Своими произведениями скульптор ясно сказал, на чьей стороне его симпатии, куда зовёт его совесть художника-гражданина. В последующие годы Конёнков перешёл от лепки к весьма необычным для скульптуры материалам: он, например, стал использовать дерево, инкрустируя его драгоценными камнями. В 1907 году Конёнков выставил так называемую «Лесную серию» — ряд деревянных изваяний славянских языческих богов. В них художник сочетал архаические мотивы, приёмы примитивной скульптуры и модернистскую экспрессию. В результате каждая скульптура вела как бы игру со зрителем, заставляя его отгадывать сложный ребус, кто же здесь действительно изображён.
В 1912–1913 годах Конёнков, вновь отправляется в путешествие, на этот раз в Грецию, а затем в Египет, где совершенствует свои стилизаторские приёмы и осваивает опыт античных скульпторов.
Из произведений, навеянных поездкой по Греции, выделяются «Эос», «Кора» (обе — 1912), а также «Женский торс» и «Сон» (обе — 1913). Здесь проявляются упорные поиски крепкого, упругого объёма при полной законченности скульптурных форм и реальности самих образов.
Конёнков в русской скульптуре начала XX века вернулся к теме обнажённого женского тела. В его «толковании» это идёт к возвышенному идеалу античности. Если его «Юная» (1916) — это воплощение красоты целомудренной, ещё себя не осознавшей, то в «Женском торсе» (1913) красота предстаёт перед нами зрелой, пышно цветущей. В этот же период Конёнков создал скульптуры «Сон» (1913), «Заря» (1917).
В 1914 году Конёнков работает над «Девушкой» (с поднятыми руками). «Хвала молодости и красоте человека прозвучала в этой прекрасной скульптуре, — отмечает В. Б. Розенвассер. — Гордая своей красотой, девушка стоит, высоко подняв руки, поддерживая ими тяжёлые пряди волос. Плавные линии, мягкое „перетекание“ форм, тонко обработанная поверхность дерева и его золотистый тон — всё это хорошо передаёт нежность и возвышенную чистоту юной героини».
В 1916–1917 годах на Пресне прошли три персональные выставки художника. Они стали событием в художественной жизни того времени.
«Возвратившись в Москву, — пишет в своей автобиографии Конёнков, — я снял мастерскую на Пресне, работал много и в этой же мастерской устраивал персональные выставки. В 1916 году на моей персональной выставке было выставлено около 50-ти работ из мрамора и дерева. В этом же году я был избран в действительные члены Академии художеств…
…В 1922 году я женился на студентке юридического факультета Маргарите Ивановне Воронцовой, моей постоянной спутнице и неустанной помощнице».
По возвращении в Россию Конёнков становится одним из популярных скульпторов, а после революции 1917 года пытается найти своё место в новой действительности. Вначале ему это удаётся, и он даже принимает участие в так называемом плане монументальной пропаганды. Однако власти насторожённо приняли его яркие экспрессивные работы, в которых чувствовалось явное влияние эстетики модернизма. По предложению Луначарского Конёнков, только что ставший профессором Вхутемаса, уезжает в Ригу сопровождающим художественной выставки.
Из Риги он вместе с выставкой в 1923 году отправился в Америку, где и остался на постоянное жительство. До 1945 года Конёнков живёт вдалеке от родины. Он работает в Америке и Италии, а основным его жанром становится скульптурный портрет.
Ему позировали знаменитые учёные Дюбуа и Ногучи, звезда Голливуда и театра Айно Клер и многие другие. Большое место в его творчестве продолжали занимать образы русских людей, его выдающихся современников И. П. Павлова, Ф. И. Шаляпина, С. В. Рахманинова.
В 1928 году в Сорренто скульптор работал над портретом А. М. Горького. Вот что писал об этой работе Сергей Тимофеевич: «Я не пытался фантазировать. Мне дорого было в точности запечатлеть облик писателя: типично русское лицо, крутой лоб мыслителя, пронизывающий взгляд, решительно сомкнутый рот, выдающиеся скулы худого лица». Разумеется, «точность», которой добивался в данном случае скульптор, заключалась не в передаче простого портретного сходства. «Горький» Конёнкова — это портрет-характер, это образ большого русского человека.
Одной из лучших и самых известных заграничных работ мастера по праву считается «Писатель Ф. М. Достоевский» (1933). Достоевский, в представлении скульптора, — могучий мыслитель, который, как никто другой, «понимал и ненавидел зло… мог проникнуться людскими страданиями. Большая заслуга — победить зло, но не менее важно вывернуть наружу и показать свету тёмную душу зла».
Как пишет В. Б. Розенвассер: «Неудивительно поэтому, что и Конёнков изобразил мучительно сгорбленную фигуру писателя и втянутую в плечи голову с высоким костистым лбом. Сходен и жест рук, правда, пальцы здесь не переплетены в „замок“, как на живописном портрете. Однако и эти руки, тяжело сложенные, зримо „отгораживают“ Достоевского от окружающего мира, оставляя его один на один с его нелёгкими думами. А отсюда и выражение его лица, и взгляд человека, ушедшего в свои мысли».