Богоявленский собор — древнейшее каменное здание Костромы из сохранившихся до наших дней. В начале XVII века к нему была пристроена каменная колокольня. «Звон» её составляли 12 колоколов. На ней были установлены «боевые русские часы с перечасьем и получасьем», их костромичи помнили ещё в прошлом веке, когда часов тех уже не было.
Под собором находилась усыпальница. Вечное упокоение нашли в ней племянники великого князя Василия II Тёмного, — Иван, Андрей и Василий, погребены здесь именитые благотворители монастыря из фамилий бояр Салтыковых, Кафтыревых, князей Хованских… Тут же захоронены игумены и некоторые иноки монастыря. Все гробницы тщательно сохранились. Увы, в послереволюционные годы, после закрытия монастыря, они были уничтожены…
На протяжении своей многовековой истории знал монастырь сей и годы расцвета, и годы полного запустения. Грамоты, данные в разное время его настоятелям, показывают, что пользовался он покровительством и поддержкой и великих князей и государей наших. Любила посещать его первая супруга царя Иоанна Грозного — Анастасия. Здесь уместно вспомнить: о том, что она будет царицей, предрёк ей преподобный Геннадий Костромской и Любимоградский. И сам её царственный супруг не оставлял Богоявленский монастырь своей милостью. Впрочем, помнит наша древняя обитель и страшные дни гнева его, когда за почести, оказанные царскому племяннику, направлявшемуся через Кострому из Первопрестольной в Нижний Новгород, жестоко пострадали многие и сам игумен её. Скорый на гнев и расправу, государь постарался затем искупить своей грех пред обителью, одарив её многими дарами и милостями, но те страшные дни остались в истории обители и в истории града нашего запечатлёнными навсегда…
Страшные дни… Богоявленский монастырь помнит их немало. Все тяжкие испытания, все грозные удары времени монастырь встречал и превозмогал достойно. В годы Смутного времени, например, иноки его явили пример, достойный благодарной памяти потомков, пример верности вере своей православной и Отечеству.
В конце декабря 1608 года, когда Кострома оказалась в руках польских интервентов, иноки Богоявленского монастыря решили скорее пожертвовать своей жизнью, но не покориться захватчикам. Лишь после осады и штурма монастырь был захвачен и разграблен. Одиннадцать его иноков приняли мученическую смерть.
О том, насколько известным и значительным был Богоявленский монастырь в России того времени, говорит хотя бы тот факт, что при избрании на царство Михаила Фёдоровича Романова в феврале 1613 года на Московском Земском соборе присутствовал и подписался под избирательной грамотой в числе других выборных и настоятель этого монастыря игумен Арсений.
XVII век для Богоявленского монастыря стал временем каменного строительства. Деньги на строительство прислали многие, но главными жертвователями были: бояре Салтыковы, мать царя Михаила — инокиня Марфа, его отец — патриарх Филарет и другие патриархи московские и всея Руси…
В 1610 году была воздвигнута каменная церковь во имя Св. Иоанна Богослова, которую освятил сам патриарх Гермоген — будущий священномученик.
В начале того же столетия к Богоявленскому собору были пристроены каменные галереи, затем воздвигнуты Трёхсвятительская и Сретенская церкви, звонница с приделом в честь преподобного Сергия Радонежского — в нижнем её ярусе — и церковь в честь святителей Михаила, Петра и Ионы — над святыми вратами обители.
Особенно украсился монастырь при игумене Герасиме. С 1542 по 1672 год, без какого-либо перерыва, возводил он, одно из другим, каменные здания. В первые шесть лет этого тридцатилетнего срока монастырь был обнесён каменной стеной семиметровой высоты. Монастырь приобрёл вид крепости. Шесть башен возвышались над стеной: четыре — угловые и две — надвратные.
В 1672 году Богоявленский собор был расписан «на иждивение» боярина Петра Михайловича Салтыкова. К этому же времени относится и написание на стене юго-западной башни иконы Богоматери Смоленской, чудесно сохранившейся во время пожара 1773 года, после чего и началось её особое почитание. Здесь сначала была построена деревянная часовня, а в 1824 году алтайским миссионером, архимандритом этой святой обители Макарием Глухарёвым, на средства костромского гражданина Ф. М. Обрядчикова возведена небольшая церковь, названная в народе «Смоленской часовней».
В XVIII веке и в первой половине XIX века Богоявленский монастырь переживал пору своего упадка. Новое строительство в нём почти не велось. Лишь в 1752–1760 годах на средства генеральши Екатерины Михайловны Салтыковой в монастыре была выстроена церковь во имя Святителя Христова Николая — над гробом супруга её Михаила Петровича Салтыкова. Сокращалось число братии, здания пустовали. С 1779 года сюда были помещены все присутственные места города, которые находились здесь до 1809 года. В 1814 году в монастырь была переведена Духовная семинария.