У восточной стены Петропавловского собора находится Комендантское кладбище, на котором покоятся 19 из 32-х комендантов крепости. В 1991 году неподалёку от собора у главной аллеи установлен памятник Петру I, подаренный городу его автором Михаилом Шемякиным.
На территории крепости размещены экспозиции Музея истории Санкт-Петербурга. Старейшая из них расположена в бывшей тюрьме Трубецкого бастиона, построенной в 1870–1872 годах. С петровских времён для заключения особо важных государственных преступников использовались казематы крепости, позднее — одиночки Секретного дома Алексеевского равелина. Узниками «русской Бастилии» были сын Петра I царевич Алексей, Артемий Волынский и Тадеуш Костюшко, участники освободительного движения, Александр Радищев, декабристы, петрашевцы, Фёдор Достоевский, Михаил Бакунин, Николай Чернышевский, Пётр Кропоткин, Максим Горький, народовольцы, эсеры, большевики…
После Февральской революции в тюрьму Трубецкого бастиона были заключены царские министры, а в ночь на 26 октября 1917 года — члены Временного правительства. В годы Гражданской войны здесь содержались жертвы «красного террора», участники Кронштадтского восстания 1921 года. Экспозиция, впервые открывшаяся в тюрьме в 1924 году, рассказывает о её строительстве, режиме и нескольких поколениях узников.
В бывшем Комендантском доме с 1975 года открыта экспозиция «История Санкт-Петербурга». В настоящее время она знакомит с прошлым приневских земель с древнейших времён до основания Петербурга в 1703 году и об истории города до середины XIX века.
В Инженерном доме проводятся разнообразные выставки из богатейших фондов музея. В помещении Иоанновского равелина открыт музей Газодинамической лаборатории, посвящённый развитию отечественного ракетостроения и космонавтики. Здесь в 30-е годы располагалась первая в СССР опытно-конструкторская газодинамическая лаборатория по разработке ракетных двигателей. Экспозиция рассказывает об основоположниках космонавтики Константине Циолковском, Николае Жуковском, Сергее Королёве и многих других. Воссозданы помещения, в которых работали конструкторы под руководством основоположника отечественного ракетного двигателестроения В. П. Глушко, часть мастерских. В музее можно увидеть спускаемый аппарат космического корабля «Союз-16», модели образцов ракетно-космической техники, подлинное оборудование и облачение космонавтов — скафандр, теплозащитный костюм, сделанные космонавтами фотоснимки поверхности Луны, Венеры, Марса, Сатурна, а также документы и фотоматериалы об испытаниях ракетных двигателей и пусках первых ракет.
Ежедневно с Нарышкина бастиона раздаётся полуденный пушечный выстрел, и ежегодно 27 мая Петропавловская крепость становится местом торжественного празднования Дня города.
Сегодня на территории крепости работает несколько постоянных музейных экспозиций.
Российская государственная библиотека
У многих людей Российская государственная библиотека и сегодня ассоциируется с именем «Ленинка». Но не все знают, что это широко известное название появилось более 80 лет назад: 6 февраля 1925 года.
Сегодня Российская государственная библиотека (РГБ), крупнейшая в Европе и вторая в мире после Библиотеки Конгресса США по величине и значимости собрания книг, обладает более чем 43-миллионной коллекцией печатных документов на 247 языках. Читальные залы библиотеки в среднем ежедневно посещают 5 тысяч человек, которые заказывают более 35 тысяч документов. А через Интернет ресурсами библиотеки в разной форме уже сейчас пользуются несколько сот клиентов в день.
В тот день, 6 февраля 1925 года, библиотека Государственного Румянцевского музея (ГРМ) была официально преобразована в Государственную библиотеку СССР имени В. И. Ленина (ГБЛ), а популярная у москвичей публичная библиотека (в обиходе — Румянцевка) вскоре стала называться Ленинкой. Это неофициальное имя, надолго закрепившееся за одной из крупнейших библиотек мира, самой большой библиотекой Европы, PR-технологи называют в числе 5 самых известных и «раскрученных» брендов российских некоммерческих организаций, таких как МГУ, Большой театр, ВДВ, Эрмитаж и Академия наук.
Официальная история одной из крупнейших в мире национальных библиотек начиналась 178 лет назад и связана с именем графа Николая Петровича Румянцева, основателя частного музея, созданного им в Санкт-Петербурге.
Почти столетие Библиотека функционировала, находясь в составе музейного комплекса, который сохранял неизменным имя Румянцевского музея. Это же имя неофициально носила и библиотека.
Переезд в 1918 году правительства революционной России в Москву, вернувшую статус столицы, кардинально изменил жизнь города и его учреждений. Библиотека получила самостоятельность. С 1925 года по 1992 год она именовалась Государственной библиотекой СССР имени В. И. Ленина. А в настоящее время — «Российская государственная библиотека» (РГБ).