По мнению историка М.П. Погодина, злоумышленный совет отправить Гюйсена в чужие края дал царю светлейший князь А.Д. Меншиков. Петр I назначил его гофмейстером к своему сыну, но тот самым непростительным образом пренебрег воспитанием царевича. У А.Д. Меншикова, по словам М.П. Погодина, уже тогда будто бы было преступное намерение приучить царевича к праздности и лени, дать ему возможность свободно проводить время с родными, держащимися старины, и тем самым приготовить будущий разрыв с отцом. Ему было все равно, прилежен ли царевич во время уроков или ленив, он даже одобрял попов, которые внушали Алексею церковную обрядность и отвращение к новшествам отца. Впоследствии при венском дворе царевич жаловался, что А.Д. Меншиков дурно обращался с ним, приучал к пьянству, «дал дурное воспитание, всегда меня утеснял, не заставлял учиться и от юности окружил дурными людьми и дураками».
Бракосочетание отца с Мартой Скавронской при жизни его матери, царицы Евдокии Федоровны, было оскорбительно для царевича Алексея. Ропот духовенства, недовольного этим поступком царя, еще больше восстановил царевича против отца. К тому же со стороны ему постоянно внушали, что новый брак отца уменьшает его права на престол, да и сам он, подобно матери, может быть заточен в монастырь.
Приняв такие внушения за правила, царевич приобрел особенную любовь старинных русских дворян и духовенства, но и царь не оставлял намерений обратить сына к своим делам. Отправляясь в Молдавию, Петр избрал царевича правителем государства, но поступки Алексея не соответствовали ожиданиям родителя. К царевичу поступало множество жалоб на претерпеваемые страной бедствия и просьбы об облегчении их, и тронутый ими, он сообщал о них Петру, подкрепляя их своими ходатайствами. Царь принимал эти письма с негодованием, и, возвратясь из Прутского похода, решился испытать еще одно средство, чтобы обратить сына на путь свой: сочетать его браком с иностранной принцессой. Царевич, неохотно отступавший от обычаев предков, на этот раз согласился, решив, что послушание примирит его с отцом окончательно. Выбор пал на принцессу Брауншвейгскую, и 14 октября в Торгау было торжественно отпраздновано их бракосочетание.
Внешняя сторона разногласий между Петром I и царевичем Алексеем хорошо известна: разность характеров и мировосприятий, неспособность сына соответствовать суровым требованиям отца, страх царя за судьбу своего дела в случае воцарения Алексея, обида царевича за унижение матери, опасение за собственную жизнь, и в результате – опрометчивое бегство за границу в надежде найти там убежище и поддержку.
Прибытие бежавшего от царя Петра сына привело австрийского императора в немалое замешательство. Он видел в нем гонимого наследника престола, но также видел и затруднение удерживать его у себя и скрывать в своих владениях. Однако император решился дать царевичу убежище и не только сохранить тайну, но и защищать его в случае необходимости. Царевича Алексея отправили в тирольский замок Эренберг и держали там под видом государственного арестанта. Производилось это настолько тайно, что русский посол даже не знал о прибытии царевича Алексея в австрийскую столицу. Но Петр узнал о побеге и местонахождении сына и отправил за ним тайного советника П.А. Толстого и гвардии капитана А.И. Румянцева. И как ни трудно было императору отказать царю Петру возвратить сына, он не решился выдать Алексея раздраженному родителю и отправил его в Неаполь, где тот под чужим именем был заключен в замок Сент-Эльмо.
Однако российским посланцам не составило особого труда открыть новое местопребывание царевича, и они стали уговаривать его вернуться: обещали ему отцовское прощение, подкупили вокруг царевича всех, вплоть до вице-короля Неаполя, самого царевича запугали, что он непременно будет убит, если не вернется; запугали и уговорили повлиять на царевича его любовницу Ефросинью. Австрийским властям пригрозили военным вторжением, и императорский наместник в Неаполе доказывал царевичу, что лучше добровольно покориться родителю. Довершили успех дела уговоры Ефросиньи. В первых числах октября царевич отправил родителю письмо, в котором раскаивался в своих поступках и просил прощения.
Царевича ввели в Большой зал Кремлевского дворца как преступника, без шпаги. Приблизившись к царю, он вручил ему признание вины своей и со слезами на глазах бросился отцу в ноги. Государь отдал бумаги вице-канцлеру П.П. Шафирову и, подняв сына, спросил, чего он хочет. «Милости и живота!» – отвечал царевич, и Петр обещал ему все это при условии, что тот выдаст сообщников. Царевич отрекся от престола в пользу сводного брата своего, а потом все отправились в Успенский собор, где Алексей перед крестом и Евангелием поклялся «воле родительской во всем повиноваться и того наследства никогда ни в какое время не искать, и не желать, и не принимать ни под каким предлогом».