Киево-Печерскому монастырю благоволили все киевские князья, делавшие в него богатые вклады, но все эти украшения были разграблены татарами в 1240 г., и «небеси подобная» церковь оставалась в запустении более 200 лет. В 1470 г. усердием князя Симеона Олельковича она была восстановлена и украшена, но через 12 лет – после нашествия хана Менгли-Гирея – снова запустела, и начала восстанавливаться только во второй половине XVI в.
Важной святыней Великой церкви были святые мощи угодников Божьих, почивавшие в разных местах ее. Например, в правой стороне, перед алтарем святого архистратига Михаила, в кипарисовой раке покоился череп великого равноапостольного князя Владимира, просветившего Русь верой Христовой. Глава князя была обретена митрополитом Петром Могилою между развалинами Десятинной церкви, основанной самим князем Владимиром.
Эта церковь, возводившаяся во имя Рождества Пресвятой Богородицы, строилась на десятую часть доходов, выделенных князем Владимиром от своего имения, поэтому ее часто называли Десятинной. После смерти он был погребен в ней в великолепной каменной гробнице: кисть руки святого князя находится в Софийском соборе, а нижняя челюсть – в Успенском соборе Московского Кремля.
Десятинная церковь существовала до 1240 г., а потом татары под предводительством хана Батыя разорили ее. От храма не уцелело ни одной стены, и почти 400 лет он лежал в развалинах. В 1635 г. митрополит Петр Могила захотел восстановить храм Святого равноапостольного князя Владимира и в новопостроенной церкви поставил образ Святителя Николая, отчего в народе она стала называться «Церковью Николая Десятинного».
Митрополит Петр Могила, по обыкновению своему посещавший святые храмы каждую субботу, однажды пошел в церковь Святителя Николая. После молитвы он вышел из храма и, обозревая окрестности, случайно увидел недалеко от церкви небольшую ямку. Когда по повелению митрополита ее раскопали, то нашли два каменных гроба, в которых (как потом установила синодальная комиссия) лежали останки князя Владимира и супруги его – греческой царевны Анны. Голову князя сначала положили в церкви Преображения Господня, а потом перенесли в Великую церковь Киево-Печерской лавры.
В левой части церкви, у южной стороны придела святого архидиакона Стефана, в серебряной раке открыто почивали нетленные мощи святителя Михаила – первого митрополита Киевского, который был сподвижником князя и в 988 г. крестил 12 его сыновей и весь русский народ. В этом же приделе, возле южной стены, под золотой с нью находился серебряный ковчег с изображением святого первомученика Стефана, побитого камнями еще в первые века христианства за проповедь среди евреев веры Христовой. В раке хранилась часть мощей (в частности, указательный палец) святого первомученика Стефана: мощи эти в 1717 г. были принесены из молдавского Нямецкого монастыря архиепископом романским Пахомием, который 8 лет жил в Лавре и скончался в 1724 г.
В приделе Иоанна Богослова, под золотой с нью, находится кенотафия с частицами мощей святых, пророков, апостолов, святителей и мучеников. Здесь же хранятся часть древа трапезы Христовой, часть ризы Господней, капля крови Иоанна Крестителя, часть мира великомученика Дмитрия Солунского.
В 1718 г. пожар уничтожил многие надгробия, находившиеся в Великой церкви. Сохранились только величественная гробница князя Острожского да смиренное надгробие архимандрита Иннокентия Гизеля – уроженца Пруссии, в 1684 г. перешедшего из лютеранства в православие и ставшего благодетелем и покровителем киевских школ. На дворе церкви Успения лежал камень, под которым почивали останки двух страдальцев, обезглавленных не на поле брани. Здесь покоился прах генерального судьи Василия Кочубея и полковника Ивана Искры, безвинно казненных в 1708 г. злой волей украинского гетмана Мазепы… Рядом с ними – выдающегося государственного деятеля П. А. Столыпина, убитого в Киеве в 1911 г.
После Октябрьской революции на территории Лавры была создана сельскохозяйственная и ремесленная трудовая артель, а церковные ценности советская власть изъяла. В 1923 г. в Лавре открыли Музей культов и быта, а еще через три года было создан Киево-Печерский историко-культурный музей-заповедник. Все монастырские ценности перешли в ведение Всеукраинского комитета по охране памятников. Во время голода в Поволжье часть драгоценных реликвий была продана, чтобы купить хлеб голодающим.
С 1929 г. Киево-Печерская лавра вообще перестала существовать как общежительный монастырь. Большинство монахов из Лавры выселили; часть оставшихся примкнула к так называемому обновленческому движению, пытаясь приспособить свою деятельность к новой действительности. Заявив о «демократизации церкви», они даже добились разрешения проводить богослужения в Успенском соборе.