Благоволение и милость к себе донской атаман видел и со стороны императора Павла I, который тоже умел отличать достоинства, за которые награждал по-царски. Но у М.И. Платова, как у всякого, кто быстро обогнал своих соратников, было много врагов и завистников. И тайные недоброжелатели убедили императора, что донской атаман – ненадежный для государства человек, он хочет с Доном и частью Кавказа отделиться от России, а потому против него надо принять решительные меры. Употребляли они и другие средства, чтобы очернить М.И. Платова перед императором, например, обвинили в том, что после персидского похода он будто бы не выплатил казакам 2-го Чугуевского полка деньги, причитающиеся им за службу. Клеветники даже распускали слухи, что атаман, популярный у калмыков и татар, что-то замышляет, может быть, даже хочет перейти к турецкому султану. Даже усердие М.И. Платова перед престолом изобразили как маску, прикрывающую его злобные замыслы. И донского атамана посадили на гауптвахту, а потом предали суду.
Петербургский суд оправдал его, но военный суд, хоть и пришел к заключению о невиновности М.И. Платова, все же постановил «чину его без абшиду лишить». Павел I на этом приговоре 9 декабря 1797 году приписал: «за все значащееся по сему делу, как и за консилиум, держанный в Персии, исключить из службы… и отправить к Орлову на Дон, дабы держать его под присмотром в Черкасске неотлучно». Через три дня М.И. Платов выехал на Дон, однако в Москве его догнал фельдъегерь с письмом от князя Куракина, в котором сообщалось высочайшее повеление – ехать атаману «в Кострому и жить там безвыездно».
И потянулись для вольного атамана томительные дни ссылки. Унылый бродил он по городу, посещал дом губернатора, часто встречался с А.П. Ермоловым – будущим героем Отечественной войны 1812 года, тоже сосланным в Кострому. В мае 1798 года губернатор, видя угнетенное состояние М.И. Платова, ходатайствовал за него перед князем Куракиным; в июне сам атаман обратился к генерал-прокурору с просьбой – вернуть его на службу или отправить на Дон к семье. На письмо М.И. Платова генерал-прокурор наложил резолюцию: «Оставить без внимания, как дело, в которое я вмешиваться не смею».
В октябре 1800 года атамана перевели в Алексеевский равелин, но только в январе следующего года он узнал о причине своей новой опалы. Еще осенью 1800 года войсковой атаман В.П. Орлов, видевший в М.И. Платове своего главного соперника, обвинил его в том, что он якобы принимал чужих крестьян, а чтобы запутать возможное следствие по этому делу, подменил «ревизские сказки»…
В равелине донской атаман томился до весны 1801 года. Находясь в заключении, он не имел никаких известий о своей семье, но, уповая на Бога, молитвой и чтением Священного Писания отгонял мрачные мысли свои. Вспоминая тяжелые дни заточения, он говорил впоследствии: «Летом в этом каменном мешке была холодная, пронизывающая сырость, от которой узник хворал жестокою горячкою, а зимой от печей несло таким чадом, от которого глаза ело, как от хрена. Стены были мокры и скользки, а по полу бегали крысы. Сначала мне это казалось гадким, а напоследок я к этому гаду и он ко мне друг к другу привыкли».
Вступив на престол, Павел I заключил союз с Наполеоном, который, желая сокрушить Англию – наиболее опасного тогда для Франции врага, задумал поход в Индию, бывшую самым драгоценным владением англичан. Он так обворожил этим планом русского императора, что уговорил его послать в Индию казаков, чтобы те возмутили против англичан индусов. Вслед за казаками Наполеон думал двинуть и свою армию. Вот тут-то Павел I и вспомнил о М.И. Платове как о единственном человеке, которому по плечу исполнить это предприятие.
Когда комендант сообщил донскому атаману, что его требуют к императору, тот не поверил и решил, что его хотят казнить. Но явившийся чиновник возвратил М.И. Платову саблю, подаренную Екатериной II, и объявил, что император убедился в возведенной на него клевете и возвращает ему свою милость. Можно представить, что чувствовал в эту минуту узник, томившийся долгие месяцы в крепости. Переход от бедственного положения к свободе мог потрясти душу любого человека, и атаман, упав на колени, и стал молиться.
Перед выходом из крепости донского атамана сводили в баню, побрили, постригли, но тут возникло затруднение из-за мундира М.И. Платова, который уже не соответствовал новой форме. Предстать в нем перед императором – непристойно, дожидаться нового – нет времени, и тогда решили послать к портным, не найдется ли у них готового мундира для генерала Донского войска. И по счастливому случаю у одного портного такой мундир нашелся, но удивительней всего то, что сшит он был для того из недругов М.И. Платова, кто больше всех искал его погибели.