Следующее открытие необыкновенной важности было сделано им у самой границы Судана. От случайного попутчика он услышал однажды странное название Ибсамбал: так арабы именовали загадочный древний храм с фигурами богов. Вместе со слугой Буркхардт отправился в указанное ему место. Изучая западный берег Нила, он вдруг увидел словно выросшие из-под земли огромные пилоны, между которыми возвышались огромные статуи. Позади — странное сооружение вроде украшенного нишами фасада, прилепленное к скале, а может быть, как и в Петре, высеченное в ней. Вокруг — пустыня. И фигуры, и скала, и вход в неё — всё засыпано толстым слоем песка.
Они пробрались внутрь. Слуга разжёг огонь, и Буркхардт увидел барельефы на стенах, колонны с капителями в виде женской головы с коровьими ушами, остатки лепки… Когда они спустились к берегу и оглянулись, Буркхардта поразило фантастическое видение: на фоне скал он увидел непостижимых размеров лицо, потом ещё одно, другое, третье… Безмолвные стражи Нила были увенчаны коронами фараонов. Горы песка возвышались над ними, угрожая вскоре совсем скрыть их от человеческого глаза. «Вот и ещё один завет будущим исследователям», — подумал Буркхардт.
Пройдёт немного времени — и его завет будет выполнен. Буркхардт точно опишет местоположение загадочных голов, и здесь начнёт работать экспедиция итальянского египтолога Джованни Бельцони. Археологи раскроют тайны этого величественного сооружения. Сейчас невозможно представить себе историю Египта без открытого Буркхардтом всемирно известного храмового комплекса Абу-Симбел.
Весной 1814 года Буркхардт отправляется в Нубийскую пустыню, расположенную между Нилом и Красным морем. В пути на него напали мамлюки, и тогда в селении Дарау он пристроился к торговому каравану, следовавшему на невольничий рынок. Купцы приняли его за турка, и, боясь, что он составит им конкуренцию, изгнали его из каравана. Пришлось продолжать путь одному, верхом на осле. К общению с жителями пустыни Буркхардт привык быстро и не испытывал никакого страха.
До Красного моря Буркхардт дошёл с караваном, который вёз в порт Суакин табак, ткани и рабов. Какой-то торговец, желая угодить властям, донёс, что с караваном идёт белый. Буркхардта уже собрались заковать в цепи, но он успел выхватить из-за пазухи паспорт и охранную грамоту, которые получил от правителя Египта Мухаммеда Али. О том, что он европеец, в грамоте не говорилось ни слова, зато всем чинам предписывалось оказывать подателю сего помощь и поддержку. С молниеносной быстротой Буркхардт был освобождён.
После десятидневного плавания по Красному морю он высадился в Джидде. Отсюда Буркхардт рассчитывал отправиться в священный город мусульман Мекку, однако ему опять пришлось отбиваться от подозрений: «индийского купца», якобы отправившегося в далёкое путешествие по заданию британской Ост-Индской компании, приняли за английского шпиона. Учёный кади Садык-эфенди устроил Буркхардту настоящий экзамен по исламской теологии. Буркхардту пришлось извлечь из своей памяти не только все суры Корана, большинство которых знал наизусть, но и комментарии различных мусульманских богословов к Корану, историю ислама и все священные предания — хадисы — о жизни пророка Мухаммеда. После повторного «экзамена» в присутствии ещё одного учёного богослова Садык-эфенди объявил, что Буркхардт лучший знаток Корана и шариата, какого он когда-либо встречал — настоящий шейх!
7 сентября Буркхардт, погрузив вещи на осла, отправился в Мекку. Все обряды и церемонии, связанные с хаджем, он знал прекрасно. Выполнил все ритуалы: совершил таваф вокруг Каабы, поцеловал Чёрный камень, испил воды Земзема и пробежал семь раз между Сафой и Марвой.
Буркхардт поселился на окраине Мекки. Он вёл себя свободно, как прирождённый мусульманин. Едва ли кто-нибудь из европейцев осматривал Мекку столь же тщательно, как Буркхардт. Он изучил все улицы и переулки, обошёл все кварталы, вычертил подробный план города. Его переполняли впечатления. Позднее все они войдут в его книгу «Путешествия по Аравии», которая выйдет в свет в 1830 году. К этой книге — 704 страницы! — приложены планы, карты, рисунки, ноты арабских песен. Никогда ни до Буркхардта, ни после него Европа не получала столь подробных сведений о священной земле ислама.
24 июня 1815 года путешественник вернулся в Каир. Трудности, лишения, болезни подорвали его здоровье, опустошили физически и духовно. «Я перевидал много всякой всячины, узнал разных людей, но я постарел так, что мои здешние знакомые и даже зеркала считают, будто моё загорелое и исхудавшее лицо и густая борода принадлежат сорокалетнему, а вовсе не тридцатилетнему человеку», — писал Буркхардт сестре. А в апреле 1816 года он снова отправляется в путь — на этот раз в пески Синайского полуострова, к племенам бедуинов.