Монастырские тюрьмы находились вне всякого контроля со стороны судебных и правительственных органов. Общеизвестен факт, что в Средние века вообще все монастырские тюрьмы относились исключительно к церковной юрисдикции, и если подсудимый не признавал свою вину, то отцы инквизиции видели в этом только его упорство в ереси. Если инквизиторы считали, что все средства словесного убеждения исчерпаны, а подсудимый все не сознается, его подвергали страшным пыткам, выдержать которые могли немногие. Например, жертву клали на стол или на скамью, утыканную острыми гвоздями, нос и рот ему затыкали тряпкой и медленно лили на нее воду. Несчастный задыхался, испытывая в то же время ужасные мучения от острых гвоздей. В другой раз ноги жертвы заковывали, смазывали жиром и начинали пытать огнем: кожа лопалась, обнаженные кости обугливались, причиняя человеку страшную боль… Оправдываться подсудимый вообще не мог, все его уверения заведомо считались ложными, к показаниям приглашенных им свидетелей относились с предубеждением, к тому же родственники и прислуга давать показания в его пользу не могли, а вот их показания против подсудимого имели огромное значение. И несчастному оставалось только раскаиваться или упорствовать дальше… Но даже и раскаяние под пыткой для еретика – в лучшем случае! – оборачивалось длительным заключением, а чаще всего пожизненным.
В средневековых тюрьмах существовала строгая градация. Например, «теснейшие тюрьмы» (одиночные) обычно располагались в самых подземных темницах, и узники содержались здесь на «хлебе печали» и «воде скорби». Свое происхождение такая тюрьма ведет от бенедиктинского монаха Мобильона, но впервые такую тюрьму построил римский папа Климент IX, разместив ее в доме Святого Михаила в Риме. Предназначалась она для несовершеннолетних преступников, труд которых нещадно эксплуатировался. Взрослые же арестанты должны были работать в общих камерах, молча, а за нарушение их подвергали строгому наказанию.
По сообщению русского криминалиста И.Я. Фойницкого, некто Дефорж был брошен в камеру площадью в 8 квадратных аршин, куда дневной свет проникал лишь через темное отверстие в церковном полу. В камере под церковью узник пробыл три года, а когда его освобождали, то были приняты все меры, чтобы от быстрого перехода к свету он не потерял зрение.
В России всякий узник, направлявшийся в «тесное заточение» монастыря, сопровождался инструкцией, в которой указывалось, как его содержать, как охранять и т. д. Почти каждый из доставляемых в монастырскую тюрьму арестантов предварительно подвергался жесточайшему наказанию, о чем тоже говорилось в церковных актах. Например, «бить кнутом нещадно и, вырезав ноздри… скована в ручных и ножных кандалах содержать в особом уединенном месте под крепким караулом». Самых опасных преступников, которых предписывалось держать «до смерти неисходно» в особо уединенном месте, сажали в «каменные мешки». Их устраивали в стенах верхних этажей крепостных башен, и представляли они собой каменное помещение длиной около полутора метров, шириной чуть более метра и высотой три метра. У одной из стен выкладывалась каменная лавочка шириной около одного метра; маленькое окошечко «каменного мешка» было такой ширины, чтобы в него можно было только просунуть руку с едой. В таком месте невозможно было лечь, и несчастный узник годами сидел в полусогнутом положении.
В одном из казематов Николо-Корельского монастыря был замурован новгородский епископ Феодосий Яновский – соперник и враг Феофана Прокоповича. Он был брошен на хлеб и воду в тюремную «келью», находившуюся под церковью, «за дерзость» против императрицы Екатерины I и «за бранные слова на дворцовый караул». «Келья» его была запечатана губернаторской печатью с предписанием «содержать Яновского накрепко, а придет смерть – похоронить в том же монастыре». В тюрьме Ф. Яновский провел чуть более семи месяцев, а потом было приказано перевести узника из запечатанного каземата в другую келью. Но заключенный был уже так плох, что не мог ходить, и его несли на руках.
Но самыми ужасными были «земляные тюрьмы», которые обычно устраивались под башнями. Они представляли собой вырытую в земле яму глубиной около 2,5 метра. Края ее облицовывались кирпичом или просто плитняком; иногда в нее вставлялся сруб, а для спанья узнику постилали солому. Крыша «земляной тюрьмы» состояла из досок, покрытых тонким слоем земли или дерна; в крыше имелось отверстие, в которое можно было поднять и опустить узника и подать ему еду. Отверстие это запиралось на замок, ключ от которого хранился у монахов. В таких «погребах» разводилось множество крыс и паразитов, и часто заключенных вынимали оттуда с отъеденными пятками, носом или ушами, о чем тоже свидетельствуют монастырские акты. Давать же узнику что-либо для своей защиты строго запрещалось под угрозой самому оказаться в «земляной тюрьме». За годы долгого заключения в «земляной тюрьме» люди теряли рассудок, а чтобы они не кричали и не протестовали, им нередко отрезали языки.