Элем Климов хотя и не сразу, но заданной темой вдохновился и предложил Александру Володину взяться за сценарий. Володин отказался. Тогда режиссер обратился к И. Нусинову и С. Лунгину, авторам сценария фильма «Добро пожаловать, или Посторонним вход воспрещен».
В мае 1966 года в объединении «Луч» утвердили заявку на сценарий «Святой старец Гришка Распутин» («Мессия»). В августе на худсовете уже обсуждали сценарий. Он назывался «Антихрист». «В первых моих фильмах у меня обозначился крен в сатиру, — рассказывал Климов. — Он дал себя знать и в «Антихристе». Фильм задумывался в фарсовом ключе. У нас было как бы два Распутина. Один — как бы «подлинный» Распутин. Другой — фольклорно-легендарный. Образ «фольклорного Распутина» складывался из невероятных слухов, легенд, анекдотов, которые в свое время ходили про Распутина в народе. Тут все было преувеличено, шаржировано, гротескно. Будто бы, будучи немецким шпионом, он самым невероятным образом пробирался в царский дворец, пролезал чуть ли не через ночной горшок императрицы, попадал через тайный ход за линию фронта и т.д. и т.п.».
Обсуждение сценария на худсовете прошло «на ура». Пырьев был доволен: «Давно не читал такого профессионального сценария. Жанр вещи выдержан точно. Фарс есть фарс. Сегодня это наиболее интересный, удобный и умный взгляд на последние дни Романовых. Распутин выведен в сценарии как положительный характер. И это хорошо. В нем есть неуемная сила народная. Эта сила существует не только в Распутине, но есть и в народе. Народ показан мудрым — рассказы, легенды, притчи…»
30 августа 1966 года литературный сценарий «Антихрист» был представлен на утверждение в Главную сценарно-редакционную коллегию (ГСРК).
Штатные редакторы его забраковали. Е. Сурков, главный редактор ГСРК, предложил авторам доработать сценарий: «Фильм о Распутине может и должен стать фильмом о необходимости революции, о ее не только неотвратимости, но и доброте, справедливости. Короче, это должен быть фильм, который расскажет о том, от чего спасла Россию партия в Октябрьские дни и чем была царская Россия, против которой вели борьбу большевики».
Началась переделка сценария. Фильм дважды запускали в производство, но затем по требованию начальства все работы прекращались. Прошло несколько лет. Климов снял «Спорт, спорт, спорт», запустился с новым сценарием «Вымыслы», написанным по мотивам русских народных сказок. Когда он вернулся в Москву с поисков натуры, его вызвал Ермаш, только что сменивший Романова на посту председателя Госкино, и предложил вернуться к работе над «Агонией».
Казалось бы, теперь все пойдет как по маслу. Но не тут-то было. 19 апреля 1973 года студия представила режиссерский сценарий. В который раз ГСРК потребовала переделок.
За роль Распутина боролись такие титаны сцены, как Анатолий Папанов, Евгений Лебедев, Михаил Ульянов. В результате решили, что в Петренко все же больше, чем у других, природного гипнотизма.
На роль царя Николая претендовали К. Лавров, мхатовские актеры Ю. Пузырев, Н. Засухин. Климов рассудил следующим образом: «Лавров популярен и любим зрителем. Кроме того, он чересчур бытовой. У Ромашина плывущие, зыбкие глаза, как должно быть в картине». Так роль досталась Ромашину, и, надо сказать, сыграл он ее блистательно.
В конце августа 1973 года съемочная группа выехала в киноэкспедицию в Сибирь, снимать «Покровское», родное село Распутина.
Буквально с первых же дней съемок захандрил Петренко: то живот прихватило, то голова кружилась, то зуб болел. Дело дошло до того, что однажды у Климова не выдержали нервы, и, когда в очередной раз актер стал жаловаться на зубную боль, режиссер сам вырвал у него больной зуб. А потом с Петренко случился сердечный приступ: он упал на съемочной площадке, и у него изо рта пошли пузыри. Артист пришел в себя, но сниматься категорически отказался. Экспедицию пришлось сворачивать.
24 августа киношники покинули Тюмень и передислоцировались в Ленинград, где должны были сниматься основные натурные эпизоды фильма. Там группа пробыла почти два месяца — до 12 октября, после чего благополучно вернулась в Москву, чтобы заняться павильонными съемками. Они оказались не менее сложными, чем съемка натурных объектов. И здесь порой тоже напряжение достигало такой точки, что некоторым актерам становилось плохо. Например, так было с актрисой Нелли Пашенной. Она играла баронессу Н. Пытаясь спасти арестованного мужа, она отправляется к Распутину. В кадре актрисе предстояло обнажить грудь. Для Пашенной это было поступком. Когда сцена была снята, она потеряла сознание.
В январе группа отправилась в очередную экспедицию в Ленинград, чтобы в течение двух с половиной месяцев снять там натурные эпизоды, относящиеся ко 2-й серии. Однако снять намеченное в полном объеме не удалось, поскольку 18 марта внезапно слег на больничную койку Алексей Петренко.