Необычное поведение боярыни вызвало осуждение царя Алексея Михайловича и придворных. Стали следить, кто из раскольников бывает у нее в доме, и подкупленные дворовые люди доносили во дворец, что боярыня «со осужденным Аввакумом водится. Он де ее научил противитися царю». В Приказе тайных дел на Ф.П. Морозову завели дело, в котором говорилось: «А про тех раскольников и про иных, и как живет она… в той же прелести, и на святую церковь непристойными словами поносит, и не покоряется, и святых тайн, по новоисправленным служебникам которые священники служат, от них не причащается, и хулы страшные износит… И про то все ведают сообчницы ее погибели, дворовые ее жонки».
На церковном Соборе 1666–1667 годов раскольников отлучили от церкви и объявили вне закона. Стрельцы и воеводы чинили над ними расправу, Аввакума и его единомышленников сослали в Пустозерск… А в доме боярыни Морозовой продолжала пребывать тайная раскольничья община, которую возглавляла старица Мелания, отличавшаяся не меньшей приверженностью к старой вере, чем сам протопоп. Боярыня Морозова во всем подчинилась этой наставнице, наладилась переписка с Пустозерском, и протопоп прислал Федосье Прокофьевне «Книгу бесед» и другие свои богословские и полемические сочинения.
К тому времени боярыня Морозова в придворных кругах считалась «заблудшей овцой» и для царского окружения была «не в пример и не в образец». Однако на первых порах царь ограничился экономическими санкциями. Он повелел отобрать лучшие ее вотчины, и боярыня, испугавшись полного разорения, поддалась уговорам своего дяди Ф.М. Ртищева, который играл при дворе видную роль, и пообещала принять троеперстие. После этого имения были ей возвращены, но Аввакум обличил малодушие боярыни, да так крепко, что она «дни с три бысть вне ума и расслабленна». Затем прокляла «ересь никонианскую… и оздоровела, и паки утвердилася крепче и первого».
Особые надежды в «увещевании» строптивой боярыни царь возлагал на ее родственников. Ее дядя Ф.М. Ртищев со своей дочерью Анной не раз бывал у Федосьи Прокофьевны, убеждал и уговаривал ее, но в ответ она говорила: «Поистине, дядюшка, вы прельщаете дьяволом, а потому ублажаете отступника, книги его, содержащие римские и иные ереси, восхваляите! Православным же подобает книг его отвращаться и всех его нововедомых преданий гнушаться, а самого его проклинати всячески!»[24]
На Ф.П. Морозову не возымели действия и просьбы родственников «оставить распрю, перекреститься тремя перстами, не прекословить великому государю и всем архиереям» – хотя бы ради благополучия единственного сына. Потом за нее взялось духовенство. В 1664 году по цареву повелению к боярыне приходили и вели «богословский диспут» архимандрит Чудовского монастыря Иоаким и ключарь того же монастыря Петр. Боярыня приняла гостей, но в споре «крепко свидетельствовала и зело их посрамила».
К сентябрю 1668 года у Федосьи Прокофьевны окончательно укрепилось намерение постричься в монахини, и она обратилась с просьбой к инокине Меланье помочь ей в этом. Рассудительная духовная мать стала убеждать боярыню отказаться от этого, приводила разумные доводы, что «невозможно этого в дому утаить, а если узнают у царя – многим людям многие скорби будут по случаю розысков и допросов». На время Федосья Прокофьевна удержалась от пострига, но в марте 1669 года умерла царица Марья, ее «заступница», и это, видимо, ускорило переход боярыни в «иноческий чин». Она тайно приняла постриг, удалилась от вотчинных дел, перестала ездить во дворец…
В январе 1671 года царь Алексей Михайлович вступил во второй брак – с молодой красавицей Натальей Кирилловной Нарышкиной. Федосья Прокофьевна в числе первых боярынь должна была присутствовать на свадьбе и «титлу цареву говорить, благоверным его назвать, руку целовать и вместе со всеми благословиться у архиерея». Но она решила «лучше острадати, нежели с ними сообщитися», и отказалась идти во дворец «на царскую радость», сославшись на болезнь ног. Царь не один раз посылал за ней, и твердый отказ боярыни принял как оскорбление.
В 1671 году, после разгрома восстания С. Разина, гонения на сторонников старой веры усилились. Надвигался царский гнев и на Федосью Прокофьевну. Сначала к ней отправили боярина И.Б. Троекурова, но его визит остался без последствий. Затем царь направил другого гонца – мужа ее сестры князя П.С. Урусова, который заявил, что царь сильно гневается и требует, чтобы она покорилась всем нововведениям. А если не послушается, то «быти бедам великим»… В ночь на 16 ноября 1671 года за боярыней пришли Чудовский архимандрит Иоаким и думный дьяк Илларион Иванов из Стрелецкого приказа. Царские посланцы объявили не пожелавшей встать боярыне указ: «Понеже не умела еси жити в покорении, но в прекословии своем утвердилася еси, сего ради царское повеление постиже на тя, еже отгнати тя от дому твоего. Полно тебе жить на высоте! Сниди долу! Восстав, иди отсюду!»