В 1940 году антифашистское движение в Чехословакии приняло широкий размах: росло число случаев саботажа, чехи подрывали мосты, железнодорожные пути и поезда, все чаще вспыхивали забастовки рабочих, которые отказывались трудиться на оккупантов, и крестьян, бойкотировавших поставки своей продукции. Для руководства подпольной борьбой внутри страны был создан новый ЦК, с которым Ю. Фучик связался в декабре 1940 года. Он возглавил агитационную и издательскую работу партии.
Оккупационные власти, напуганные ростом народного сопротивления, решили потопить его в крови. В Прагу прибыл шеф германской политической полиции Р. Гейдрих, которому казалось, что марионеточное правительство Чехословакии недостаточно усердно помогает немцам. Он обвинил его в измене и ввел в городе осадное положение. За короткий срок были арестованы и казнены тысячи чешских коммунистов и антифашистов, видные общественные и военные деятели бывшей республики. В стране свирепствовали карательные отряды, военные суды тысячами подписывали смертные приговоры…
Ю. Фучик мечтал возобновить издание своего любимого журнала «Творба», который он с небольшими перерывами редактировал почти 10 лет. Первый номер журнала был уже готов к печати, но увидеть его Ю. Фучику не пришлось. Его выдал один из соратников – отважный и боевой товарищ, опаленный огнем войны, прошедший суровую школу подполья и два года протомившийся в концлагере. Но в какой-то момент он сломался и, чтобы спасти свою жизнь, выдал боевых товарищей и ближайших друзей.
Ю. Фучика повезли в тюрьму Панкрац и по дороге сильно избили. На первом допросе он отказался отвечать на вопросы, и его опять избили – до потери сознания. Так прошел его первый день в заключении, так прошли и остальные полтора года, что он провел в тюрьме Панкрац. Полтора года чудовищных пыток, издевательств и избиений, когда удары сыплются со всех сторон. Все время он ждал смерти, не имея ни малейшей надежды на освобождение. Однажды его избили так, что все были уверены, что он умрет. Врач уже выписал заключение о смерти, но Ю. Фучик выжил, хотя его жена Густа, заключенная этажом ниже, уже оплакивала мужа. Тюремный фельдшер, вынужденный порвать заключение о смерти, только качал головой. Ведь в тюрьме Панкрац обычно отправлялись на тот свет, а не воскресали из мертвых. И этим Ю. Фучик снова привлек к себе внимание тюремного начальства: надзиратели приходили посмотреть на него, невольно испытывая к этому необычному узнику уважение. Несколько раз они видели, как его на носилках несли к машине с вооруженным конвоем, ждавшей на дворе. Ю. Фучик был очень слаб, и каждый толчок машины вызывал у него обморок, но он никогда не падал духом и не чувствовал себя побежденным.
А вскоре Ю. Фучик начал ходить – сначала на костылях и хромая, но его все равно ежедневно водили на допрос. Честолюбивый комиссар Бем с особым пристрастием начал распутывать «дело Фучика», угадав в этом узнике сильную личность, а он любил заниматься психологическим анализом и философствованием, любил разгадывать сложные и запутанные ситуации и добился, чтобы ему лично разрешили вести следствие, но и Ю. Фучик раскусил тщеславие комиссара Бема. Он рассказывал ему головокружительные небылицы, например, заявлял, что регулярно встречается с Я. Швермой, хотя гитлеровцы прекрасно знали, что тот находится в Москве. Бем все же захотел проверить «показания» Ю. Фучика и в один чудесный июньский день поехал с ним на место «явки» – в летний ресторан в Бранике.
Возили узника и в другие места, надеясь, что с ним заговорит кто-нибудь из прежних знакомых. Комиссар привозил заключенного в прекраснейшие уголки Праги – на Малую Страну, на Градчаны, чтобы возбудить в Ю. Фучике жажду свободы и ослабить его волю. Фашисты подозревали, что Ю. Фучик – член ЦК партии, но доказать это им не удавалось. Хотя были арестованы некоторые из руководителей ЦК, но показаний от них не добились. «Руде право» продолжало выходить и после ареста Ю. Фучика, и немцы решили, что второй ЦК не был уничтожен во время массовых репрессий.
Последний свой бой Ю. Фучик дал оккупантам в знаменитой «четырехсотке» – комнате ожидания для подследственных коммунистов. Здесь несли службу чешские инспекторы и агенты пражского полицейского управления. Некоторые из них работали не по своей воле и потому не только разрешали заключенным переговариваться, но порой даже выполняли их поручения: сообщали им о намерениях гестапо, выносили записки, устанавливали связь с внешним миром… Да и сами фашисты, чтобы облегчить себе работу, давали некоторым узникам различные поручения, например, переводить на немецкий язык документы пражского полицейского управления, переписывать некоторые бумаги и т. д. В число таких хаусарбайтеров попал и Ю. Фучик. Ежедневно их привозили во дворец Печека, где они могли узнавать новости, переговариваться между собой и с надзирателями.