Он начал с того, что велел казнить 45 главных приверженцев Антигона, а всё их имущество забрал себе. Гиркана II, отпущенного парфянами, Ирод лишил первосвященства, но сохранил ему свободу как частному человеку. Первосвященником он провозгласил шестнадцатилетнего брата своей жены Аристобула. Сделал он это, впрочем, не по собственному желанию, а для того чтобы угодить тёще Александра. Но вскоре он понял, что совершил ошибку. Ибо когда Александр в первый раз приступил к алтарю, чтобы принести жертву, его красота и статность вызвали в народе бурное ликование. Сам царь, имевший множество недоброжелателей, далеко не пользовался такой любовью. Ирод сообразил, что со временем этот юноша, происходивший к тому же из царского рода Хасмонеев, станет для него опасным конкурентом, и распорядился умертвить его. Короткое время спустя Александра утопили во время купания в пруду. Этому преступлению постарались придать вид несчастного случая, но все понимали, что произошло гнусное убийство. Весть о нём дошла до Антония, и Ироду пришлось ехать в Египет, чтобы отвести возводимые на него обвинения. Враги опять ожидали, что эта поездка окончится его казнью, но Ирод сумел во всём оправдаться и даже приобрёл ещё большее расположение триумвира.
По его поручению в 31 году до Р.Х. Ирод предпринял войну против арабов. Сначала иудеи одерживали в ней победы, но потом потерпели сокрушительное поражение у Канафы в Келесирии. Едва Ирод успел оправиться от разгрома, как на его долю выпали новые испытания — сначала пришло известие о победе Октавиана над армией Антония в битве при Акциуме. А затем Иудею постигло сильнейшее землетрясение, во время которого погибло более 30 тысяч человек. Все города лежали в развалинах. От этих многочисленных бедствий иудеи начали терять мужество, однако Ирод сумел воодушевить их речами, вновь выступил против арабов и в сражении под Филадельфией (за Иорданом) одержал над ними победу. Избавившись от одной опасности, он должен был пустить в ход всё своё искусство, чтобы отвести от себя другую. Октавиан, разгромивший Антония, двинулся вслед за ним на Восток. Многолетнее господство Антония кончилось. Казалось невероятным, чтобы Ирод, известный своей тесной дружбой с этим триумвиром, мог бы теперь остаться безнаказанным. Он и сам ощущал шаткость своего положения и прежде всего постарался избавиться от своего бывшего повелителя Гиркана II, который мог стать для него опасным конкурентом. Старика обвинили в тайных сношениях с арабским царём и поспешно казнили. Тёщу и жену Ирод поместил в Александреуме и приказал немедленно убить их, если придёт известие о его казни. Сделав такие распоряжения и вручив власть брату Ферору, он отправился навстречу императору в Родос. Когда ему удалось добиться аудиенции, он явился к Октавиану без диадемы, но во всём прочем царском убранстве. При встрече он в полной мере высказал всю свою неустрашимость, а именно, не прибег, как то делается обыкновенно в таких случаях, к просьбам и не высказал ни малейшего опасения за все свои совершённые поступки, но безбоязненно дал отчёт о своём поведении. Он рассказал императору о своей большой дружбе с Антонием, о том, что он не участвовал в его походах, так как сам был вовлечён в войну с арабами, но посылал ему деньги и хлеб. И даже позже, после поражения при Акциуме, он не перешёл на сторону того, кому улыбнулось счастье, но остался товарищем того, кому обязан был своим теперешним высоким положением. Этой прямой и независимой речью Ирод добился того, чего никогда не смог бы приобрести иным путём. Октавиан вновь возложил на его голову диадему, оставил без внимания все доносы против Ирода и просил только об одном — чтобы он был ему таким же другом, каким раньше был Антонию. В дальнейшем император включил его в число своих друзей и всегда оказывал ему исключительное внимание. Он не только закрепил за Иродом все его прежние владения, но и присоединил к его царству ещё Гадару, Гиппос и Самарию, а также приморские города Газу, Анфедон, Яффу и Стратонову башню. Таким образом, Ирод ничего не утратил в своём положении и даже укрепил его, чем крайне поразил своих врагов, ожидавших совершенно обратной развязки.