После обыска заключенным выдавали тюремный костюм – неуклюжие серые штаны и короткую серую куртку с черными рукавами и черным тузом на спине. Два жандарма, сопровождаемые смотрителем, отводили узника в камеру. Первое время заключенные были совершенно разобщены между собой: перестукиваться запрещалось, из книг давали только Библию, несколько церковных журналов старых годов выпуска да несколько лубочных изданий. Вестей с воли заключенные не получали, на прогулку их выводили на 20 минут в день, письменных принадлежностей не давали. Бесконечные дни одиночного заключения тянулись для них уныло, томительно и однообразно: сегодня, завтра и послезавтра – то же, что вчера, никаких новых впечатлений. Ночи не приносили успокоения, потому что ночная тишина часто нарушалась тяжелым кашлем и стоном тяжелобольных или безумными криками сумасшедших соседей. Один из узников Шлиссельбурга вспоминал потом: «Это был не сон, а правильнее сказать, длинный ряд сновидений с частыми просыпаниями. Кто-то вдали истерично рыдал. Сначала были прерывающиеся негромкие звуки, очевидно, страдалец сдерживал свой плач. Потом они раздавались все громче и громче и, наконец, бедный человек не выдерживал и рыдал во всю силу своей тоски и боли. И так каждую ночь. Днем отдохнуть было невозможно, так как кровать запиралась даже у больных, и приходилось ложиться на пол. Прибегать к докторской помощи было почти бесполезно, он не мог, конечно, изменить режима».
Так тянулись месяцы и годы, но узник, безнадежно вспоминая прошлое, вначале строил какие-то планы и на что-то надеялся. Однако, кроме воспоминаний, у него ничего не было, да и быть не могло: надежды на выход из крепости – нет, разве если предашь свое дело и товарищей… Да и то выйдешь не на волю, а в далекую сибирскую ссылку или на Сахалин. Многие из заключенных страдали кошмарными галлюцинациями и припадками, и тюрьма почти постоянно оглашалась рыданиями, нечеловеческими криками и стонами. Хронически болен был Юрковский, страдавший тяжелой формой болезни почек. Болезнь делала его раздражительным, а жандармы это раздражение относили к дурному характеру арестанта и к его дурному поведению, что приводило к новым столкновениям между ними и, как правило, к дисциплинарным взысканиям по отношению к узнику.
Только М. Фроленко, один из самых выдающихся деятелей «Народной воли», впоследствии выздоровел, но прошел за годы своего заключения самые тяжкие испытания. Его богатая приключениями жизнь началась с веры о пользе распространения среди народа агрономических знаний и легальных книг. Затем она сменилась столь же горячей верой в немедленную организацию народного восстания. Еще зимой 1877 года энергично обсуждались планы новых поселений и новых приемов работы в деревне, но уже летом наступило полное разочарование.
В феврале 1882 года М.Ф. Фроленко судился по «Процессу 19-ти» вместе с другими террористами и был приговорен к смертной казни, которую потом ему заменили бессрочной каторгой. Сначала его заключили в Алексеевский равелин Петропавловской крепости, где узник начал болеть: «Он страдал цингой, ревматизмом и чем-то вроде остеомиэлита, так что долгое время не владел рукой и был совершенно глух. И, кажется, ни одна система органов не оставалась у него не пораженной каким-либо недугом».
Если в прежней жизни М. Фроленко был практиком и ненавидел всякую отвлеченность, то после перевода в Шлиссельбург он пересмотрел свои убеждения, начиная с религиозных. Вопрос о бытии Бога стал очень занимать его, тем более что первым его товарищем по прогулкам был Исаев, страстно прильнувший к религии, утешавшей его в скорби. Преодолев многие сомнения, М. Фроленко говорил потом, что безличный Бог – Бог в смысле идейной истины, мировой души не давал ему удовлетворения. Он хотел бы верить в такого Бога, каким Тот предстает на наивных деревенских иконостасах: Бога в виде седого старца, сидящего на облаках и благосклонно взирающего оттуда на весь мир.
В области экономики М. Фроленко подверг резкой критике теорию стоимости К. Маркса и стал ее ярым противником. Даже естественные науки не избежали его анализа: например, силу тяжести, вопреки закону И. Ньютона, он трактовал на свой лад, как и теорию Ч. Дарвина о происхождении жизни на земле. Когда М.Ю. Ашенбреннер, другой товарищ М. Фроленко по прогулкам, читал ему лекции по философии (Б. Спинозы, И. Канта и др.), он слушал очень внимательно и терпеливо. А через несколько дней заявил, что существование философии, как отдельной дисциплины, бесполезно и нелепо… М. Фроленко был человек чрезвычайно деятельный, и полная праздность в первые годы заключения (а он просидел в Шлиссельбурге 21 год) действовала на него угнетающе. Потом, когда завели огороды и мастерские, он стал усердно работать в них…