Весной 1894 года Александр III и Мария Фёдоровна вынуждены были уступить желанию сына. Началась подготовка к свадьбе. Но прежде чем её успели сыграть, 20 октября 1894 года Александр III умер. Ни для кого смерть императора не была более значимой, чем для 26-летнего молодого человека, унаследовавшего его трон. «Я увидел слёзы в его глазах, — вспоминал великий князь Александр. — Он взял меня под руку и повёл вниз, в свою комнату. Мы обнялись и заплакали оба. Он не мог собраться с мыслями. Он знал, что сейчас стал императором, и тяжесть этого ужасного события сразила его… „Сандро, что я должен делать? — восклицал он патетически. — Что же должно произойти со мной, с тобой… с Аликс, с матерью, со всей Россией? Я не готов быть царём. Я никогда не хотел быть им. Я ничего не понимаю в делах правления. У меня даже нет понятия, как разговаривать с министрами“».
На другой день, когда дворец задрапировали в чёрное, Аликс приняла православие и с этого дня стала именоваться великой княгиней Александрой Фёдоровной. 7 ноября произошло торжественное погребение покойного императора в Петропавловском соборе в Петербурге, а через неделю состоялось бракосочетание Николая и Александры. По случаю траура не было торжественного приёма и свадебного путешествия. Весной 1895 года Николай перевёз свою жену в Царское Село. Они поселились в Александровском дворце, который оставался главным домом императорской четы в течение 22 лет. Всё здесь было устроено согласно их вкусам и желаниям, и поэтому Царское всегда оставалось их любимым местом. Николай обычно вставал в семь, завтракал и исчезал в своём рабочем кабинете, чтобы начать работу. По складу характера он был одиночкой и предпочитал всё делать сам. В 11 часов император прерывал занятия и шёл гулять по парку. Когда появились дети, они неизменно сопровождали его в этих прогулках. Обед в середине дня был официальной церемониальной процедурой. Хотя императрица обычно отсутствовала, Николай обедал с дочерьми и членами своей свиты. Еда начиналась по русскому обычаю с молитвы. Ни Николай, ни Александра не любили дорогих сложных блюд. Большое удовольствие он получал от борща, каши, отварной рыбы с овощами. Но любимым блюдом императора был жареный молодой поросёнок с хреном, которого он запивал портвейном. После обеда Николай совершал прогулку верхом по окрестным сельским дорогам в направлении Красного Села. В 4 часа семья собиралась за чаем. Согласно этикету, введённому ещё Екатериной II, к чаю подавались только сухари, масло и английские бисквиты. Пирожные и конфеты не допускались. Прихлёбывая чай, Николай бегло просматривал газеты и телеграммы. Затем он возвращался к своей работе, принимая между 17 и 20 часами поток посетителей. Ровно в 20 часов все официальные встречи заканчивались, и император мог идти ужинать. Вечером Николай часто сидел в семейной гостиной, читая вслух, в то время как жена и дочери рукодельничали. По его выбору это мог быть Толстой, Тургенев или его самый любимый писатель Гоголь. Но мог быть и какой-нибудь модный роман. Личный библиотекарь государя отбирал для него по 20 самых лучших книг в месяц со всех стран мира. Иногда вместо чтения семья проводила вечера, наклеивая фотографии, сделанные придворным фотографом или ими самими, в зелёные кожаные альбомы с тиснёной золотой царской монограммой. Конец дня наступал в 23 часа с сервировкой вечернего чая. Прежде чем удалиться, Николай делал записи в своём дневнике, а затем принимал ванну, ложился в постель и обычно сразу засыпал. Отмечают, что в отличие от многих семей европейских монархов, русская императорская чета имела общую кровать.
30 июля (12 августа) 1904 года в императорской семье родился пятый ребёнок. К великой радости родителей это оказался мальчик. Николай записал в своём дневнике: «Великий незабвенный для нас день, в который так явно посетила нас милость Божья. В 1 час дня у Аликс родился сын, которого при молитве нарекли Алексеем». По случаю появления наследника по всей России палили пушки, звонили колокола и развевались флаги. Но спустя несколько недель императорская чета была потрясена ужасной вестью — оказалось, что их сын болен гемофилией. Следующие годы прошли в тяжёлой борьбе за жизнь и здоровье наследника. Любое кровотечение, любой укол мог закончиться его смертью. Мучения горячо любимого сына разрывали сердце родителей. Особенно тягостно сказалась болезнь Алексея на императрице, которая с годами стала страдать истерией, она сделалась мнительной и крайне религиозной.