17 июня 1940 года, накануне капитуляции Франции, де Голль, не смирившийся с поражением, улетел в Англию, где принял командование над всеми французскими войсками, эвакуировавшимися туда вместе с британским экспедиционным корпусом. 18 июня 1940 года он обратился к соотечественникам по английскому радио: «Я, Шарль де Голль, ныне находящийся в Лондоне, приглашаю французских офицеров и солдат, которые находятся на британской территории или смогут там остаться, установить со мной связь. Что бы ни случилось, пламя французского Сопротивления не должно погаснуть и не погаснет». При поддержке Англии он основал движение «Свободная Франция», продолжившее под девизом «Честь и родина» борьбу с Германией (в 1942 году оно было переименовано в «Сражающуюся Францию»), а в сентябре 1941 года возглавил Французский национальный комитет, выполнявший функции правительства Франции в изгнании. В 1943 году он был переименован во Французский комитет национального освобождения. Комитет де Голля установил связь с рядом групп Сопротивления во Франции, которых снабжал оружием, взрывчаткой, радиостанциями и деньгами, полученными от англичан. Было налажено также сотрудничество с французскими коммунистами, и в начале 1943 года при лондонском штабе де Голля появилось представительство ФКП. Был создан Национальный Совет Сопротивления, объединивший все силы, боровшиеся против немцев на территории Франции. Его возглавил сподвижник де Голля Жан Муллен. В ноябре 1943 года де Голль стал единственным председателем Французского комитета национального освобождения, созданного в Алжире.
Французские части под командованием де Голля сражались вместе с союзниками в Сирии, в Италии, вместе с англо-американской армией вторжения высадились в Нормандии. В день высадки 6 июня 1944 года в своем радиообращении де Голль призвал всех французов начать активную борьбу с немцами. Партизанские действия охватили 40 из 90 департаментов Франции. В июне 1944 года ФКНО был реорганизован во Временное правительство Французской Республики. 25 августа 1944 года французская бронетанковая дивизия генерала Леклерка заняла Париж, где накануне силы Сопротивления подняли восстание. В 1944 году, после того как основная часть французской территории была освобождена от немцев, де Голль, возглавлявший переехавшее в Париж Временное правительство Франции, сформировал массовую французскую армию, вместе с союзниками сражавшуюся в Эльзасе, Лотарингии и Германии.
26 ноября 1944 года де Голль прибыл в Москву, где впервые встретился со Сталиным. Тот принял предложение де Голля заключить советско-французский договор о совместной борьбе против нацистской Германии. Де Голлю намекнули, что в обмен на такой подарок ему стоило бы признать коммунистическое правительство Польши в Люблине. Де Голль эту затею категорически отверг: «Сталин хочет заставить меня признать семнадцатую советскую республику, а я не хочу этого». Тогда Молотов предложил тройственный пакт Москвы, Лондона и Парижа, но это как раз и не устраивало де Голля. Договор с СССР нужен был ему, чтобы иметь средство давления на Англию, все еще не дававшую его правительству безусловного признания. И советские партнеры в результате вынудили де Голля дать согласие отправить своего представителя к люблинскому правительству без формального признания. В обмен был заключен советско-французский договор.
21 октября 1945 года во Франции прошли всеобщие выборы и референдум по проекту предложенного де Голлем Учредительного собрания. На референдуме де Голль победил, зато в парламенте наиболее сильную фракцию образовали коммунисты. Де Голлю удалось договориться о формировании коалиции с другими партиями – противниками ФКП, и вплоть до начала 1946 года он оставался премьер-министром. Однако генерал разошелся с лидерами политических партий во взглядах на будущее страны и ушел в отставку. В апреле 1947 года он создал Объединение французского народа (РПФ), в которое вошли многие бывшие участники движения «Свободная Франция». Они требовали установления в стране сильной президентской власти.