Успех фильма положил начало не только мировой славе его создателя. На премьере 4 сентября 1965 г. в киевском кинотеатре «Украина» на сцену поднялся Иван Дзюба и сообщил, что во Львове идут аресты интеллигенции. Началось замешательство, кто-то стал отталкивать его от микрофона, включили пожарную сирену, чтобы заглушить выступающего…
Над головой режиссера начали сгущаться тучи. История с нереализованным фильмом «Киевские фрески» тому пример. Руководители украинского Госкино отнеслись к сценарию весьма настороженно. После первых же проб дальнейшие съемки запретили. Параджанов смонтировал из кинопроб к «Киевским фрескам» минифильм. Он чудом уцелел — его нашли в 1992 г. на киностудии в коробке с другим названием…
Убедившись, что на киевской киностудии работать больше не дадут, режиссер отправился в Армению. В 1967 г. на Ереванской студии документальных фильмов он снял картину «Акоп Овнатанян», а в 1968-м на «Арменфильме» приступил к съемкам художественного фильма и снял «Саят-Нова» о средневековом армянском поэте. Госкино СССР присвоил фильму низшую категорию, что предрешило его прокатную судьбу и закрыло доступ на международный экран. Более того, режиссеру С. Юткевичу, специально приглашенному из Москвы, было поручено перемонтировать фильм, в результате чего авторский оригинал сохранился лишь в армянском варианте.
Параджанов возвращается в Киев и вскоре представляет на студию им. Довженко сценарий «Intermezzo» (тоже по М. Коцюбинскому). Фильм так и не был запущен в производство. Безвыходное положение вынуждает режиссера написать письмо секретарю ЦК КПУ по идеологии: «Прошло более 5 лет с тех пор, как вышел на экраны фильм „Тени забытых предков“. Как известно, этот фильм впервые за много лет вновь вернул международный престиж украинскому кино. Он до сих пор имеет широкую прессу во всем мире… Казалось бы, беря все это во внимание, руководство украинской кинематографии должно быть заинтересовано в том, чтоб „развить успех“ и, в частности, поручить новые работы, новые заказы режиссеру, показавшему свой профессиональный уровень и свои творческие возможности. Но на деле вышло наоборот. Я не только не получил никакого заказа, но и моя собственная инициатива — попытки поставить фильмы „Киевские фрески“, „Исповедь“, „Бахчисарайский фонтан“ — постоянно отбрасывались…».
С. Параджанов и Лиля Брик.
Параджанов продолжает писать сценарии, обдумывает новые замыслы, рисует. И — ходит по лезвию бритвы. Представляя в феврале 1970-го на съезде комсомола в Минске фильм «Саят-Нова», он говорит совершенно невероятные по тем временам вещи: «Один из секретарей ЦК по культуре — в прошлом полотер и был выдвинут на руководящую должность, — посмотрев картину, сказал, что это удивительная картина, но что в ней очень много мастики. Я долго не понимал, почему именно мастики, потом мне перевели его „переводчики“, которые его сопровождают и редактируют, что это „мистика“». В том же выступлении Сергей Иосифович признается: «Я понимаю, насколько я рискованно выступаю. Но меня вчера разозлил этот член ЦК, который грозился, дескать, вы еще шесть лет не будете работать». Резонанс был таков, что о выступлении руководитель КГБ Андропов докладывал на заседании политбюро.
В 1973-го режиссер праздновал свой последний день рождения в Киеве.
«Параджанов… любил играть с огнем, — вспоминает Р. Балаян. — Многие это считали (и считают до сих пор) эпатажем. Однако, на мой взгляд, это и есть свобода личности. Способ жизни, очень органичный для Параджанова».
Сергей Иосифович говорил, что в Киеве его хотели сделать номенклатурным режиссером, снимающим то, что прикажут. Режиссер не только не согласился на придворную роль, но и отправил, например, телеграмму тогдашнему председателю президиума Верховного Совета СССР: «Москва. Кремль. Подгорному. Поскольку я единственный безработный кинорежиссер в Советском Союзе, прошу отпустить меня в голом виде через советско-иранскую границу. Возможно, стану родоначальником иранского кино».
Друзья пытаются помочь опальному кинорежиссеру. Через Виталия Шелеста — сына первого секретаря ЦК КПУ — Параджанову устраивают встречу с руководителем Украины. Петр Шелест, симпатизировавший фильму «Тени забытых предков», предложил снять фильм о сельском хозяйстве… Уязвленный Параджанов впоследствии так рассказывал об этой аудиенции. Хозяин кабинета хмуро, не поднимая глаз, спросил: «Ну, с чем пришли?». «С нежностью», — ответил режиссер. «Что-что?» — первый секретарь оторвал глаза от государственных бумаг. «На ручке вашего кабинета изображена лира, — объяснил Параджанов. — Следовательно, вы художник в душе. А художник всегда поймет художника!». Шелест поднялся, прошел к двери, осмотрел ручку, хмыкнул, почесал затылок и восхищенно сказал: «Сколько здесь сижу, не замечал! Острый глаз, черт!». После этого, по словам Параджанова, руководитель Украины пообещал всячески поддерживать его. Но вскоре и сам П. Шелест был снят с работы.