Принятые в число братьев становились полноправными членами общежитий только после искуса и наставлений, даваемых опытными, «истинными» монахами. В каждой «лавре» монахи делились на декурии. Для каждых двадцати братий возводилось особое помещение, в котором они жили под надзором и руководством домоправителя, причем разделение монахов на декурии совпадало с разделением их по роду занятий. В общем доме у каждого была своя келья, двери которой всегда держали открытыми. Три-четыре дома составляли трибу, каждая из которых в течение недели выполняла общие монастырские работы, заведуя церковью, кухней и т. д. Утром и вечером все собирались на общую молитву, по субботам и воскресеньям — на литургию. Три раза в неделю «старшие» наставляли братьев в вере и монашеской жизни, разъясняли им их недоумения. «Старшие» же руководили и чтением братьев, указывая, какие им следует брать книги из монастырской библиотеки, а также отвечали на возникшие после чтения вопросы.
Таким образом, религиозная жизнь братии в обители Пахомия Великого определялась одинаковой для всех формой более, чем в лаврах и монастырях, живших по уставу Антония Великого. Этим был положен предел личной религиозной инициативе, и желающий спастись, вступая в монастырь преподобного Пахомия, признавал и установленный в нем образ жизни. Подчиняя свою волю монастырскому уставу, он мог проявлять свое религиозное рвение только в рамках, установленных традицией монастыря. Такая традиционная форма жизни, устраняя проявления возможного индивидуализма, сильнее влияла на среднюю массу вступающих, воспитывала их и не позволяла отступать назад.
Отдельные общежития не теряли связи друг с другом. Два раза в год все монахи должны были собираться в главном монастыре, настоятелю которого подчинялись «отцы» других монастырей. Узы эти были не только религиозными, т. к. все сработанное монахами доставлялось в Бафуа, где главный эконом распределял все между отдельными монастырями сообразно их нуждам. Излишки же отправляли в соседние города и даже в Александрию. Поэтому, несмотря на все старания преподобного Пахомия оградить монастырь от мира, связь эта постоянно крепла и развивалась.
Так, под неограниченной властью главного настоятеля жила крепкая и единая организация, к тому же монахи обеспечивали свое существование собственным трудом и торговыми отношениями с мирянами. В результате труд — нетвердый источник существования одиноких анахоретов и лавр — стал основой жизни в монастырях Пахомия Великого. Спасение души на собственный страх и риск заменилось спасением ее в определенных формах монастырской жизни, созданных сознательно и обдуманно. Жизни одинокого пустынника была противопоставлена общежительная жизнь монахов. И в то же время монахи, продавая свои товары, были связаны с мирянами.
Мудрость наставлений преподобного Пахомия привлекала к нему пустынников из соседних стран, даже если они и не находились под его управлением. Но в духовных своих поисках они искали его помощи, за которой настоятели и других монастырей в затруднительных случаях обращались к угоднику Божию как к человеку, получившему небесное просвещение. Не только из Египта, но с Запада и из Армении приходили к Пахомию Великому, а из его монастырей много иноков заняли епископские кафедры.
Казалось, что благочестие обителей, так хорошо и прочно устроенных, будет сохраняться долго. Но велика слабость человеческая! И будущая печальная участь их обителей не сокрылась от преподобного Пахомия. Однажды во время молитвы открылось ему, что одни из его братий окружены пламенем, из которого не могут выйти; другие так запутались в терниях, что они колют их со всех сторон; третьи стоят на краю пропасти и не могут отойти от нее. В другой раз, когда Пахомий молился о будущем обителей, перед его глазами предстал ров, наполненный иноками. Только начнут они подниматься, чтобы выбраться оттуда, как приходят другие и не выпускают их. Только немногих, которым с трудом удалось выбраться изо рва, осиял небесный свет. С рыданием упал преподобный на землю и стал громко взывать: «Господи! Если такова судьба иноков, то зачем Ты захотел, чтобы была киновия и монастыри? Помяни завет Твой, в котором Ты обещал до конца сохранить сослужащих Тебе! Ты знаешь, что с тех пор, как я принял на себя иноческий сан, я смирялся пред Тобою, не вкушал досыта хлеба и воды». И услышал в ответ слова: «Не хвались, слабый человек, но проси прощения. Все держится Моим милосердием».
Пахомий упал на землю и стал смиренно молить о прощении, и явился ему Господь и сказал: «Семя твое духовное не оскудеет до конца века. А из тех иноков, которые будут после тебя, многие выйдут из глубины мрачного рва и явятся высшими нынешних иноков, потому что без руководителей спасутся; иные спасутся через напасти и скорби, и явятся равными великим святым».