С приездом монахов постепенно затеплилась духовная жизнь на острове. Возобновились службы в нижнем храме во имя преподобных Сергия и Германа. Одновременно начались монастырские реставрационные работы. 25 мая 1990 года, на Вознесение Господне, митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий освятил главный престол нижнего собора. Новое важное для обители решение о возвращении всех храмовых и административно-хозяйственных зданий было принято Верховным Советом Карелии в 1990–1991 годах.
С 1990 года Валаамский монастырь получил статус ставропигиального, то есть он перешёл в непосредственное ведение священноигумена, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Несмотря на свою занятость, святейший патриарх почти ежегодно отмечал день памяти преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, торжественным богослужением в Спасо-Преображенском соборе. Во время посещения Валаамского монастыря Его Святейшество подробно знакомился с жизнью братии, как в монастыре, так и в скитах, беседовал с братией.
С января 1993 года монастырскую братию возглавляет игумен Спасо-Преображенского Валаамского монастыря архимандрит Панкратий (Жердев), ранее состоявший в братии Свято-Троицкой Сергиевой лавры на послушании эконома. Братия за это время значительно возросла, теперь она составляет около 150 человек. Возрождаются традиции Валаамского трудового монашества: строительство и реставрация, флот, сельское хозяйство, автохозяйство, камнерезное, кузнечное и свечное производства, издание духовной и церковно-исторической литературы.
В мае 1991 года братия обители обрели великое духовное сокровище — нетленные благоухающие мощи валаамского подвижника благочестия иеросхимонаха Антипы. Отец Антипа родился в Молдавии в селе Калаподешта, подвизался на Святой горе Афон, был одним из основателей румынского скита Продромос. В 1992 году Священный синод Румынской православной, причислил к лику святых Румынской православной церкви преподобного Антипу Калаподештского. По благословению его святейшества в 2000 году имя преподобного Антипы Валаамского было внесено в святцы Русской православной церкви. Отныне Валаамская обитель получила ещё одного молитвенника у Престола Божия. Мощи преподобного Антипы Валаамского помещены в раку, которая установлена в нижней церкви во имя преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. Братия и паломники обращаются к преподобному старцу с просьбой о молитвенном предстательстве и получают по своей вере помощь и исцеления от болезней.
В 1996 году престольный праздник монастыря — день памяти преподобных Сергия и Германа — был отмечен особыми торжествами. Обитель посетили Патриарх Алексий II и впервые в истории Валаама — глава поместной православной церкви, митрополит всея Америки и Канады Феодосии, который передал монастырю бесценный дар — частицу мощей преподобного Германа Аляскинского, а Святейший Патриарх — большую икону святого.
В силу сложившихся исторических обстоятельств, почти все сохранившиеся после неоднократных разорений Валаамской обители святыни и реликвии оказались вне Валаама или были безвозвратно утрачены в послевоенное время. Поэтому огромное значение для возрождающейся обители имело обретение древней святыни — креста-мощевика с частицей мощей великомученика и целителя Пантелеймона, который был выкуплен из частной коллекции и передан в дар Валаамскому монастырю благотворителем. 22 апреля 2004 года на Московском подворье состоялась торжественная передача уникального креста-мощевика. Древний крест с вложенной в него крупной частицей мощей великомученика и целителя Пантелеймона — родовая святыня бояр Нащокиных.
Но благословению Его Святейшества (4 июля 1999 г.) было установлено Празднование Собора Валаамских святых, на второй день после Преображения, престольного праздника обители.
В 2005 году были завершены реставрационные работы по восстановлению живописи собора на площади свыше 5 тысяч кв. м.
В начале XX века при Валаамском монастыре существовало 13 скитов. В настоящее время восстановлены одиннадцать.
По традиции валаамская обитель имеет подворья в Санкт-Петербурге: одно — с церковью во имя Казанской иконы Божией Матери и приделами во имя святого Николая и преподобного Серафима Саровского, часовней святых новомучеников Российских (до революции — подворье Старо-Ладожского Успенского женского монастыря, 1904–1909 гг.), другое — историческое, у бывшей пристани на Синопской набережной. В Москве историческое подворье на ул. Тверской-Ямской. Есть и новые подворья — в Приозерске с церковью во имя Всех Святых, в Сортавале с деревянной церковью во имя святителя Николая Чудотворца, на Кавказе.
Как провидчески сказал о Валааме в 1936 году замечательный русский писатель И. С. Шмелёв, «придёт время, и расцветут подросшие цветы духовные: „Господний посев не истребится“».
Зосимова пустынь