В мае 1991 года братия обители обрели великое духовное сокровище – нетленные благоухающие мощи валаамского подвижника благочестия иеросхимонаха Антипы. Отец Антипа родился в Молдавии в селе Калоподешта, подвизался на Святой горе Афон, был одним из основателей румынского скита Продромос. В 1992 году Священный синод Румынской православной, причислил к лику святых Румынской православной церкви преподобного Антипу Калаподештского. По благословению его святейшества в 2000 году имя преподобного Антипы Валаамского было внесено в святцы Русской православной церкви. Отныне Валаамская обитель получила еще одного молитвенника у Престола Божия. Мощи преподобного Антипы Валаамского помещены в раку, которая установлена в нижней церкви во имя преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. Братия и паломники обращаются к преподобному старцу с просьбой о молитвенном предстательстве и получают по своей вере помощь и исцеления от болезней.
В 1996 году престольный праздник монастыря – день памяти преподобных Сергия и Германа – был отмечен особыми торжествами. Обитель посетили Патриарх Алексий II и впервые в истории Валаама – глава поместной православной церкви, митрополит всея Америки и Канады Феодосий, который передал монастырю бесценный дар – частицу мощей преподобного Германа Аляскинского, а Святейший Патриарх – большую икону святого.
В силу сложившихся исторических обстоятельств, почти все сохранившиеся после неоднократных разорений Валаамской обители святыни и реликвии оказались вне Валаама или были безвозвратно утрачены в послевоенное время. Поэтому огромное значение для возрождающейся обители имело обретение древней святыни – креста-мощевика с частицей мощей великомученика и целителя Пантелеимона, который был выкуплен из частной коллекции и передан в дар Валаамскому монастырю благотворителем. 22 апреля 2004 года на Московском подворье состоялась торжественная передача уникального креста-мощевика. Древний крест с вложенной в него крупной частицей мощей великомученика и целителя Пантелеимона – родовая святыня бояр Нащокиных.
По благословению Его Святейшества (4 июля 1999 г.) было установлено Празднование Собора Валаамских святых, на второй день после Преображения, престольного праздника обители.
В 2005 году были завершены реставрационные работы по восстановлению живописи собора на площади свыше 5 тысяч кв. м.
В начале XX века при Валаамском монастыре существовало 13 скитов. В настоящее время восстановлены одиннадцать.
По традиции валаамская обитель имеет подворья в Санкт-Петербурге: одно – с церковью во имя Казанской иконы Божией Матери и приделами во имя святого Николая и преподобного Серафима Саровского, часовней святых новомучеников Российских (до революции – подворье Стаpо-Ладожского Успенского женского монастыря, 1904–1909 гг.), другое – историческое, у бывшей пристани на Синопской набережной. В Москве историческое подворье на ул. Тверской-Ямской. Есть и новые подворья – в Приозерске с церковью во имя Всех Святых, в Сортавале с деревянной церковью во имя святителя Николая Чудотворца, на Кавказе.
Как провидчески сказал о Валааме в 1936 году замечательный русский писатель И.С. Шмелев, «придет время, и расцветут подросшие цветы духовные: “Господний посев не истребится”».
Зосимова пустынь
«Сама пустынь стоит на плоском и довольно топком месте так, что даже в самое сухое лето нет возможности обойти около монастыря, не попавши в топь, хотя есть возле канавы, выкопанные для осушения, но от них немного пользы. Даже в самом монастыре растет осока, и для перехода от здания к зданию оказались необходимы деревянные помосты», – писал о монастыре архимандрит Пимен в Чтениях Императорского общества истории и древностей российских (кн. 1, январь – март 1877 г.).