Пока Юнкер странствовал к югу от Уэле, Бондорф по его поручению основал новую базу в верховьях Мбому, во владениях вождя азанде Земио, с которым русский исследователь уже встречался и который давно приглашал его к себе; туда было доставлено все экспедиционное имущество, находившееся ранее у Ндорумы. Туда же в конце сентября 1882 года прибыл с берегов Уэле и сам Юнкер. К тому времени он оправился от недугов и, воспрянув духом, решил перед возвращением в Хартум предпринять еще один большой исследовательский маршрут.
В декабре 1882 года Юнкер выступил со своей новой станции в южном направлении, пересек междуречье Мбому и Уэле (посетив по пути истоки Били, левого притока Мбому) и в январе следующего года вновь побывал на берегах Уэле у селения Багбинне - на том участке, где в нее впадают правый приток Уэре (Вере) и левый - Мбима (Бима). Вернувшись к Били, он двинулся параллельно ее долине на запад, затем отклонился к юго-западу и в конце февраля 1883 года еще раз вышел к Уэле у зерибы Абдалла, на траверсе острова Мутему; это селение явилось крайним западным пунктом его путешествия.
Бондорф, которому Юнкер поручил транспортировку собранных коллекций в Европу, к тому времени находился уже на пути в Египет. Этот путь, однако, оказался крайне затруднен вспыхнувшим в провинции Бахр-эль-Газаль восстанием племен динка против египетского владычества. В конце концов, Бондорфу удалось, преодолев массу препятствий, добраться до Египта, но все экспедиционные коллекции пропали. Доставленные Бондорфом в Европу картографические материалы Юнкера, относящиеся к первым этапам его путешествия, были опубликованы в "Сообщениях Петерманна" за 1884 год; в том же журнале увидели свет (в 1885 году) отчет самого Бондорфа и карта, составленная по данным его собственных съемок.
Юнкер, намеревавшийся уехать вслед за Бондорфом, свыше полугода ждал, когда освободится дорога через Бахр-эль-Газаль. Это ожидание было напрасным: восстание динка было по существу лишь одним из эпизодов гораздо более широкого и мощного народного движения против египетского господства, вскоре охватившего весь Восточный Судан и вошедшего в историю под названием махдистского восстания.
В ноябре 1883 года Юнкер направился на восток, в Ладо, куда и прибыл в начале следующего года; на этом переходе он познакомился с районом истоков Мбому, а затем, перейдя водораздел Нил - Конго во владениях Ндорумы, пересек район истоков Суэ и вышел на свою старую дорогу через область Мака-рака. Путь на север по-прежнему был отрезан восстанием, и в ожидании развития событий путешественник провел на берегах Бахр-эль-Джебеля целых два года.
В январе 1886 года он двинулся отсюда на юг, решив попытаться вернуться в Европу через Занзибар. Этот путь - через Буньоро и Буганду - был тоже чреват многими трудностями и опасностями, но все же в декабре 1886 года Юнкер благополучно прибыл на восточное побережье материка. В апреле 1887 года он выступил с докладом о своем семилетнем путешествии на торжественном собрании Русского географического общества, специально посвященном его возвращению на родину.
Одним из крупнейших географических достижений Юнкера было то, что он фиксировал положение водораздела Нил - Конго почти на всем его протяжении (около 1200 километров). Если учесть, что эта важная гидрографическая граница была до того достаточно точно нанесена на карту лишь на одном небольшом участке - там, где ее пересекал Швейнфурт в 1870 году, - можно сказать, что, по существу, водораздел Нил - Конго, как географическое целое, был открыт Юнкером.