В своих объяснениях правдолюбец писал, что нельзя брошюру принимать за книгу, так как это не сочинение, а только объявление об открытии подписки на ряд произведений под названным заглавием. Сам он не видит в названии ничего предосудительного или оскорбительного для религии, так его патриотические издания будут служить для распространения в народе нравственных начал. Однако даже чисто культурная деятельность Ф. Кречетова была признана вредной и опасной для государства, и Управа благочиния передала это «весьма важное» дело в Нижний надворный суд, но оно было отложено до полного выздоровления дерзкого автора. А пока экземпляр брошюры и оригинал одного из сочинений Ф. Кречетова отправили петербургскому митрополиту Гавриилу, который нашел в них много злоупотреблений.
Правительство дало понять неисправимому правдоискателю, что пора бы ему остепениться, однако он не внял этим предостережениям и даже пытался обжаловать решение Управы благочиния в Святейшем Синоде, прося разрешения самому быть цензором собственных изданий. Но митрополит Гавриил признал «излишними домогательства» Ф. Кречетова, в просьбе велел отказать и вообще, чтобы он «в не заслуживающих одобрения сочинениях не упражнялся и оных печатать самовольно не отваживался».
После запрета передавать свои мысли обществу из жизни Ф. Кречетова ушло все, о чем он мечтал и на что надеялся. Выздоровев, он поселился в доме Д. Татищева, но стал вспыльчив и раздражителен, в спорах порой доходил до бешенства, чем часто пользовались жившие в доме люди. К тому же он люто возненавидел митрополита и, забыв о всякой осторожности, бранил его на всех петербургских перекрестках. И три человека из живших в доме Д. Татищева написали донос, что в своих речах Ф. Кречетов порицает начальство, «пристойными красками изображает» уложение французское и намеревается различными вольностями довести человечество до высшей степени благополучия, а также просветить Россию и тем самым избавить народ от царского ига, в котором он по слепоте своей пребывает… Указывалось также, что Ф. Кречетов, «негодуя на необузданность власти, восстав на злоупотребления, возвращает права народу»; сообщалось и о его замыслах убить петербургского митрополита, и о поношении властей, и о его желании с помощью войск освободить крестьян и т. д. Донос обратил на себя внимание петербургского генерал-губернатора, и тот направил его в Тайную канцелярию для особого расследования. Ф. Кречетова арестовали, все рукописи его тщательно просмотрели, но начавшееся по его делу следствие было направлено на выяснение не его преступлений, – их, собственно говоря, и не было, а на выяснение мыслей, слов и желаний правдоискателя.
Следствие велось очень быстро, так как были добыты неопровержимые доказательства его «злонамеренности», в частности, то, что он неприлично выражался об императрице и особенно о митрополите Гаврииле. Да и свидетели порассказали много всего, кроме купца Еркова, который и под пыткой ни в чем не признался. Сам Ф. Кречетов на обвинения отвечал, что доносчик, видимо, принадлежит к людям, которые исказили его мысли и стремления: «сказанной им речи пересказать не могли, прибавляют всю истинную речь своим умом и в совсем другой вид переделывают». Он предрекал митрополиту Гавриилу участь московского митрополита Амвросия, растерзанного толпой в дни «чумного бунта», пугал власти солдатским восстанием, даже грозился заточить в монастырь саму императрицу – «как убивицу, впадшую в роскошь и распутную жизнь».
Два месяца Ф. Кречетова допрашивали в Тайной канцелярии «с пристрастием». Вызванные свидетели подтвердили донос в надежде заслужить себе прощение, сам же узник отрицал только выдвинутое против него обвинение поднять солдат и крепостных крестьян на восстание. Однако своего отрицательного отношения к самодержавию и лично к русской императрице не скрывал…
Оскорбления ничтожного поручика не беспокоили Екатерину II и ее окружение. Их интересовало другое: не стоят ли за Ф. Кречетовым более влиятельные силы. Но даже самое тщательное расследование всех связей отставного поручика не дало никаких результатов. Но напуганное французской революцией правительство все же решило заключить злонравного поручика в Петропавловскую крепость – чтобы он «впредь не мог своими злыми плевелами заразить малосмысленных людей». Коменданту предписывалось держать узника «под крепчайшею стражею, не допуская к нему никого, так и писать ему не давая».
Через месяц Ф. Кречетова снова вызвали в Тайную экспедицию и допросили вторично. Поводом для этого послужила вновь найденная бумага, в которой он писал о своем намерении «объяснить великость дел Петра III». – «Какие ты знаешь великие дела Петра III? – спросили Ф. Кречетова, и он отвечал, что, кроме указа о вольности дворянства, великим делом этого императора считает указ, данный Синоду, чтобы подсудимых не отдавать под суд тому, на кого они бьют челом».