В ноябре 1406 года Косса получил известие о том, что «от апоплексического удара» скончался Иннокентий VII – преемник Бонифация IX. Бальтазар незамедлительно отправился в Ватикан.
По этому поводу один из хронистов пишет: «Все знали, что Папа Иннокентий VII постоянно завидовал политическим успехам своего легата и помышлял о том, чтобы лишить его управления Болоньей. И когда он умер, поползли слухи, что он отравлен Коссой и его единомышленниками. Со временем эти слухи подтвердились».
Однако Косса был официально обвинен в убийстве понтифика лишь в мае 1415 года на Констанцском соборе. А почти за 10 лет до этого, в ноябре 1406 года Конклав по рекомендации Бальтазара избрал папой Анджело Коррарио, принявшего имя Григория XII. И, конечно же, новый понтифик понимал, что своей высокой должностью обязан Коссе, поэтому он во всем советовался с ним, и даже оставил его наместником в Болонье. А поскольку это был самый значительный пост в папстве, Бальтазар, одновременно, стал и первым из всех кардиналов.
Однако со временем Григорий XII стал опасаться столь плотной опеки со стороны Коссы, и, чтобы лишить его безграничного влияния на высших священнослужителей, он назначил немало новых кардиналов. Более того, взаимоотношения Григория XII и Коссы настолько обострились, что Папа предал его анафеме и лишил кардинальского звания и должности наместника.
Но Косса, в свою очередь, заявил, что отныне является полновластным властителем тех областей, которыми до этого управлял от имени Папы. Кроме того, он решил объединить священнослужителей и глав государств, которых не устраивал Григорий XII.
А 15 июня 1409 года Конклав кардиналов неожиданно предложил избрать Папой Бальтазара Коссу. Но он отказался от понтификата, посчитав, что еще не время для восхождения на церковный олимп. И, поблагодарив членов Конклава за доверие, предложил кандидатуру критянина Петра Филарга, принявшего имя Александра V.
Но спустя всего одиннадцать месяцев – 25 мая 1410 года – путем подкупа и обещаний бывший пират был возведен на папский престол под именем Иоанна XXIII. Теперь он добился всего того, о чем мечтал многие годы. Но наслаждался достигнутой властью Косса недолго.
В ноябре 1414 года он совершил ошибку, стоившей ему трона. Дело в том, что в это время в имперском городе Констанц он собрал церковный собор, в ходе которого открылись все неприглядные дела Коссы: распутство, торговля индульгенциями и должностями. Причем об этом было известно и простому люду, и королям.
Сообразив, что теряет папский престол, Иоанн XXIII отправил гонца к своему союзнику герцогу Фридриху Австрийскому. Он просил обеспечить его убежищем в том случае, если его лишат понтификата.
А уже 20 марта 1415 года Бальтазар, переодетый конюхом, вынужден был бежать в резиденцию Фридриха Австрийского – в Шафхаузен. Отсюда он отправил письмо императору Сигизмунду, рассказав о своих злоключениях. Косса рассчитывая, что это известие станет причиной роспуска собора, так как на нем отсутствовал Папа. Но собор не распустили, а выставили Папе требование вернуться в Констанц и отречься от престола.
Но Иоанн XXIII в обмен на престол потребовал сохранить за ним Болонью и прилегающие к ней земли. Также он должен был остаться кардиналом с доходом в тридцать тысяч золотых дукатов в год. О требованиях Бальтазара доложили императору Сигизмунду. Тот немедля с тридцатью тысячами воинов выступил в поход. Иоанн XXIII и Фридрих Австрийский бежали из Шафхаузена.
А продолживший свою работу собор, помимо чисто церковных дел, посвятил два своих заседания допросу свидетелей по обвинению Бальтазара. В результате Иоанну XXIII были предъявлены 72 пункта обвинений: в том числе продажа церковных постов и санов, развращение тысяч женщин, мужеложство, убийства и прочее, прочее…
Иоанн же, обладая огромным состоянием, попытался привлечь в свои союзники некоторых крупных феодалов. Однако силы оказались неравными, и скоро сторонники Папы стали сдаваться Сигизмунду. А 14 мая 1415 года и сам Бальтазар был пленен во Фрибурге. И уже 17 мая 1415 года, на специальном заседании собора он был лишен всех прав и передан в руки правосудия. Через две недели, 29 мая суд вынес решение, в соответствие с которым бывшему Папе вменялись самые ужасные грехи: воровство, кровосмесительство, нарушение мира и единства Церкви.
Коссу поместили в камеру-одиночку в Готлебенскую крепость, расположенную в швейцарском городе Тургау. А 17 мая, по распоряжению нового понтифика – Мартина V – Бальтазара перевели в крепость Мангейм. И если бы не преданная ему любовница Има Давероне, которая, подкупая надзирателей, навещала Коссу, он, скорее всего, не смог бы выдержать обрушившееся на него несчастья.
Спустя три года политическая ситуация изменилась, и Бальтазар Косса оказался на свободе. Освободившись из заключения, он явился к новому Папе Мартину V, который назначил его епископом Тускуланским…
С этого времени ничего о Коссе неизвестно, за исключением того, что жил он вместе с Имой в одном из великолепных дворцов Флоренции…