Основателем Цетинского монастыря является Иван Черноевич (Иван-бег), который правил землями Черногории[38]
(древнее название Зета) в 1465–1490 гг. В 1479 г. турецкий султан Мехмет II захватывает Зету и Иван вынужденно бежит в Италию. Там он, находясь в Лоретском монастыре во имя Божией Матери, во время молитвы перед святым образом дает обет, что если он вернется на родину, то воздвигнет храм, посвященный Богородице. Когда султан умирает, Иван Черноевич возвращается в Зету и восстанавливает власть над частью своих земель. Он переносит свою резиденцию со Скадарского озера к подножию горы Ловчен. Там же он строит в 1484 г. и задужбину, согласно принесенного обета — Цетинский монастырь. В него переводится и резиденция Зетской епархии, основанной еще святым Саввой I в начале XIII в.В центре монастыря была возведена церковь Рождества Пресвятой Богородицы, окруженная с трех сторон колоннадой. Особый архитектурный стиль монастыря, вероятно, был связан с мастерами из Приморья, возводившими обитель. Были построены монастырские постройки и малая церковь Святого Петра. Многие здания имели узкие бойницы. Сам монастырь был опоясан круговым рвом и укреплен частоколом из бревен. Некоторые фрагменты этих древних строений сохранились до наших дней.
После смерти Ивана Черноевича Зетой правил его сын Георгий, известный тем, что основал первую на славянском юге типографию, которую вскоре перенес в Цетинский монастырь. Здесь печатались религиозные книги на сербском языке, имевшие огромное значение для черногорской и сербской культуры и внесшие большой вклад в культуру других православных балканских народов.
В конце XV в. Черногория полностью подпадает под власть Турции, и черногорские священники становятся не только духовными пастырями, но и часто возглавляют борьбу с захватчиками. Во время очередной войны с Турцией в XVII в. Цетинский монастырь становится одним из очагов Сопротивления. Тогда против Османской империи образовался так называемый Христианский союз (Австрия, Польша, Венеция, Ватикан), и венецианский гарнизон стоял в его стенах. Покидая монастырь при приближении врага, венецианцы заминировали его стены, а когда турки вошли, то взорвали. Погибло более 300 человек неприятеля, а их предводитель, паша Сулейман, был тяжело ранен. Тогда он в ярости приказал разрушить оставшиеся после взрыва церковь и монашеские кельи. Так в 1692 г. монастырь был полностью уничтожен. На его месте, уже в новое время, будет построена Дворцовая церковь.
Новая страница в истории монастыря, как и всей истории страны, связана с именем бывшего монаха Даниила (Петровича) из села Негуши, который в 27-летнем возрасте был избран митрополитом и господарем Черногории. Он основал новую династию Петровичей-Негошей, правившей Черногорией до 1916 г. Первые господари были духовного звания и, совмещая митрополичий сан, проживали в монастыре. Уже позднее будет возведен королевский дворец за стенами обители. Владыка Даниил продолжил укрепление страны, но круто изменил внешнеполитический курс Черногории, отойдя от католической Венеции и сблизясь с православной Россией. С этих времен Цетинский монастырь станет олицетворением духовной связи между Черногорией и Россией, и в него неоднократно будут делаться вклады многими русскими монархами.
В 1701–1704 гг. митрополит Даниил восстанавливает Цетинскую обитель на другом месте, на склоне горы Орлиный Крест, получающую название Нового монастыря. Многие строительные материалы, колонны, резные капители и украшения старого монастыря были использованы при возведении нового, дабы придать ему символическую преемственность. В центре монастырского комплекса, из тесаного камня, возводится церковь Рождества Богородицы, в апсиду которой был вмонтирован каменный рельеф с двуглавым орлом — гербом господаря Ивана Черноевича, а над входом водружена плита от старого монастыря с памятным текстом об основании обители.
В Черногорию не раз будут вторгаться войска турок, и монастырь будет подвергаться разрушениям, но каждый раз будет восстанавливаться. В 1712 г. он был разграблен и разрушен, как и большая часть Черногории. Владыка Даниил вынужден был отправиться за помощью в Россию, где он получает от царя Петра I деньги на восстановление страны. Новый Цетинский монастырь восстановили одним из первых, и в 1724 г. он уже заблистал прежними красками.