Храм Святых Отцов семи вселенских соборов размещается на втором этаже. Первоначально собор во имя Святых Отцов находился к северу от существующего храма. Он был сооружён в 1555–1560-х годах и освящён митрополитом Московским Макарием в присутствии царя Ивана Грозного 18 мая 1561 года. В XVIII веке древний храм обветшал и был разобран. В связи с этим над Покровской церковью возвели второй этаж, куда был перенесён престол в честь Святых Отцов семи вселенских соборов.
Из сокровищ древнего храма сохранилась Владимирская икона Божией Матери с Акафистом. Она находится в местном ряду иконостаса, слева от Царских врат. Справа от Царских врат размещён храмовый образ Святых Отцов семи вселенских соборов, написанный в 1989 году. Из других икон местного ряда замечательны в историческом и художественном отношении образ святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, с клеймами жития на раме XVII века и Казанская икона Божией Матери XVIII века с клеймами, иллюстрирующими «Сказание о явлении чудотворной иконы Пресвятой Богородицы в г. Казани». Верхние ряды иконостаса представляют собой единый ансамбль из 67 икон XVII века, поступивших из Троице-Сергиевой лавры и Московской духовной академии. К северу от иконостаса находится рака с частицей мощей благоверного князя Даниила.
В северной галерее храма расположен придел в честь святого князя Даниила. Память основателя обители празднуется в день его блаженной кончины, 4/17 марта, и в день обретения в 1652 году его мощей, 30 августа/12 сентября.
Церковь преподобного Симеона Столпника расположена над Святыми вратами, под колокольней. Она построена в 1730-х годах и сохранилась в своём первоначальном виде. Колокольня же над храмом была снесена в 1930-х годах, а её колокола, подбор которых был одним из лучших в Москве, вывезены в США и размещены на звоннице Гарвардского университета.
В 1984 году колокольня Свято-Данилова монастыря была восстановлена в прежних формах. Её высота — 45 метров. На колокольне 16 колоколов, привезённых в основном из Поволжья. Самый большой из них, отлитый в 1886 году в Ярославле, весит 221 пуд.
Церковь преподобного Симеона Столпника освящена после реставрационных работ 27 февраля 1988 года.
Её иконостас состоит из местного, праздничного и деисусного чинов. Он оформлен по проекту московского художника-иконописца С. Н. Добрынина, написавшего для него 12 икон, в том числе и храмовый образ святого Симеона Столпника. Основной комплекс икон для иконостаса надвратной церкви поступил в Данилову обитель как пожертвование из Псково-Печерского монастыря. Он составлен из стилистически близких икон XVII–XX веков. Тябла (поперечные брусья) и вертикальные колонки между иконами расписаны орнаментом по мотивам росписи иконостаса в церкви преподобного Иоанна Лествичника Кирилло-Белозерского монастыря.
Троицкий собор — самый большой и величественный храм Свято-Данилова монастыря. Он построен по проекту замечательного зодчего О. И. Бове в 1833–1838 годах. Храмозданная грамота на строительство собора была выдана монастырю митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым). 13 сентября 1838 года митрополит Филарет торжественно освятил главный престол храма во имя Живоначальной Троицы. В том же году были освящены два престола в приделах: северном — во имя зачатия святой праведной Анны и южном — во имя преподобного Алексия, человека Божия.
Троицкий собор построен в стиле позднего классицизма. Его основной объём имеет с востока полукруглую апсиду, а с трёх остальных сторон — шестиколонные портики. Здание увенчано круглым барабаном с широкими окнами. Полусферический купол барабана завершает небольшая главка с крестом.
После 1930 года, когда на территории Данилова монастыря размещался детский приёмник, здание собора сильно пострадало от приспособления его к бытовым и производственным нуждам. В процессе реставрационных работ 1983–1986 годов были восстановлены портики на южном и северном фасадах храма и другие утраченные детали. Усилиями архитекторов, мастеров различных специальностей и братии монастыря собору возвращён его прежний облик.
От внутреннего убранства храма сохранились лишь фрагменты, но именно они вместе с обнаруженными в Центральном государственном архиве древних актов СССР проектными чертежами О. И. Бове позволили воссоздать интерьер собора в виде, близком к первоначальному.
Благодаря нерасчленённой поверхности стен и единообразию архитектурных деталей внешний облик собора производит строгое, цельное впечатление. Интерьер же поражает великолепием декоративного убранства, в котором гармонично сочетаются живопись, лепнина и золочёная резьба по дереву.
Иконы для иконостасов Троицкого собора написаны насельником Троице-Сергиевой лавры архимандритом Николаем (Самсоновым). На апсиде храма помещена мозаичная икона Пресвятой Троицы, повторяющая прославленный образ преподобного Андрея Рублёва.