Боярыню посадили в кресла и понесли из комнат, вместе с ней пошла и сестра ее – княгиня Е.П. Урусова. Их поместили под стражу в людской подклети, наложив на ноги «железа конская», и приставили стражу из дворовых людей. Через два дня женщин доставили в Чудов монастырь, где церковные иерархи опять пытались увещевать раскольниц, но сестры «во всем мужество показали». Глубокой ночью их вернули домой под стражу слуг в ту же холодную подклеть. А утром сестер разлучили, заковав их в цепи «со стулом» (тяжелым обрубком дерева).
Боярыню Ф.П. Морозову посадили в темницу Печерского монастыря, располагавшегося на Арбате, под надзор стрельцов, а княгиню Е.П. Урусову в цепях отвели в Алексеевский монастырь Белого города. Было приказано водить ее в церковь, но княгиня так сопротивлялась, что ее приходилось волочить на рогожных носилках. Но она и тут притворялась расслабленной, будто не могла ни рукой, ни ногой двинуть, и сама на носилки не ложилась. Разлученный с матерью, внезапно заболел «от многия печали» сын боярыни Морозовой. К единственному наследнику знатного рода царь послал своих лекарей, которые и залечили его до смерти. Охранявшие узницу стрельцы долго слышали, как она голосила надгробные причитания. Со смертью молодого Морозова боярский дом был разграблен и совсем запустел: их вотчины, имения, табуны лошадей и стада коров царь роздал боярам; золотые и серебряные вещи, дорогие меха продали, а деньги взяли в казну. В стене одной из комнат в доме боярыни нашли клад, спрятанный, видимо, еще ее предками. Слуга Иван припрятал для опальной своей хозяйки несколько золотых изделий, но был выдан женой.
Протопоп Аввакум из пустозерской ссылки продолжал посылать письма своим единомышленницам, восхвалял их мужество в мученичестве и даже смерть, угрожавшую им, рисовал как желанные врата царства небесного. Поддержку боярыне оказывали и другие раскольники, царь и патриарх решили избавиться от узниц, смущавших Москву. И вот закованная в цепи боярыня предстала перед патриархом Питиримом. Она не хотела стоять перед патриархом, и ее поддерживали сотник и стрельцы; по-прежнему упорно отказывалась она от новой веры, несмотря на все уговоры. Когда боярыня увидела, что патриарх хочет помазать ее священным маслом, она встала на ноги и приготовилась, «яко борец».
На другой день боярыню Ф.П. Морозову, княгиню Е.П. Урусову и их «сопричастницу» Марью Данилову, задержанную на Дону, пытали на Ямском дворе. Руководивший пыткой князь И.А. Воротынский снова пытался образумить боярыню, но и на дыбе она продолжала укорять своих гонителей за «лукавое их отступление». Затем несчастных женщин с вывернутыми руками бросили раздетыми на снег и другие казни над ними творили: «плаху мерзлую на перси клали и устрашая к огню подносили, хотя сжечь». Марью Данилову били плетями. За ночь на Болоте за Москвой-рекой для них приготовили сруб, а наутро хотели предать сожжению, да «бояре не потянули», ведь княгиня Е.П. Урусова и боярыня Ф.П. Морозова были из знатных семейств, и публичная казнь могла превратиться в опасную для правительства демонстрацию.
Узниц сослали в Боровск, где посадили в земляной острог. Поначалу жизнь их была сносной, и через подкупленную стражу даже продолжалась их переписка с единомышленниками. К ним приходили послания от Аввакума с наставлениями и утешениями, но о послаблении караула узнали в Москве и послали в Боровск дьяка Федора Кузмищева из Стрелецкого приказа и подьячего того же приказа Павла Бессонова со стрельцами. Они быстро провели «дознание», сурово наказали виновных, а у узниц отобрали одежду, постельные принадлежности и запасы еды. В 1675 году сестер перевели в заново вырытую земляную яму, более глубокую, а значит, и более сырую. Инокиню Иустину сожгли, а Марью Данилову перевели в острог, где сидели уголовники.
С этого времени всякое сообщение с внешним миром для сестер прекратилось. Они сидели в темноте, задыхаясь от зловоний; сорочек ни переменить, ни мыть было нельзя. В верхней их одежде, которую от холода нельзя было снять, развелись вши, не дававшие узницам сна ни днем, ни ночью. Пищу им давали «зело малу и скудну» – пять-шесть сухариков на день без воды. А «когда пити дадут, тогда есть не спрашивай». Только караульные стрельцы иногда из жалости бросали в яму «яблоко или огурчик». Лествиц сестрам не оставили, и они, навязав из тряпиц 50 узлов, по тем узлам и совершали свои молитвы. Через два месяца от голода умерла княгиня Е.П. Урусова, а в начале ноября скончалась боярыня Ф.П. Морозова.
Возмущение против короля и государства