После революции была достигнута договоренность, согласно которой чешские части должны были проследовать через всю Россию и из Владивостока отплыть во Францию, продолжать войну с Германией на европейском фронте. Однако в реальности все пошло не так — большевики попытались разоружить чехов, те начали оказывать сопротивление… Так подполковник Сергей Войцеховский оказался втянут в события Гражданской войны. В ночь с 26 на 27 мая 1918 г. возглавляемые им 2-й и 3-й Чехо-Словацкие стрелковые полки без боя очистили от красных Челябинск, и это было началом блестящей карьеры одного из самых талантливых белых генералов.
Весь 1918 г. Войцеховский провоевал на Урале, среди его крупных успехов — освобождение Троицка, Златоуста и Екатеринбурга. 17 октября 1918 г. Чехословацкий национальный совет произвел его в чин генерал-майора. С января 1919-го Войцеховский подчиняется А. В. Колчаку, который утвердил его в генеральском чине, 8 марта перевел с чешской службы на русскую и доверил командование 2-м Уфимским корпусом. 1919 год был для Войцеховского еще более успешным, чем предыдущий, — от Колчака он получил почетнейшие боевые ордена Святого Георгия 4-й (за Троицк, Златоуст и Екатеринбург) и 3-й (за Тобольск) степеней, оборонял от красных Уфу, с августа командовал Уфимской группой войск, с октября — 2-й армией. После смерти В. О. Каппеля Войцеховский 25 января 1920 г. возглавил весь Восточный фронт. Впрочем, к этому времени «белая» сибирская эпопея уже подходила к концу, и тактические успехи талантливого военачальника на общую картину повлиять не могли. 20 февраля 1920 г. Войцеховский еще получил звучный пост командующего войсками Российской Восточной окраины, но на деле это означало, что ему теперь подчинялись немногие обмороженные, деморализованные, вымотанные бесконечным отступлением по зимней тайге люди…
Казалось бы, судьба зашла в тупик, но тут последовал очередной ее резкий поворот. 27 апреля 1920 г. Войцеховский был командирован в Крым для установления связи с Вооруженными силами Юга России. Добираться в Крым пришлось длинным кружным путем, через Италию. Но в Русской армии барона П. Н. Врангеля блеснуть талантами Войцеховскому не удалось — он сразу же был зачислен в резерв, где и оставался до самой эвакуации в ноябре 1920-го. Первым пунктом за границей, как и для многих эмигрантов, стал Константинополь, но, в отличие от многих других, Войцеховский твердо знал, какая именно страна станет его новой родиной. В 1921 г. он приехал в только что созданную Чехословацкую Республику, в которой его приняли с почетом, как одного из создателей чешской армии.
После бурных 1918–1920 гг. жизнь в Чехословакии была для Войцеховского, в сущности, заслуженным отдыхом. Но на лаврах он не почивал — командовал пешей бригадой и дивизией, занимал пост земского военного командующего в Брно и Праге. По словам чешского историка Иржи Фидлера, Войцеховский «работал для своей новой родины на пределе физических возможностей», несмотря на то что как раз в 1930-х у него началась тяжелая язвенная болезнь. 30 декабря 1929 г. ему был присвоен чин генерала армии. В служебной характеристике тех лет говорилось: «Обладает честным, энергичным, ответственным характером. Надежен. Высокообразованный командир с богатым военным опытом… Отличается высокой наблюдательностью. Работает инициативно, целеустремленно и планомерно. Отличный командующий округом».
В конце 1930-х международная обстановка в Европе обострилась до предела. Войцеховский последовательно и неуклонно стоял на одной позиции: если нацистская Германия нападет на Чехословакию, надо воевать!.. К сожалению, его голос не был услышан. На совещании у президента страны Эдварда Бенеша 30 октября 1938 г. только три человека высказались против принятия условий позорного Мюнхенского договора, в их числе был Войцеховский. 15 марта 1939 г. нацисты оккупировали Чехословакию, а уже через несколько дней русский генерал вступил в подпольную организацию «Обрана народа». В сентябре того же года оккупанты арестовали Войцеховского, но вскоре выпустили под постоянный надзор гестапо.
Во время войны Войцеховский продолжал жить в Праге. Активного участия в подполье он не принимал — во-первых, постоянно ухудшалось здоровье, а во-вторых, координировали деятельность подпольщиков те самые соглашатели во главе с Бенешем, которые, по мнению генерала, и погубили страну в 1939-м. По данным потомков Сергея Николаевича, в 1944-м немцы предлагали ему возглавить Русскую Освободительную армию вместо Власова, но Войцеховский твердо отказался. Так ли это, судить трудно, документальных подтверждений этому нет.