Пастырский крест до самой смерти о. Иоанн нес в Кронштадте, бывшим местом ссылки из Петербурга всех неблагожелательных «элементов» – безработных, нищих, пьяниц, проституток, бродяг, больных, дебоширов, грабителей… Время его пастырства пришлось на пору, когда в духовной жизни российского общества наблюдался сильный упадок веры и нравов и Кронштадт превратился в настоящий вертеп. Но уже за 15 лет служения батюшки этот город греха «стал трезв, светел, чист… превратился в место всероссийского паломничества. Бедняки здесь обретали жилища и работу. Безбожники и скептики возвращались глубоко верующими… Кронштадт превратился в город святого праведного Иоанна – верного служителя Господня. К нему тянулись со всех мест… Когда отец Иоанн молился, всем казалось, что он видит перед собой Бога и дерзновенно говорит с Ним» (Иеродиакон Питирим Ануфриев).
Иоанн Кронштадтский раздавал милостыню, обходил дома бедняков и бродяг, оказывая им духовную и материальную поддержку. Порой вечером к батюшке подходил нищий, а у него уже нечего было ему дать. Тогда он снимал с себя обувь и верхнюю одежду, отдавал нищему, а сам разутый и раздетый шел домой. В 1881 г. для бездомных и нищих о. Иоанн организовал Дом трудолюбия. На средства, которые присылали ему со всей страны, батюшка организовывал и содержал общеобразовательные школы, благотворительные учреждения, больницы, женские и мужские монастыри, скиты, церкви, подворья – короче, на народные пожертвования делал то, что обязано было делать царское государство. После кончины праведника «из посмертной описи имущества и обнародованного завещания узнали, что преставившийся о. Иоанн не стяжал себе ничего».
На Божественную литургию чуть ли не ежедневно в храме собиралось до 6 тыс. мирян, к которым всероссийский пастырь и чудодейственный молитвенник обращал свои отеческие наставления. Поскольку всюду царило неверие, особенно в образованной части общества, проповедник неустанно говорил об отпадении от Бога, о духовной слепоте паствы. Через внешние события евангельской истории о. Иоанн раскрывал их духовную сущность и призывал православных преодолевать грех, бороться со своими страстями и духовно прозревать. Именно об этом говорит проповедь «Наши слепцы», произнесенная 17 июля 1904 г.
«Нынешняя евангельская история повествует нам о чудесном исцелении Спасителем двух слепцов и человека немого бесноватого, которому бес связал язык… «И говорит им Иисус: веруете ли, что Я могу это сделать? Они говорят Ему: ей, Господи! Тогда Он коснулся глаз их и сказал: по вере вашей да будет вам». И открылись глаза их…» (Мф. 9: 29–30).
…Столь чудный дар подал Он за одну веру слепцов, без всяких заслуг с их стороны: По вере вашей будет вам. Так приятна в человеке для Бога одна простая, искренняя вера во всемогущество Божие! Так сильно действует вера! Такие чудеса бывают через веру! Имеем ли мы с вами веру?..