Мороз усиливался, к 1 сентября море сплошь покрылось льдом, который быстро утолщался. Казалось, наступила зима, но 4 сентября ветром нагнало воду, взломало лед и сняло все сидевшие на мели старые льдины. Поднявшийся шторм за пятнадцать часов отнес бот далеко в море, а затем переменившийся ветер понес судно к берегу. 7 сентября наступило безветрие, и море опять стало покрываться сплошным слоем льда.
Не имея никаких сведений ни от Щербинина, ни от лоцмана и матроса, Лаптев решил снова предпринять поиски устья Индигирки. Посланные им 10 сентября по льду на берег люди в тот же день возвратились с радостным известием: устье восточной протоки Индигирки находилось всего в четырнадцати верстах от судна. С ними вернулись и лоцман, матрос и Щербинин. Эти люди перенесли много лишений.
Не имея возможности возвратиться на бот за провиантом и теплой одеждой, они продвигались по берегу, терпя холод и голод. У двоих были отморожены ноги. В таком состоянии их нашел геодезист Киндяков, который еще зимой был послан Лаптевым из Якутска для нанесения на карту Индигирки; закончив ее, он к 31 августа выехал на взморье. Оказав помощь бедствовавшим товарищам, Киндяков поручил им показать Лаптеву вход в устье протоки, а сам отправился вверх по реке, чтобы привести с зимовий нарты, на случай если во время шторма «Иркутск» потерпит крушение.
Лаптев решил остаться в устье реки до весны. Поэтому он организовал перевозку всего провианта и имущества с судна на берег. 22 сентября к боту прибыли собачьи упряжки, приведенные Киндяковым, что значительно облегчило эту тяжелую работу.
Сразу же после высадки на берег Лаптев отправил матроса Алексея Лошкина для нанесения на карту морского берега до реки Алазеи и Голыжинской протопи дельты Индигирки, а Щербинина и Киндякова — для картографирования средней и восточной проток. Когда Лошкин возвратился, выполнив задание, Лаптев отправил его в Петербург с рапортом в Адмиралтейств-коллегию.
Лаптев, донося Адмиралтейств-коллегий о подробностях похода, сообщил свои планы на лето 1740 года. Он намеревался, если только позволит ледовая обстановка, продолжить плавание на восток
Лошкин добрался до Петербурга только в июне 1740 года. Адмиралтейств-коллегия, обсудив рапорт Лаптева, предписала ему поступать
Месяцем раньше, 27 мая 1740 года, Адмиралтейств-коллегия заслушала рапорт Беринга от 30 апреля 1739 года, в котором он сообщал, что не имеет на Камчатке ни судна, ни провианта для отряда Дмитрия Лаптева. Впрочем, Лаптев и не надеялся на Беринга. В своем личном письме президенту Адмиралтейств-коллегий Н. Ф. Головину, еще не зная о содержании рапорта Беринга, он прямо писал об этом.
Во время зимовки Лаптев нанес на карту реку Хрома, мимо которой прошел отряд, следуя от Святого Носа к устью Индигирки.
22 января 1740 года на Колыму отправился на собаках Киндяков. Описав нижнее течение реки вплоть до морского побережья, он направился по нему к Индигирке, составляя по пути карту. 6 апреля он прибыл в Русское Устье, где зимовал отряд.
Выполнив эти работы, Лаптев начал готовиться к летнему плаванию.
С большим трудом заготовив лес, отряд приступил к постройке четырех судов для перевозки провианта и других грузов по морю до Колымы или Алазеи, в случае если бот не удастся сохранить.
Внимательно осмотрев стоявший во льду бот, Лаптев пришел к заключению, что поднять его на лед и передвинуть по льду к прибрежной полынье, как он рассчитывал раньше, вряд ли удастся, так как для этого не было достаточного количества леса и не хватало людей. Поэтому он решил разгрузить бот и, прорубив во льду канал до прибрежной полыньи, вывести в нее судно. К работам Лаптев решил привлечь не только весь свой отряд, но и
Со 2 июня весь личный состав отряда и более восьмидесяти местных жителей начали пробивать во льду канал. От бота до открывшейся к этому времени прибрежной полыньи было около 850 метров, толщина льда достигала 1,5–2 метров.
К 27 июня канал был готов, и бот выведен в полынью, но поднявшийся ветер сломал лед и понес его к берегу. Бот сдавило льдом и выжало на мель.