Соборный храм монастыря, как и все византийские постройки, достаточно скромный снаружи, но величественен внутри. Уже в притворе можно с изумлением увидеть свыше десятка драгоценных икон VI–XIV вв., многие из которых выполнены в древней живописной технике — энкаустике. Они также щедро украшают и основной интерьер храма. Три нефа базилики разделены семью мраморными колоннами, с каждой стороны в которых сокрыты мощи святых мучеников. Вдоль колонн выставлен ряд так называемых стасидий, высоких кресел с откидными сидениями и подлокотниками, в которых при долгой службе можно сидя или облокотившись стоя совершать длительное молитвенное бдение. Резной кипарисовый иконостас, с большим распятием над царскими вратами, отделяет алтарь, в который встроена самая древняя часть храма, первоначальная церковь. В конце апсиды, куда можно заглянуть через специальный боковой коридор, можно увидеть и одну из древнейших на земле мозаик Преображения Господня, созданную в 534 г. С правой стороны центрального нефа расположен трон архиепископа синайского, возглавляющего автокефальную церковь, являющуюся автономной частью Иерусалимской православной церкви.
Настоятелем Синайского монастыря был когда-то препеподобный Иоанн Лествичник (526–606), создавший знаменитую «Лествицу», скрижали духовные, где описал трудный путь восхождения по ступеням добродетелей к вершинам Богопознания. Образ духовной лестницы был им разработан по аналогии с восхождением по знаменитой лестнице, вырубленной первыми синайскими монахами и ведущей на святую гору Синай, где Моисей узрел Бога. С мудростью истинного провидца он писал, что даже «каждая из добродетелей способна обернуться грехом: умеренность — скупостью, щедрость — расточительством, память смертная — унынием, смирение — гордыней. Потому и говорят о победе над страстями: страсти — это страдания, болезни души». Путь его восхождения был очень не легок. Придя в монастырь в семнадцать лет, он двадцать лет смиренно исполнял иноческое послушание, после чего получил благословение на отшельничество. Но его уединенное жительство скоро было прервано, т. к. избран он был братией в игумены. Но только 4 года возглавлял монастырь святой Иоанн и, благословив иноков, снова ушел в затвор, где пребывал сорок лет и написал великую книгу о восхождении к духовным высотам. Интересно, что в России книга была впервые издана в 1647 г., с пояснениями Нила Сорского и Максима Грека. В безлюдной пустыне Фола сохранилась пещера в скале, где подвизался преподобный старец.
Монастырь знаменит на весь мир своим библиотечным собранием, хранящим редкие греческие, сирийские, арабские, эфиопские и многие другие древние манускрипты, в т. ч. и славянские. Здесь хранится и самая древняя греческая рукопись Евангелия, датируемая 717 г., периода царствования византийского императора Феодосия III. Книжный фонд его насчитывает еще более пяти тысяч единиц. В монастыре хранится богатейшее иконописное собрание, которое составило бы славу любому музею. Кстати, архимандрит Порфирий, первый описавший многие духовные ценности монастыря, вывез с собой четыре древние иконы, выполненные в энкаустической технике, которые теперь находятся в Киевском музее Западного и Восточного искусства и составляют основу коллекции ранневизантийской иконы.
Сегодня синайские рукописи достаточно хорошо описаны специалистами, а сама история их длительного изучения и научных открытий требует особого очерка. Но несколько слов необходимо сказать о знаменитом Синайском кодексе, Евангелии, написанном по-гречески на пергаменте в IV в. Его обнаружил еще архимандрит Порфирий, когда исследовал монастырское книгохранилище. Кстати, здесь он нашел и множество документов по истории древней Руси, в т.ч. древнюю псалтырь, написанную глаголицей. Синайский кодекс был позднее поднесен синайскими монахами императору Александру II в 1869 г., но, к сожалению, большевиками в тридцатые годы бесценный кодекс был продан за смешные деньги за границу и теперь он находится в Британском музее.
В монастыре проживает 30 греческих монахов, вместе с архиепископом, и 12 священноиноков. Надо заметить, что на территории монастыря имеется единственный источник воды в округе, так называемый колодец Моисея, позволивший в пустынном месте создать небольшой оазис, потому вокруг обители разбито несколько садовых участков.