До середины XVI века Соловецкий монастырь был довольно скромной обителью с деревянными церковными, жилыми и хозяйственными постройками. Однако сильный дух его обитателей проявился в скором времени. В 1548 году игуменом стал незаурядный и деятельный Филипп (в миру — боярин Фёдор Колычёв). При нём в монастыре начинают строиться величественные каменные храмы, крупные хозяйственные сооружения, развивается торговля и собственный флот. Прокладываются новые дороги, многочисленные озёра соединяются каналами, что улучшает водоснабжение и передвижение на лёгких судах и лодках (эти каналы действуют и сейчас). Для решения «продовольственной программы» создаются пастбища и скотный двор на острове Большая Муксалма, а вблизи монастыря устраиваются большие искусственные пруды-садки для разведения и содержания морской рыбы. Летописец сообщает: «…при Филиппе игумене прибыли шти с маслом, да масляные приспели разные блины…» Различные технические новшества облегчали ручной труд — «автоматическая» подача зерна на сушку, разлив сваренного кваса по бочкам… Размах каменного строительства потребовал создания кирпичного завода, а также добывания средств и приглашения мастеров, что и было с успехом сделано — энергичный Филипп не сидел затворником на Соловках, а ездил по России и налаживал связи со многими «полезными людьми».
Восемнадцать лет управлял Филипп монастырём, превратив его за эти годы в один из крупнейших на Севере. В 1566 году Филипп был призван Иваном IV на место митрополита Московского, а в 1569 году по его же приказу был задушен Малютой Скуратовым в Твери, куда был сослан за протест против произвола опричников. Имя Филиппа в Соловецком монастыре свято и увековечено неоднократно.
Во второй половине XVI века над Соловками нависла военная опасность. Удивлённые и раздражённые активностью соловецкого торгового судоходства шведы в самый разгар Ливонской войны посылают к русским берегам военные корабли. Обеспокоенные соловецкие островитяне начинают возводить деревянную крепость, заменённую в 1582–1596 годах каменной. В крепости появляется войско с воеводой, призванное защищать берега Белого моря и монастырь от нападения шведов.
К середине XVII века монастырь достигает расцвета, растёт его политическое и нравственное влияние не только на Севере, но и во всём государстве. Но именно в это время, единственный раз в своей истории, монастырь подвергся страшному разгрому с многочисленными кровавыми жертвами. Так наказали его в конце знаменитого восьмилетнего «Соловецкого сидения» (1668–1676) царские войска за сопротивление церковной реформе патриарха Никона (кстати, жившего когда-то на Анзерском острове). При этом взять крепость штурмом так и не удалось — помог предатель.
Событием, покрывшим монастырь неувядающей военной славой, была неожиданная, весьма интенсивная и продолжительная, но совершенно безрезультатная бомбардировка монастыря двумя английскими шестидесятипушечными фрегатами в 1854 году, во время Крымской войны. Военные корабли, выпустившие из своих пушек за 9 часов канонады около 2000 ядер и бомб, ушли, слегка повредив отдельные здания и никого не убив. Это событие резко повысило авторитет монастыря среди верующих. Значительно увеличивается количество паломников и почётных гостей, в числе которых был и посол Франции в России Талейран.
Заботы об обустройстве монастыря продолжались и во времена, близкие к нашим. Характерна в этом отношении сооружённая в 1912 году гидроэлектростанция на самотёчном канале из Святого озера в Белом море.
Продолжалось бы дальнейшее обустройство островов, если бы монастырь остался действующим? Кто знает. Но зато точно известно, что из всех привлекательных качеств и особенностей архипелага и монастырских строений большевиков заинтересовали только те, которые позволили без особых лишних затрат устроить здесь тюрьму.
Стены монастыря и раньше использовались для изоляции и наказания преступников и еретиков. Но если за 400 предыдущих лет здесь перебывало чуть более трёхсот узников, то всего за 20 неполных лет существования «Соловецкого Лагеря (потом тюрьмы) Особого Назначения» (СЛОНа) их было сотни тысяч, большинство из которых так и остались на Соловках в безымянных братских могилах…
К концу 1940-х годов Соловецкий архипелаг утратил это своё предназначение…
В 1965 году в Соловецком кремле начались реставрационные работы. Сегодня уже многие объекты приняли свой прежний облик, утраченный в первую половину XX века; изучается его история, строится посёлок у стен древнего монастыря, взяты под охрану государства все многочисленные культовые, хозяйственные, жилые и инженерные сооружения островов, их уникальная природа.