По словам князя Б. Куракина, правление Софьи было «порядочным». Она неспешно подталкивала Россию к Западу, при ней «умножились коммерция и всякие ремесла, и науки почали быть… Также и политес восстановлена была в великом шляхетстве, дворянстве и других придворных с манеру польского – и в экипажах, и в домашнем строении, и в уборах, и в столах».
Став соправительницей, Софья стала давать в Золотой палате публичные аудиенции, причем на голове ее сверкала специально для таких случаев изготовленная корона. Червонцы тоже печатались с изображением царевны, равно как и медали, выбитые в память турецкого похода. Подобно государям, на выходах и парадных приемах она жаловала к руке своей не только бояр и генералов, но также и митрополита; при торжественных молебнах имя царевны Софьи упоминалось рядом с именами царей тотчас после них – прежде царицы и старших царевен. Церковные богослужения в день ее именин стали справляться особенно торжественно – с пением хвалебных стихиров, с участием патриарха и сонма архиереев. Царевна Софья не препятствовала дружбе молодого Петра с Лефортом, хотя они целые дни, а часто и ночи проводили в забавах. Да и чего, казалось бы, можно было опасаться от юноши, который рос почти без всякого образования? Но так было только поначалу, и вскоре Софья стала примечать плоды своего заблуждения. Любовь народа к Петру увеличивалась, и потому намерения царевны не приглашать юного царя на заседания Тайного совета остались без внимания. В 1688 году он первый раз появился в собрании, присвоенная царевной власть начала колебаться, да и военные игры Петра, казавшиеся поначалу только потешными, для стрельцов становились опасными и страшными. Падению царевны немало способствовали и неудачи ее любимца Василия Голицына, который вел войну с турками. Но несмотря на них, царь Иоанн и царевна Софья приняли возвратившегося полководца милостиво; Петр же не хотел допускать его к себе, что было для Софьи очень значительным оскорблением. С того времени достаточно было малейшего повода, чтобы обнаружилась взаимная вражда их. И такой случай вскоре представился…
Вместе с царями соправительница стала участвовать и в крестных ходах, публично появляясь перед народом, что уже было отступлением от обычая, так как девушке царского рода не полагалось быть на виду у людей. Участвовала царевна Софья и в торжественных проводах русского воинства, отправлявшегося в Крымский поход, и в других церемониях. 8 июля 1689 года память явления Казанской иконы Божьей Матери праздновалась обычным крестным ходом из Кремля в Казанский собор. На дворцовой площади, против угла Грановитой палаты, иконы встретил патриарх с духовенством, подал благословение царям, после чего процессия вступила под своды Успенского собора. Царевна Софья несла в поновленном окладе образ «О тебе радуется» и пришла в собор не с другими царевнами, а отдельно и в сопровождении пышной свиты.
В Успенском соборе государям пропели «Многие лета», потом участники шествия вновь подняли иконы, чтобы направиться в Казанский собор. Но тут Петр I вдруг строго потребовал от царевны Софьи, чтобы она осталась, так как женщинам участвовать в подобных процессиях не полагается. Царевна не отступала от своего намерения, Петр настаивал, и между ними произошел неприличный для праздничной обстановки спор. Царевна все же не послушалась, и Петр I, с трудом сдерживая гнев, покинул процессию и возвратился в Коломенское, даже не дождавшись конца церемонии. Оттуда он с супругой своей и со всей свитой отправился в село Преображенское.
В 1689 году Петр был еще несовершеннолетним, и регентство Софьи на законном основании могло бы продолжаться еще несколько лет. Но вот наступила историческая ночь с 7 на 8 августа – светлая летняя ночь, когда Петр внезапно был разбужен верными ему стрельцами, прискакавшими в Преображенское. Они сообщили, что царевна собрала вооруженное войско, чтобы напасть и убить его[25]
. Испуганный Петр прямо с постели, в одной сорочке и босой, бросился в конюшню, вскочил на коня и скрылся в ближайшем лесу. Вскоре принесли ему платье, он быстро оделся и, не теряя ни минуты, поскакал в Cвято-Троицкий монастырь. Утром к нему приехали царица-мать Наталья Кирилловна и царица Евдокия Федоровна.