Побывал в Петропавловской крепости и сын протопопа Аввакума – Иван. Времена тогда изменились, и с раскольниками уже не беседовали на церковных соборах и площадях. Их преследовали во всех концах России, а строгие законы определяли наказание и тем, кто их укрывал. После уничтожения Петром I патриаршества дела о раскольниках были поручены Стефану Яворскому – писателю, религиозному деятелю и местоблюстителю патриаршего престола. В 1717 году к нему привели Ивана, сына Аввакумова, который рассказал, что «как уехал отец из Юрьева в Москву, он с матерью жил, а отец им писал из Москвы. Когда же отца отправили в ссылку, они с матерью уехали из Юрьева в Холмогоры и жили там 10 лет, потом жили в Холмогорском уезде – в селе Окладниково, тоже около 10 лет. Отсюда он и приехал с матерью в Москву и около года жил в Елохове у своего родственника – посадского человека М. Лукьянова.
После этого он жил с матерью в приходе у церкви Живоначальной Троицы, что на Шаболовке, в доме капитана Я. Тухачевского. Вознесенский священник И. Феоктистов и дьякон А. Иванов говорят про него, Ивана, что он приходил в дом к Афросинье Чистовой, когда она при смерти лежала, и будто бы что-то положил ей в рот, и она жевала. А после смерти просил тело ее погрести во рву и поминать по-своему. А Федор Чистов, сын Афросиньи, будто бы кричал на него и требовал отвести в приказ… Будто бы видели его, Ивана, у раскольников – у Н. Носова и Г. Яхонтова – поп и дьякон, когда приходили в эти дома со святынею. Они и показали, что он, Иван, к кресту, святой воде и к благословению не подходил. Н. Носова и Г. Яхонтова он, Иван, действительно знает, потому что ходил в их дома за милостыней и видел там в праздники попа и дьякона, но к кресту, святой воде и к благословению он, Иван, подходил.
Как приехал он в Москву, были у него духовные отцы – священник И.Л. Поборский и поп Филипп, и всегда он к ним на исповедь приходил и Святых Даров причащался. И крестится он тремя перстами. Но так как Троицкий поп умер, то теперь он, Иван, желает, чтобы его духовным отцом стал Екиманский поп Тихон».
Показания Ивана отличались от донесений Вознесенского священника И. Феоктистова и дьякона А. Иванова, обвинявших его в приверженности к расколу. Чтобы дознаться до истины, С. Яворский послал за Троицким попом Филиппом, но того уже не было в живых. Место его занимал его сын Василий, который показал, что сын Аввакумов в приходскую церковь к ним приходил лишь изредка. Тогда послали за подьячим Федором Чистовым и женой его Анной, но те уже перебрались из Москвы в Александровскую слободу. В Преображенском приказе ответили, что супругов Чистовых в Патриарший духовный приказ не поведут, а сами допросят их. Патриарший приказ не стал тягаться с Преображенским приказом и только сообщил, о чем следует спросить Чистовых. Из переписки Преображенского приказа неизвестно, как он действовал в этом деле.
В середине сентября 1717 года умер князь Ф.Ю. Ромодановский – управляющий Преображенским приказом, в начале 1718 года все были заняты делом царевича Алексея и царицы Евдокии Федоровны, и только летом вспомнили, что следует допросить Ивана, сына Аввакумова. Да и то лишь после поданного им прошения, в котором он писал: «По донесению Вознесенского попа Ивана Феоктистова держится он в Патриаршем духовном приказе многое время напрасно, потому что де объявленный Троицкий поп и дьячок по допросам своим никакой вины на него, Ивана, не показали. А третий свидетель, показанный подьячий Чистов и жена его в Патриарший духовный приказ не сысканы… И чтоб повелено было его, Ивана, отпустить на поруки».
С. Яворский повелел отпустить Ивана, но до окончания дела тот должен был ежедневно являться в Приказ под страхом строгого наказания и даже заключения в тюрьму. Ходил ли Иван в Патриарший духовный приказ или откупался – неизвестно, но только в 1720 году он снова был доставлен сюда. Вспомнили о нем или какое обстоятельство возбудило новое подозрение к нему – тоже неизвестно, только допросы его на этот раз отличались новыми сведениями.
Из Приказа церковных дел Ивана отправили в Санкт-Петербург, где он был препровожден к П.А. Толстому – члену Тайной канцелярии. Тот в присутствии Невского архимандрита Феодосия вновь допросил сына Аввакумова, который опять подтвердил, что «желает быть от усердия в вере православной, а от раскольников отрицается и их проклинает». В ноябре 1720 года его отправили для исправления в Невский монастырь, но архимандрит Феодосий не захотел принять его и отправил назад в Тайную канцелярию. В письме архимандрит советовал П.А. Толстому отправить Ивана в Кириллов монастырь, но 7 декабря узник «в Санкт-Петербургской крепости за караулом умре, в бытность на карауле… Преображенского полка поручика Максима Дьякова».