Только после ареста во Франции в ноябре 1942 года руководителей «Красной капеллы» А. Гуревича («Кент») и Л. Треппера («Отто») с помощью захваченных шифров гестапо удалось прочитать часть радиограмм «Доры». Это было страшным ударом для руководства гитлеровской разведки и контрразведки: оказалось, что через Швейцарию уходила секретная информация из высшего военного командования вермахта! И куда — в Россию! Теперь «тройке» присвоили наименование «Красная тройка».
Её надо было полностью раскрыть и ликвидировать. Но ведь она находилась на территории другого, нейтрального государства. Началась охота на членов «Красной тройки»: официальная, путём контактов Шелленберга с руководством швейцарской разведки и контрразведки, и оперативная. Она была поручена резидентуре VI управления РСХА, которой руководил Ганс Мейснер, числившийся генеральным консулом Германии в Берне.
Немцы, располагавшие сведениями о Радо и «Пакбо», установили за ними слежку, в ходе которой вышли на «Розу». Мейснер поручил своему агенту в Женеве Гансу Петерсу завязать отношения с Маргаритой Болли и вскружить ей голову. Привлекательному молодому человеку, выдававшему себя за антифашиста и участника Сопротивления, без труда удалось это сделать. Самое страшное, что Маргарита не поставила в известность об этом Ш. Радо. Гестапо могло радоваться: оно проникло в агентурную сеть «Красной тройки».
К лету 1943 года гестаповцы располагали подробными агентурными данными обо всех членах резидентуры «Дора». Правда, они не знали, кто выступает под псевдонимами «Сиси» и «Тейлор». А самое главное, они не выполнили основной задачи — не выявили источников информации и потому не могли пресечь её утечку.
Оставался один выход: разорвать связь «Красной тройки» с Москвой. Но как это сделать? Лучше всего было бы выкрасть Радо или его радистов, доставить в Германию и под пытками вынудить заговорить. Но это могло вызвать международный скандал, чего Шелленбергу не хотелось.
Он приехал в Швейцарию 8 сентября 1942 года и встретился с начальником швейцарских спецслужб Роже Массоном. Тот с пониманием отнёсся к просьбе Шелленберга ликвидировать советскую агентурную сеть в Швейцарии и обещал сделать всё возможное. Но не пошевелил пальцем, чтобы выполнить обещание.
В марте 1943 года Шелленберг вновь посетил Берн. В свойственной ему мягкой, но категорической форме Шелленберг намекнул Массону, что промедление грозит серьёзным осложнением германо-швейцарских отношений. Это же было сказано комиссару швейцарской полиции Маудереру во время его визита в Берлин.
А «Дора» продолжал направлять всё новые радиограммы. Были переданы дополнительные сведения о планах немцев под Курском, данные о танке «Тигр», о заговоре группы генералов, которые полны решимости устранить Гитлера и «поддерживающие его круги».
Из Берлина поступали телеграммы и телефонные звонки с требованием от Массона и Маудерера действий. Деваться был некуда: Москва и Лондон далеко, а Берлин — вот он, рядом, и войска вермахта на границах. В сентябре 1943 года Массон и Маудерер организовали передвижную службу радиопеленгации. Пеленгаторы в специальных автофургонах непрерывно перехватывали работу радиопередатчиков. В ночь на 14 октября 1943 года во время передачи Эдмонд и Ольга Хамели были арестованы. Полицейские вошли бесшумно и захватили радистов с поличным. Были взяты шифры, программы связи, радиограммы. В тот же день на квартире своего возлюбленного Петерса была арестована Маргарита Болли. Все задержанные на допросах категорически отрицали связь с советской разведкой, а увидев фотографию Радо, заявили, что этого человека не знают.
Шандор Радо, узнав о провале радистов, успел передать руководство резидентурой «Пакбо» (О. Пюбнеру), а сам вместе с женой Еленой укрылся на квартире надёжного друга, доктора Бианки. Теперь оставался единственный радист — Александр Фут, он же осуществлял связь между «Пакбо» и Радо. Ему приходилось выходить в эфир, и он также был засечён пеленгатором. В ночь на 20 ноября 1943 года его захватили за приёмом радиограммы Центра. Пока полиция взламывала дверь, он смог ударом молотка вывести из строя радиопередатчик и сжечь на свече радиограммы.
На допросах Фут не отрицал, что был радистом-нелегалом, но утверждал, что работает на английскую разведку, передаёт информацию только о Германии, сообщников в Швейцарии не имеет, Радо, Болли, Хамелей не знает.
После ареста Фута швейцарская разведка попыталась вести радиоигру с Москвой, но неумело, и сразу же была разоблачена Центром, откуда стали поступать «распоряжения» и «рекомендации», уводящие швейцарцев на ложный путь. Только через четыре месяца швейцарцы догадались об этом и решили продолжить аресты. 19 апреля 1944 года было арестовано несколько членов «Красной тройки», в том числе Р. Дюбендорфер. Чтобы увести следствие в сторону, она «призналась», что работает на британскую разведку.