Советская разведка была тоже осведомлена о деятельности Валленберга, у русских было много наблюдателей в Будапеште с прямой курьерской и радиосвязью с Москвой.
Британское министерство иностранных дел подозревало Якоба Валленберга в том, что тот планирует новый плацдарм для проворачивания сделок в послевоенной Восточной Европе и именно для этого послал племянника в Будапешт. Кремль находился тогда в хороших отношениях с банкирами Валленбергами: в войне 1939 года СССР с Финляндией они выступали посредниками, в феврале 1944 года, когда Хельсинки хотели заключить сепаратный мир, Валленберги вместе с Коллонтай устраивали все конфиденциальные встречи. В Будапеште молодой Валленберг приобретает первейшее значение для Москвы.
Провалившаяся сделка Гиммлера нашла своё продолжение в меморандуме госдепартамента США, в котором говорилось, что гуманитарную акцию выкупа евреев у СС нужно продолжить в Швейцарии, где не было официальных представителей СССР, к тому же руководитель местного представительства УСС Аллен Даллес был опытнее в делах такого рода, чем стамбульские резиденты.
На стороне немцев выступал не одиозный Эйхман, а мало кому известный, общительный и радушный оберштурмбаннфюрер Курт Бехер. После передачи 318 евреев из Берген-Бельзена в Швейцарию он приезжает на встречу 31 августа с Сали Майер, уполномоченным еврейской организации помощи «Джойнт».
Через три дня Гиммлер запрещает депортацию будапештских евреев, уже подготовленную венгерским правительством. Бехер даёт обещание прекратить массовые убийства и приезжает в ноябре в Цюрих на переговоры с представителем WRB Розвеллом Макклелландом. Тот показывает ему документы, из которых следует, что на эту акцию были выделены деньги величиной в 20 миллионов швейцарских франков.
Гиммлер держит своё обещание и приостанавливает работу газовых камер в Освенциме. «Я немедленно запрещаю всякое уничтожение евреев и приказываю заботиться о больных и старых лицах». Вальтер Шелленберг, руководитель внешней разведки, берёт за спиной Гитлера дело в свои руки с целью создать возможность для переговоров Гиммлера и других представителей Третьего рейха с США. Так, к концу войны между Западом и Востоком развернулась борьба за установление связи с СС, причём обе стороны действовали через Валленберга.
На самом же деле Гиммлер зондировал почву в обоих направлениях. В августе он шлёт своё доверенное лицо Лангбена в Стокгольм, чтобы послать запрос в Москву о согласии Сталина заключить сепаратный мир с Германией.
Как показывают новые источники, Валленберг не боялся русских. Как докладывал политрук 151-й стрелковой дивизии Дмитренков, Валленберг сам перешёл к ним. Хотя это и противоречит мнению агента венгерской тайной полиции Кароли Ремения, расследовавшего впоследствии дело Валленберга и считавшего, что русские сами его разыскивали. Как рассказывал подчинённый Дмитренкова Яков Баллах, Валленберг сам пришёл к русским, два офицера обязали всех свидетелей к молчанию и увезли Валленберга со связанными ремнём руками. Заместитель министра обороны Булганин прислал телеграмму, что Валленберга хотят видеть в Москве.
Согласно регистрационной карте Валленберг считался арестованным с 19 января, а 6 февраля его доставили в московскую центральную тюрьму. Первые три недели в одной камере с ним находился немец Густав Рихтер, который вспоминал, что Валленберг был в хорошем настроении. Только гораздо позже Валленберг пишет письмо протеста Сталину, в котором, ссылаясь на свой дипломатический статус, требовал освобождения.
У Сталина была привычка размещать своих гостей в лубянской камере, чтобы проверить их благонадёжность и перепроверить их связи. В сорок пятом он подверг такой проверке многих своих зарубежных агентов, много сделавших для СССР. Поэтому надежда, что Валленберг оставался другом СССР, не исчезала.
Валленберга поместили в камеру номер 151 главной тюрьмы страны — на Лубянке. Яков Шевчук, сотрудник первого отдела четвёртого отделения третьего главного управления военной разведки НКВД СССР, подвергает в ночь с 7 на 8 февраля Валленберга первому допросу.
28 апреля его допрашивает начальник отделения майор Кузмишин, согласно тюремной книге далее следуют допросы 17 июля и 30 августа 1946 года в знаменитой московской тюрьме Лефортово, офицер Даниил Копелянский, который допрашивал Валленберга, ещё жив, но утверждает, что не помнит этого заключённого. Ремений придерживается мнения, что Валленберга мог допрашивать сам Берия.
Начиная с октября 1946 года дело ведётся лично министром госбезопасности Виктором Абакумовым, о ведении дела Абакумов докладывает непосредственно Сталину. Заместитель Абакумова Евгений Питовранов рассказывает, что Сталин говорил Абакумову: «Погодите немного, держите его в готовности. Может статься, что он нам ещё пригодится».
По свидетельству Питовранова, Сталин распорядился создать для гостя в Лубянке, куда его снова переводят, тепличные условия: высокие потолки, меблированные комнаты, еда из столовой для охранников, врачебный надзор, полный покой.