В 1989 году был построен ещё один новый корпус, уже с южной стороны от основного здания. Он предназначался для выставочных залов, конференц-зала, информационно-вычислительного центра, детской изостудии. В этом же здании находится большая часть инженерных систем и служб, поэтому оно получило название «Инженерный корпус».
Принципиальной особенностью проекта было включение в музейный ансамбль храма Святителя Николая в Толмачах (памятник архитектуры XVII в.). Ныне он восстановлен, освящён и действует в статусе домового храма-музея при Третьяковской галерее.
В 1986 году к Галерее на правах отделов был присоединён ряд мемориальных московских музеев: Дом-музей П. Д. Корина, Дом-музей В. М. Васнецова, Музей-квартира А. М. Васнецова, Музей-мастерская А. С. Голубкиной. В связи с этим галерея получила статус Всесоюзного музейного объединения (с 1994 г. — Всероссийское).
В апреле 1995 года для посетителей открылась обновлённая экспозиция классического русского искусства в Лаврушинском переулке. Традиционный маршрут и расположение материалов были во многом сохранены. В новом-старом доме Третьяковской галереи стало возможным значительно расширить экспозицию древнерусского искусства, выделить залы для скульптуры XVIII — первой половины XIX века и рубежа XIX–XX веков. Требующая особого светового режима графика теперь демонстрируется в специально оборудованных залах, появилась «Сокровищница», где можно увидеть произведения прикладного древнерусского искусства, миниатюры, иконы в драгоценных окладах.
Застройка внутренних двориков дала возможность создать новые залы для картин К. П. Брюллова, А. А. Иванова, И. Н. Крамского, А. И. Куинджи. Самый большой из них был специально спроектирован для огромного декоративного панно «Принцесса Грёза» М. А. Врубеля (1896 г.), поступившего в галерею в 1956 году из Государственного академического Большого театра СССР.
Ещё в 1953 году из Большого дворца Московского Кремля было передано пятиметровое полотно И. Е. Репина «Приём волостных старшин Александром III во дворце Петровского дворца в Москве» (1886 г.), которое писалось по «высочайшему» заказу. Оно также включено в новую экспозицию.
В декабре 1998 года в здании Третьяковской галереи на Крымском валу была открыта первая часть новой экспозиции «Искусство XX века», охватывающая период от рубежа веков до послевоенного времени. В мае 2000 года последовало завершение: от середины 1950-х годов до конца 1990-х. Таким образом, сегодня в залах галереи наиболее полно представлена панорама русской культуры прошлого столетия, впервые за многие десятилетия развития музейного дела в России.
В 2006 году Государственная Третьяковская галерея отметила своё 150-летие.
Коломенское
Московский государственный объединённый историко-архитектурный и природно-ландшафтный музей-заповедник был создан в 2005 году на базе Государственного музея-заповедника «Коломенское», одного из самых известных московских музеев.
В октябре 1921 года опубликован декрет СНК РСФСР «Об охране памятников природы, садов и парков», в котором было упомянуто Коломенское. В феврале 1923 года в соответствии с постановлением Главнауки Наркомпроса СССР известный архитектор и реставратор П. Д. Барановский получает мандат на организацию в Коломенском музея и становится его первым директором.
По постановлению СНК РСФСР от 17 февраля 1925 г. Коломенское и Дьяково стали «отделениями музея „Покровский собор“» (собор Василия Блаженного), а уже в 1926 году музей приобрёл самостоятельный статус: он был отделён от музея Василия Блаженного и переименован в музей «Архитектурные памятники Коломенского».
В 1928 году постановлением Малого совета народных комиссаров РСФСР музей передали Государственному Историческому музею в качестве музея-филиала, а в 1971 году он вышел из подчинения ГИМа и был образован Государственный музей-заповедник «Коломенское». В 1990 году решением Исполкома Моссовета музей-заповедник переименован в Государственный художественный историко-архитектурный и природно-ландшафтный музей-заповедник «Коломенское».
Позже для возрождения и развития историко-культурных территорий столицы — дворцово-паркового ансамбля «Лефортово» и усадьбы «Люблино» — был создан Московский государственный объединённый музей-заповедник (Коломенское — Лефортово — Люблино).
Новый музей-заповедник объединяет усадьбу «Коломенское», расцвет которой пришёлся на Средневековье, «Головинский сад» — часть усадьбы «Лефортово», возникшей на рубеже XVII–XVIII веков и послужившей прообразом императорских резиденций в окрестностях Петербурга, и Люблино, усадьбу рубежа XVIII–XIX веков, золотого века российского дворянства.
Усадебные комплексы, входящие в музейное объединение, позволяют представить развитие московской усадьбы на протяжении четырёх столетий. В собрание музея-заповедника входят фонды, насчитывающие около 150 тысяч музейных предметов — памятников истории, культуры и искусства, представленные 15 фондовыми коллекциями; научная библиотека и архив. Более 3000 музейных предметов входят в состав постоянных экспозиций.