6 октября были совершены вылеты в район Зурмаха. 14 октября красные летчики нанесли бомбовые удары по базам повстанцев в районе Хоста и Надрала. Приказом управления ВВС Туркестанского фронта этим находящимся в Кабуле «инструкторам» запрещалось переписываться со своими коллегами в Туркестане, а советский военный атташе Виталий Маркович Примаков в своей книге «Афганистан в огне» упоминает об их участии в боевых действиях и в 1928 г. К этому времени положение Амануллы-хана укрепилось настолько, что он предпринял поездку в Европу. Эмира не было в стране всего полгода, и это оказалось гибельным для его режима. Противники эмира сумели собрать большую армию сторонников. Нередко под их знамена переходили целые полки, поверившие, что Аманулла-хан бежал из страны. В результате повстанцы под командованием бывшего взводного командира эмирской гвардии Бачаи-Сакао одолели правительственные войска и 17 января 1929 г. заняли Кабул. Власть перешла к Бачаи-Сакао, принявшему имя эмира Хабибулло. В городе началась резня. Она была не только племенной – победившие пуштуны резали хазарейцев, – но и религиозной. Исламские фундаменталисты выступали против светского образования, фабрик, радио и других новшеств, развращающих, по их мнению, душу правоверного мусульманина. Из страны начался отток десятков тысяч беженцев, которые устремились в советскую Среднюю Азию.
Советские «инструкторы» были эвакуированы из Афганистана. Командующий Среднеазиатским военным округом (САВО) П. Дыбенко был серьезно обеспокоен сложившейся ситуацией. Разведотдел САВО 10 марта 1929 г. извещал Москву: «Вслед за захватом власти в Афганистане Хабибуллой отмечается резкое повышение активности басмшаек, учащаются случаи перехода на нашу территорию… Узбеки – бывшие басмачи принимали активное участие в совершении переворота и привлекаются к охране границ… Хабибулла установил контакты с эмиром бухарским и Ибрагим-беком, обещал оказать содействие в походе на Бухару. Развернувшиеся в Афганистане события, развязывая силы басмаческой эмигрантщины, создают угрозу спокойствию на нашей границе…»
В феврале 1929 г. Аманулла-хан с группой соратников прибыл в район Кандагара для организации сил, во главе которых он надеялся вновь войти в Кабул. Вскоре в ЦК ВКП(б) обратился генеральный консул Афганистана в Ташкенте Гулям-Наби-хан. Он просил разрешить формирование на советской территории отряда из покинувших страну сторонников Амануллы. Предполагалось, что отряд должен совершить глубокий рейд по территории Афганистана и помочь основным силам свергнутого эмира взять Кабул. Москва немедленно откликнулась на просьбу о помощи. Руководство формированием отряда поручили заместителю командующего САВО Германовичу. Для усиления боеспособности отряд решили пополнить красноармейцами. Поначалу он не превышал 300 человек и был оснащен 12 станковыми и 12 ручными пулеметами, 4 горными орудиями и подвижной радиостанцией. Командиром назначили «кавказского турка Рагиб-бея», или «Витмара», как его именовали в документах Примакова. Все красные военспецы получили азиатские имена, которыми должны были называться в присутствии афганцев. 10 апреля 1929 г. отряд был полностью подготовлен к выступлению.
Вторжение началось утром 14 апреля. На рассвете разведчики сняли афганскую заставу на южном берегу Амударьи. На следующий день отряд «Рагиб-бея» захватил город Келиф. После первых пушечных выстрелов и пулеметных очередей его гарнизон сложил оружие. 22 апреля отряд подошел к Мазари-Шарифу. Ранним утром передовые подразделения ворвались на окраину. Жестокий бой продолжался весь день. Превосходящие силы обороняющихся не устояли под пулеметным огнем. Вскоре из Мазари-Шарифа в Ташкент отправилась радиограмма о взятии города. Из штаба САВО в Москву сообщили: «Мазар занят отрядом Витмара». Операция была засекречена настолько, что даже в обзоре наркомата иностранных дел в Узбекистане о положении в Афганистане за апрель 1929 г. написано, что «22 апреля Мазари-Шариф был занят… отрядами, верными Аманулле».
17 апреля губернатор Мазари-Шарифской провинции заявил протест по поводу организации на советской территории отряда Гулям-Наби-хана и занятия им ряда приграничных населенных пунктов. Советский генеральный консул выступил с опровержением о «якобы имевшем место вмешательстве в дела Афганистана».
В советскую историю эти события вошли как «операция по ликвидации бандитизма в Туркестане», которую проводил «мусульманский батальон», составленный частично из афганцев, но в основном – из бойцов 81-го кавалерийского и 1-го горнострелкового полков, а также 7-го конно-горного артиллерийского дивизиона РККА.