Тем временем ни на минуту не прекращается знаменитый параджановский карнавал — гениальный рассказчик и выдумщик, он блистательно импровизирует. Люди, хорошо знавшие режиссера, могли различать его повествования по степени их правдивости, однако новички принимали все за чистую монету… Однажды в интервью датской газете Сергей Иосифович заявил, что его благосклонности добивались аж два десятка членов ЦК КПСС. Сказал в шутку, но газета эти слова напечатала и растиражировала по всему миру. Когда об этом стало известно в Кремле, была дана команда Параджанова посадить.
Уголовное дело, исход которого был предрешен заранее, готовилось в такой спешке, что исполнители заказа не сразу придумали, какое формальное обвинение предъявить. Статьи, которые инкриминировались режиссеру, все время менялись. Вначале — валютные операции. Затем, вспомнив, что он собирает иконы, решили обвинить его в ограблении церквей. Но раздумали и остановились на взяточничестве. И лишь после этого появилась версия, связанная с гомосексуализмом. В киевский КГБ срочно вызываются друзья Сергея, от них требуют письменных признаний в том, что они были изнасилованы Параджановым. Но требуемых показаний они не дали.
Один таки нашелся. И уже на следующий день, 17 декабря 1973 г., режиссер был арестован. Точнее, пропал. Вернулся из Москвы, пришел в свою квартиру, после чего бесследно исчез. Три дня бывшая жена Светлана и кинооператор Сурен Шахбазян повсюду искали его, но везде отвечали, что ничего не известно о Параджанове. Лишь через три дня в Госкино пришли люди из КГБ и сообщили: режиссер арестован, он обвиняется по шести статьям Уголовного кодекса. При аресте исчезли 17 его сценариев.
Дело вел следователь по особо важным делам республиканской прокуратуры Макашов. «Вам положен год, а я найду 5 лет», — заявил он Параджанову. Так и получилось. Его отправили сначала в зону под Луганском (тогда — Ворошиловград), затем под Винницей. После ареста на киностудии сожгли единственную копию «Теней забытых предков».
Неутомимый выдумщик, он стал собирать крышки от молочных бутылок, придумал технику гравировки фольги. Фольгу заливал смолой, и получались «талеры Параджанова» — с изображением Петра I, Хмельницкого, Пушкина, Гоголя. Пару таких «талеров» тюремные власти изъяли и отправили на психиатрическую экспертизу в Москву: хотели доказать, что их автор сумасшедший. Пришел ответ: «Талантливый, очень». Спустя десятилетие один из таких медальонов с портретом Пушкина попал к выдающемуся итальянскому кинорежиссеру Федерико Феллини, и он отлил из него серебряную медаль, которой с тех пор награждают лучший фильм на фестивале в Римини.
О тюремных годах Параджанов впоследствии написал (точнее, надиктовал) сценарий, фильм по которому, «Лебединое озеро. Зона», снял его друг и сподвижник по «Теням забытых предков» Юрий Ильенко.
Добрым гением и спасительницей режиссера стала Лиля Брик, муза и возлюбленная Владимира Маяковского. Не без ее участия за рубежом был создан международный комитет по спасению Параджанова во главе с Лукино Висконти. Членами комитета стали Пьер-Паоло Пазолини, Джон Апдайк, Тонино Гуэрра и другие всемирно известные деятели культуры. Однако их обращения к советским властям оставались без ответа. В декабре 1977 г. по просьбе Л. Брик в Москву приехал известный французский писатель Луи Арагон. На встрече с Брежневым он замолвил слово о Параджанове. И генсек сделал поистине царский подарок зарубежному гостю — уже 30 декабря 1977 г. Параджанова освободили.
Ему запретили жить в Киеве. Сергей Иосифович отправился в Тбилиси. 53-летний режиссер появился на пороге отчего дома в черном зэковском бушлате, без привычной бороды, почти не узнаваемый…
Четыре года он бездействовал как кинематографист. Лишь изредка ездил в Киев навещать сына Сурена, студента строительного факультета архитектурного института. О своем положении Параджанов рассказал в интервью французской газете «Монд»: «Теперь я свободен, но не чувствую себя в безопасности. Здесь все должны иметь прописку и работу. Но мне не дают работу. Меня могут в любое время арестовать, так как я нигде не работаю. Я не имею права существовать, я вне закона».
В октябре 1981-го, оказавшись в Москве, Параджанов по приглашению Ю. Любимова пришел на генеральный прогон спектакля «Владимир Высоцкий» в Театре на Таганке. В зале — госчиновники, представители общественности. Состоялось обсуждение. В защиту постановки выступили многие деятели науки и культуры. Взял слово и Параджанов. Он заявил, что спектакль — святой, никто его закрыть не посмеет, ибо сам Папа Римский пообещал вмешаться в это дело. Затем назвал советскую власть фашистской, поскольку лучшие люди Отечества гниют в тюрьмах, а «пыжиковые шапки с Лубянки» все не успокоятся — вот и в этот зал набились.