С первых дней экспозиции Янтарной комнаты в Орденском замке Кёнигсберга её опекал доктор Альфред Роде — директор художественных собраний Кёнигсберга. Фрагментарно собранную Янтарную комнату осматривали высокопоставленные чиновники из Берлина и других городов Германии, работники культуры, дипломаты и журналисты.
В марте 1944 года в Орденском замке Кёнигсберга случился пожар, который частично уничтожил и выставочные коллекции, однако Янтарная комната не пострадала, если не считать образовавшийся на янтаре легкоустранимый белый налёт. И всё же после этого пожара Янтарная комната была демонтирована и упакована в ящики. Свидетельства Гебхардта Штрауса подтверждают другие источники. Именно с этого момента в нашем повествовании будут присутствовать уже не янтарные панели, а ящики с янтарным содержимым.
Версий, заявлений, свидетельств, показаний и предположений существует великое множество. Остановимся лишь на тех, которые имеют документальные подтверждения.
Свидетельствует бывший директор ресторана «Блютгерихт» Пауль Файерабенд (запись сделана 2 апреля 1946 года): «После того как Кёнигсберг в августе 1944 года был бомбардирован, Янтарную комнату (ящики) перенесли в Орденский зал, который помещался под рестораном. Упакованная в многочисленные ящики комната оставалась там до начала штурма Кёнигсберга. Роде много раз говорил мне, что комната должна быть увезена в Саксонию, но вследствие многочисленных транспортных затруднений это не могло быть осуществлено. В конце марта 1945 года замок посетил гауляйтер Кох. Он сделал доктору А. Роде серьёзный выговор, что тот оставил в замке упакованную Янтарную комнату. Кох хотел позаботиться о немедленном вывозе, но жестокая боевая обстановка уже не допустила вывоза. Упакованная комната осталась стоять в Орденском зале…» Вот ещё свидетельства П. Файерабенда, сделанные при второй встрече с ним 2 апреля 1946 года: «…В июле 1944 года во двор замка пришли две машины, высоко нагруженные ящиками. Некоторые маленькие ящики были сгружены в музее „Пруссия“, остальные остались на машинах. Я спросил доктора, что за гигантские ящики лежат на машинах. Роде сказал мне, что это янтарные стены из России… На следующий день машины с грузом ушли. Около полудня Роде пришёл ко мне купить несколько бутылок вина в запас на дорогу, он должен был уехать на несколько дней. Он действительно после этого отсутствовал три недели. По возвращении Роде рассказал мне, что был в каком-то большом имении и там много поработал. Это путешествие доктора несомненно состоялось в связи с нагруженными машинами. Место и название имения Роде мне не сказал».
Несколько иначе трактует события 1944–1945 годов дочь А. Роде Лотти, проживавшая после войны в городе Гейдельгейме (Германия): «…Мне припоминаются следующие детали о судьбе Янтарной комнаты. В 1943 или 1944 году в выставочных залах Художественных собраний вермахт организовал свою выставку, где однажды ночью по неизвестным причинам возник пожар. Среди ночи моему отцу позвонили о случившемся и он тут же выехал в замок. Он сразу же бросился на третий этаж, чтобы закрыть железную дверь и не допустить распространения пожара к находившейся там Янтарной комнате. Всё же дым нанёс некоторые повреждения, на янтаре образовался белый налёт, который впоследствии был удалён при больших затратах труда. В конце лета 1944 года мой отец… вдруг получил задание демонтировать Янтарную комнату, которая впоследствии была размещена в сводчатых подвалах Орденского замка… Благодаря этому обстоятельству она не сгорела во время опустошительных пожаров в августе — сентябре 1944 года, когда замок был разрушен… Янтарная комната была упакована и подготовлена к вывозу в империю. Как я помню, в середине января 1945 года ящики с ней были отправлены на Главный вокзал, но их отправка не состоялась, так как была уже прервана железнодорожная связь. Были ли оттуда снова возвращены ящики в подвалы замка, я не помню…»
10 мая 1972 года к старшему лейтенанту В. Г. Чернышёву, находившемуся в советском госпитале Берлина, обратился гражданин Германской Демократической Республики Буттерс Хайм. Он принёс письмо следующего содержания: «В апреле 1972 года из ФРГ ко мне в гости приезжала тётя Эмма. Я рассказал ей о своей туристической поездке в СССР и показал некоторые книги с репродукциями экспонатов ленинградских музеев. Речь шла и о поисках Янтарной комнаты. И вот здесь она рассказала мне, что в последний военный год она работала портнихой в Орденском замке Кёнигсберга. В начале января 1945 года ей удалось случайно подслушать разговор двух чиновников замка, из которого она поняла, что речь шла о захоронениях картин в подвалах Орденского замка. В разговоре упоминалась и Янтарная комната, которая должна была быть в том же помещении, куда было решено поместить картины. При перемещении ящиков с картинами тётя Эмма определила это место. Оно находилось под алтарём замковой кирхи. Вход в тайник был со стороны ресторана „Блютгерихт“. После переноски картин рабочие закрыли тайник и замаскировали».