Карл, избавившись от ужасной опасности, собрал войска, подступил к Парижу и отрезал подвоз продовольствия. Как обычно в подобных случаях, в городе началась вражда партий. В ночь на 1 августа между сторонниками и противниками Марселя вспыхнуло сражение, в котором Марсель был убит. Его враги пригласили Карла возвратиться в столицу. 3 августа дофин вступил в Париж, приветствуемый радостными криками народа. Он милостиво отвечал горожанам, но тогда же распорядился схватить всех зачинщиков восстания, которые не успели бежать, и немедленно казнить их. Расправа была жестокой, но короткой. Уже 10 августа Карл обнародовал амнистию. За эту неделю он успел отчасти пополнить свою казну конфискованным имуществом казнённых. Затем дофин пошёл против Карла Наваррского, который в дни восстания руководил обороной Парижа, и осадил его в Мелене. 21 августа 1359 года наваррский король был принуждён заключить в Понтуазе мирный договор с дофином. Тогда Карл объявил незаконными все решения Генеральных штатов, касающиеся ограничения королевской власти, и восстановил в полном объёме свои полномочия. После трёхлетней борьбы ему удалось преодолеть большую часть внутренних затруднений и усмирить смуту. Оставалось прекратить внешнюю войну. В марте 1360 года англичане подошли к Парижу и начали его осаду. Вся страна вокруг столицы была страшно опустошена. В апреле в селении Бретиньи начались переговоры. В мае было заключено перемирие, а в октябре Иоанн подписал окончательный мир. Его условия были очень тяжелы для Франции: английский король Эдуард III отказался от претензий на французский престол, но присоединил к своему королевству провинции Сентонж, Бигорр, Перигор, Лимузен, Керси, Пуату, Понтье и Гиень. За освобождение Иоанна II был назначен выкуп в размере 3 миллионов золотых экю. Карл согласился принять этот договор, так как изнурённое королевство более не в силах было продолжать войну. Но, очевидно, он уже тогда не собирался исполнять его.
Через четыре года после этого печального события король Иоанн умер в плену у англичан. Карл наследовал после него королевскую власть, которой фактически обладал уже несколько лет. Он был государь благоразумный и осмотрительный, имевший самые высокие понятия о королевском долге. Подобно своему предку Людовику Святому, он отличался мягкостью и искренним благочестием. Однако в нём не было ничего рыцарского: турниры, поединки, война совсем не занимали его. Карл проводил время в работе, серьёзных размышлениях, совещаниях, в неутомительных прогулках и учёных беседах. Как и любой государь нового времени, Карл уделял исключительное внимание финансам, которые получил по наследству от отца в самом расстроенном состоянии. Чтобы поправить положение, он ввёл целый ряд новых налогов, причём делал это поначалу без всякого одобрения Генеральных штатов, а потом — вопреки их прямому запрету. Полученные деньги он тратил очень вдумчиво и целенаправленно, избегая лишних расходов, ввёл строгую отчётность и контроль за сбором и расходом денег. Он постарался создать хорошую наёмную армию и возродить королевский флот. Это было тем более необходимо, что мир с Англией продолжался всего восемь лет, а мир с Карлом Наваррским и того меньше. Сам король был человеком слабого здоровья, он не любил ратных трудов и был плохим военачальником. Поэтому настоящей находкой стал для него Бертран дю Геклен, бедный бретанский рыцарь, которого он за его исключительные таланты сделал первым полководцем. После смерти герцога Бургундского король наваррский требовал себе его владения, но Иоанн передал их своему сыну Филиппу. В 1362 году Карл решил силой овладеть бургундским наследством, однако получил твёрдый отпор: весной 1364 года дю Геклен разбил наваррцев в битве при Кошереле и принудил их короля заключить мир.