Но и тогда и позднее положение Николы Пашича нельзя было назвать прочным: у него имелись как противники (король Милан Обренович и в то время не достигший совершеннолетия его сын Александр), так и конкуренты (королевский регент Йован Ристич). Пашича преследовали интриги и ссоры, его отправляли в отставку и даже санкционировали – в форме своеобразной ссылки – его назначение представителем Сербии в Петербурге на излете XIX века (1893–1895 годы). Когда и это не помогло убрать Пашича из политики, его подвергли девятимесячному тюремному заключению.
Наконец некий террорист, поляк Дюра Кнезевич, служивший в пожарной команде, попытался самостийно убить короля Милана. Случилось покушение уж очень «вовремя». Многие посчитали это провокацией с целью начать преследование радикальной партии и арестовать ее деятелей во главе с Пашичем. Король Милан настаивал на смертном приговоре для лидеров партии, включая Пашича. Но тут вмешалась Австрия, опасавшаяся ухудшения отношений с Россией в случае казни популярного у русских Пашича. Его освободили, и он успел даже выступить с реформаторским докладом, но в это время внутри его радикальной партии был спровоцирован раскол, оппозиционеры обвинили его в трусости и оппортунизме. Пашича вновь арестовали и приговорили к пяти годам заключения. Этот приговор так и не вступил в силу, а Пашича снова освободили, хотя позорная слава оппортуниста тянулась за ним еще некоторое время. Тогда оставив и радикальную партию, и политику, Пашич стал на время пенсионером и по совместительству – независимым консультантом правительства по политическим вопросам. Только это был еще не конец.
С такой выдающейся биографией, как у Пашича, можно было сделаться либо параноиком, либо чрезвычайно отважным человеком. Пашич, очевидно, приобрел вкупе и то и другое, потому что, прикинувшись отошедшим от дел, 11 июня 1903 года он таки осуществил свой главный радикальный поступок – избавился от ненавистного короля Александра Обреновича, убрав его руками Драгутина Димитриевича, прозванного Аписом за мощное телосложение. После этого Апис получил за преданность чин полковника и возглавил сербскую разведку. Вместе с королем и королевой были убиты премьер-министр и министр обороны, что дало Пашичу возможность контролировать формирование новой власти в стране. Отец убитого короля Милан Обренович к тому моменту уже успел отречься от престола в пользу сына и умереть в Вене в 1901 году, поэтому после смерти последних Обреновичей и их министров Пашичу никто больше не угрожал.
Пашич одобрил коронацию сербского монарха Петра I, ориентировавшегося на западные демократические идеалы и популярного в народе. В 1904 году Пашич стал новым премьер-министром, сохранив за собой и пост министра иностранных дел.
Однако и на этом бурные перемещения Николы Пашича на политическом поле не закончились. В 1908 году его правительство подало в отставку в связи с закрытием границ Австро-Венгрии и сменой курса. Тогда же были аннексированы Босния и Герцеговина, и Пашич сыграл роль миротворца, успокаивая волнения народа и анти-австрийские возмущения. В его политической деятельности все большее значение приобретали связи с Российской империей, в которой виделся могущественный славянский покровитель балканских народов. От радикализма Пашич перешел к славянскому национализму, решив провозгласить Великую славянскую империю на Балканах.
Вернувшись в политику и сформировав подряд два правительства (1909 и 1912 годов), он в 1912 году инициировал создание