По вечерам отец строго экзаменовал сына, требуя повторить библейские тексты, и радовался, видя, что дело идет на лад. Когда мальчику исполнилось 10 лет, отец отправил его в католический колледж. К этому времени Уриель знал уже Священное Писание так, что ему могли позавидовать многие из взрослых. В школе он числился одним из лучших учеников, хотя учителя и не баловали его, ведь как-никак он был сыном маррана. Но Уриель был настолько прилежен и старателен, что его всегда ставили в пример другим.
Когда сын окончил колледж, Бенто да Акоста отправил его учиться в Коимбрский университет на богословский факультет. Уриелю с детства внушали христианские истины, и, казалось бы, они должны были овладеть всем его существом. Он сделал все, чтобы принять христианские догмы, никогда даже мысли не допускал, что христианское учение может быть ошибочным. Он верил в рассказ о грехопадении Адама и Евы, верил в Иисуса Христа — Сына Божьего, который был распят на кресте, а потом воскрес и вознесся на небо. Многому учила христианская церковь, И ученый даже представить не мог, что в этом можно усомниться. Но сомнение пришло и более того — стало углубляться по мере того, как он окунулся в изучение истории христианства. В Библии, например, Уриель обнаружил много противоречий, отчего впал в отчаяние.
Жизнь тоже посеяла в душе молодого Акосты сомнения. В самом начале его занятий в университете страну охватила эпидемия чумы, и он вынужден был вернуться в родной город Опорто. „Черная смерть“ косила людей без разбора, а они были бессильны противостоять ей. Где он, милосердный Бог? Почему допускает подобное несчастье? И Уриель проанализировал сначала весь свой путь к вере, а потом и к разочарованию в ней… Разум убил веру — убил навсегда и безвозвратно, и теперь никакие рассказы о карах загробного мира не могли напугать его. Он утвердился в мысли, что только разумом человек может постичь все истины.
После окончания университета Уриель вернулся домой и по воле отца стал служить казначеем в одной из церквей города. Должность эта, считал Бенто да Коста, доходная, а главное — она даст сыну возможность сблизиться с „отцами города“, что было весьма важно для укрепления его положения в обществе. Уриеля радушно встретили в церкви, и новые коллеги поручили ему вести учет и распределение средств, поступающих от кающихся грешников. Но близкое знакомство с этим делом только увеличило „скорбь и печаль“ юноши, ведь священники под страхом проклятия и вечных мук внушали прихожанам веру в самые нелепые слухи и сказки. Один из каноников, умный и начитанный, видел терзания молодого Акосты и однажды, под большой тайной, дал ему прочитать сочинение итальянского гуманиста Л. Бруни „Против лицемеров“. Сильное впечатление произвели на Уриеля слова, направленные против двуликих и двоедушных служителей культа:
У вас есть страшные и безобразные пороки. Среди них первое место занимают жадность, надменность, честолюбие. Чтобы скрыть их, вы изобрели эти длинные хламиды, эти огромные капюшоны… Эти одежды вовсе не служат для защиты от холода и зноя, а только прячут ваши пороки от взоров всех окружающих. Если бы вы действительно хотели быть добрыми людьми, вам следовало бы выбросить из души эти пороки, а не прятать их под покрывалом рясы…
Уриель не хотел быть причастным к подобным делам и решил порвать с христианской религией.
Так как в римско-католической вере я не находил успокоения, а хотел твердо примкнуть к какой-нибудь вере, то, зная о великом споре между христианами и иудеями, я просмотрел книгу Моисея и пророков. Там я встретил многое, что противоречило Новому завету; а то, что говорилось Богом, доставляло меньше затруднений… При этом Ветхому завету верили иудеи и христиане, Новому же — только христиане. Наконец, доверившись Моисею, я решил, что должен повиноваться закону, так как Моисей утверждал, что все получил от Бога.