Шелихов провел в Кадьяке и вторую зиму 1785/1786 г. Артели Шелихова, которых было около десяти, размещались уже по всему побережью Кадьяка, в нескольких местах на побережье полуострова Аляска, на островах Афогнак и Шуяк. Люди жили в избах, окруженных частоколом. Если в окрестностях леса не было, то рыли землянки.
Григорий Иванович составил подробные планы крепостей на Кадьяке, в заливе Трех Святителей, на Афогнаке и полуострове Кенай, которые он впоследствии приложил к своей докладной записке.
Собираясь покинуть Кадьяк, Григорий Иванович решил оставить вместо себя правителем компанейских дел в Америке К.А. Самойлова, для которого составил обширную инструкцию. Шелихов понимал, что важным условием закрепления русских в далеком, никому из европейцев не известном крае было развитие там землепашества и скотоводства. Он велел Самойлову строить новые хлева и сенники, возделывать огороды.
В мае 1786 г. Григорий Иванович стал готовиться в обратный путь. Шелихов стремился подробнее познакомить своих соотечественников с бытом неведомых «американских народов», прекрасно понимая, как важно, чтобы в России знали возможно больше о новых русских подданных. Поэтому он велел приготовить к вывозу в Охотск несколько десятков оленьих, бобровых и котиковых парок, сплетенные из травы и выдолбленные из дерева шляпы, образцы эскимосской обуви.
22 мая 1786 г. Шелихов вышел в море на галиоте «Три Святителя». На судне находилось 40 эскимосов, которых Шелихов вез с собой в Россию. Не успели «Три Святителя» выйти из залива, как в море показалось какое-то судно. Скоро Григорий Иванович узнал свой галиот «Св. Михаил». Шелихов немедленно приказал «Св. Михаилу» следовать к острову Афогнак, где находилась одна из русских крепостей.
30 июля достигли, наконец, первого Курильского острова. Выйдя в Охотское море, галиот взял курс на север, и утром следующею дня на горизонте показались берега Камчатки. Спустя еще несколько часов галиот «Три Святителя» бросил якорь в устье реки Большой.
Тяжелое плавание было окончено.
В апреле 1787 г. Григорий Иванович с женой прибыли в Иркутск.
Иркутскому генерал-губернатору Якобию Шелихов подал специальную «Записку» о своем плавании, содержащую подробное описание деятельности первых русских поселенцев на Аляске и ценные сведения по географии и этнографии тех мест, карту плавания и планы воздвигнутых там крепостей.
Прекрасная карта плавания Шелихова, а также приложенный к ней подробный «план» Кадьяка, Афогнака и других более мелких соседних островов с частью побережья полуострова Аляска и Кенайского залива были немедленно использованы правительственными и научными учреждениями в Петербурге для составления карт Тихого океана.
Весь этот материал имел большую научную ценность. В 1791 г. «Записка» Шелихова была издана в Петербурге под заглавием «Российского купца именитого Рыльского гражданина Григория Шелехова первое странствование с 1783 по 1787 г. из Охотска по Восточному океану к Американским берегам». Через два года появилось новое издание книги Шелихова. В нем, кроме «Записки», имелась еще глава, посвященная историко-географическому описанию Алеутских и Курильских островов. Книга имела большой успех.
Григорий Иванович прожил в Иркутске до конца 1787 г. За эти несколько месяцев он не только составил свою «Записку», но и разработал обширный план организации крупной компании по изучению и эксплуатации природных богатств Аляски.
Одновременно Шелихов подбирал нового главного правителя на Кадьяк взамен временно оставленного Самойлова. Выбор его пал на искусного морехода и опытного промышленника Е.И. Деларова, пользовавшегося большой известностью среди русских мореходов на Тихом океане. Его именем была названа группа Алеутских островов и горная вершина на одном из островов Шумагина.
5 мая 1787 г. Шелихов дал новому правителю письменное наставление, где требовал, чтобы тот не позже 20 июля вышел в море и обязательно в тот же год достиг Аляски. Далее Григорий Иванович приказывал «по приходе стараться о промысле, о обыскании всяких металлов, минералов и о редкостях». Деларов поспешил уехать и, как потом стало известно, благополучно в то же лето добрался до Кадьяка и с успехом выполнил возложенные на него задачи.
В начале 1788 г. Шелихов вместе со своим главным компаньоном И. Голиковым приехал в Петербург и стал энергично добиваться одобрения планов их компании. Иркутский генерал-губернатор поддержал планы Шелихова и в связи с этим составил на имя Екатерины II обширный «всеподданнейший рапорт». Правительственные учреждения отнеслись с большим сочувствием к проекту Шелихова. Внимательно ознакомилась с ним и Екатерина II, прекрасно понимавшая всю важность этого проекта.
В начале 1789 г. Григорий Иванович возвратился из столицы в Иркутск. Здесь ждало его много неотложных дел. Русские поселения на Аляске требовали неустанного внимания и забот.