Уже в самом начале 1719 года построили деревянную церковь Преображения Господня с приделами во имя святых апостолов Андрея Первозванного и Иоанна Богослова. Новопостроенную церковь освятил архимандрит Иринарх. Монастырские записи свидетельствуют, что он был на Валааме 13 марта 1719 года и совершил здесь постриг в монахи Исидора Шарова с именем Иосиф, ставшего впоследствии строителем Валаамского монастыря. В 1720 году монастырь, приписанный сначала к Кирилло-Белозерской обители, получил самостоятельность.
5 марта 1786 года, по повелению государыни императрицы Екатерины II, Валаамский монастырь включили в число штатных 3-го класса с игуменским настоятельством.
В 1789 году была освящена во имя преподобных отцов Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, нижняя церковь собора; в 1793 году церковь во имя святителя и чудотворца Николая; в 1794 году Преображенский собор и его придел во имя святых апостолов Петра и Павла, и в 1796 году, по перестройке, храм Успения Пресвятой Богородицы. В 1793 году, по высочайшему повелению, в монастыре учредили епархиальную больницу на пять человек персонала. Митрополит Гавриил активно содействовал внешнему устройству монастыря. Помогая из своих личных средств, привлекая благотворителей, он просил молитв за себя и за них.
С началом управления отца Назария связывают и внутреннее возрождение обители. Исполняя волю архипастыря, отец Назарий ввел в Валаамском монастыре общежительный устав Саровской пустыни.
2 апреля 1822 года монастырь был возведен в первый класс, при условии, что он сохранит общежительные правила, а настоятели, избираемые из числа Валаамской братии (это правило было утверждено указом консистории еще в 1813 году), всегда будут игуменами.
Паломники из России посещали Валаам только летом, тогда как бедные жители окрестных берегов Ладожского озера – круглый год. Число таких посетителей доходило до семи-восьми тысяч. Под монастырской горой был выстроен каменный странноприимный дом. Монастырь принимал паломников по-отечески: кормил, снабжал хлебом, семенами для посева, сеном, овощами, помогал деньгами. Глубокой зимой, не имея даже обуви и теплой одежды, они отправлялись по озеру до Валаама с целью пожить несколько дней на монастырском продовольствии и получить подаяние на дорогу. Так как в округе часто не было врача и у местного населения не находилось средств для лечения, монастырь оказывал и медицинскую помощь.
Знаменательным событием для монастыря стало посещение его императором Александром I. В 1819 году Александр I отправился в путешествие по северным землям, намереваясь побывать и в древней Валаамской обители. При этом от имени Государя в монастыре было получено распоряжение при встрече царственного паломника «никаких церемоний не делать, а принять как благочестивого путешественника». 10 августа на судне, вышедшем из Сердоболя, император Александр I прибыл в монастырь. Гость первым делом отправился в собор, где приложился к иконам, после этого испросил благословение у игумена и всех иеромонахов, целуя у всех руку, но своей никому не давая, а остальной братии поклонился. Пораженные таким смирением, монахи поклонились до земли, но Его Высочество просил «не кланяться ему поклонением в землю, подобающим лишь Богу».
Слава о благоустроенности обители стала распространяться не только по православной России, но и за ее пределами. Сюда приезжали даже из афонских монастырей. По внутренней духовной организации и устроению многие отдавали предпочтение Валаамской обители перед монастырями Афонской горы.
К 1811 году в Валаамской обители деревянных зданий уже не было, строительство велось из кирпича. Монастырская усадьба представляла собой:
1. Соборную двухэтажную церковь о пяти главах, крытую железом, внутри украшенную великолепным и богатым иконостасом, с деревянными крестами, обитыми жестью. В верхнем этаже – храм во имя Преображения Господня, а в нижнем храм во имя преподобных Сергия и Германа, где почивают под спудом их святые мощи.
2. Церковь во имя Успения Божией Матери.
3. Церковь во имя апостолов Петра и Павла, над святыми вратами.
4. Церковь во имя святителя Николая Чудотворца, в северо-восточном углу.
5. Колокольню при соборной церкви.
6. Братские двухэтажные кельи по южной стороне от Никольской церкви, по западной настоятельские, по северной кухню и трапезу, по восточной монастырские службы.
7. Здание поблизости от служб, обнесенное каменной оградой, в которой по правую сторону церкви апостолов Петра и Павла братские, а по левую гостиные кельи, от юго-западного угла больницу, а от северо-западного угла – три двухэтажных флигеля гостиных комнат.
8. Гостиные комнаты и купеческие лавки на западном берегу вне монастыря.
9. В трех километрах к юго-западу от обители скит, в котором находилась церковь во имя Всех святых, и шесть братских келий.
10. Скиты, построенные для валаамских пустынников.
В 1820 году в Петербурге, в Малой Коломне, на Мясной улице, был куплен для Валаамского подворья дом.