратил свою резиденцию в перестроенном им Старом дворце в центр алхимической науки, а сам получил прозвище германского Гермеса Трисмегиста. Тем не менее через эксперименты алхимиков Рудольф II способствовал развитию химической науки, решению насущных задач медицины, горного дела, металлургии.
Резиденция монарха была отдана не только ученым и алхимикам. Рудольф разместил в ней 3000 картин и 2500 скульптур, превратив свой дворец в музей мирового уровня. В собрании были полотна А. Дюрера, Л. ван Лейдена, Л. да Винчи, Корреджо, Тициана, Рубенса, Рафаэля, Брейгеля Старшего, И. Босха, Кранаха Старшего, Гольбейна Младшего и других. По подсчетам, живопись обошлась императору в 17 млн гульденов. «Страсть императора не ограничивалась только изобразительным искусством: он собирал часы, научные приборы и весьма сомнительные реликвии, например гвозди из Ноева ковчега или флакончики с прахом, из которого Бог якобы сотворил Адама».
Монарх покровительствовал знаменитым художникам и скульпторам — немецкому живописцу и графику Х. фон Аахену, итальянскому живописцу и декоратору, предтече сюрреализма Дж. Арчимбольдо, нидерландскому скульптору, ваявшему в бронзе, А.де Врису, Б. Спрандеру, П. Стевенсу и другим.