Арест народного лидера вызвал взрыв негодования, и в стране развернулось движение за его освобождение. Бельгийскому правительству пришлось освободить П. Лумумбу. 26 января он уже был в Брюсселе и сразу же занял ведущее положение среди конголезских делегатов.
Возвращение П. Лумумбы на родину стало триумфом, хотя сам он понимал, что борьба далеко еще не закончена и бельгийцы легко не сдадут свои позиции. И действительно, бельгийское правительство пыталось использовать все меры, чтобы свести объявленную независимость на "нет", протащив к власти своих ставленников. Однако затраченные на это огромные деньги не принесли желаемых результатов: партия П. Лумумбы получила самое большое число мест в парламенте, а сам он 23 июня 1960 года был утвержден на пост премьер-министра молодой республики.
Страна находилась на грани разрухи: остановились заводы, фабрики и электростанции, переодетые в штатское бельгийские офицеры тайно вывозили валютные фонды Конго. В эти дни П. Лумумба спал мало, но был неутомим в работе: с утра до вечера принимал в своей резиденции людей, приходивших к нему со всевозможными просьбами, предложениями, планами… Он был бесстрашен, и когда ему сообщали о какой-нибудь провокации, брал в руки автомат и отправлялся на место происшествия. Но завершить начатые в стране преобразования ему не пришлось: империалисты начали травлю конголезского лидера, называли его вампиром и
П. Лумумба обратился в Совет безопасности ООН с просьбой прислать войска для защиты от бельгийской агрессии. Однако обращение его не было услышано, и П. Лумумба предпринял решительные действия против бельгийских агрессоров и их ставленников. В конце августа 1960 года правительственная армия под командованием его верного соратника В. Лундулы начала наступление на войска бельгийских ставленников Чомбе и Калонжи, нанесла им ряд поражений и в сентябре вступила на территорию Катанги — главного оплота колониализма в Конго.
Напуганные успехами народной армии, империалисты решили организовать внутренний заговор. 14 сентября полковник Ж. Д. Мобуту совершил военный переворот и заявил, что отстраняет главу государства, парламент и правительство Конго от власти, которая переходит в руки армии. Он сразу же попытался арестовать П. Лумумбу, однако популярность премьер-министра была так велика, что небольшой отряд его охраны неизменно оказывался сильнее агрессоров. Окруженный в своей резиденции, П. Лумумба не мог выйти оттуда без риска быть убитым. Многие его соратники уже томились в тюрьмах, деятельность парламента и сената была парализована, связи с провинциями и верными друзьями в Стэнливиле не было, вдобавок, пришло известие о смерти его маленькой дочери… Бандиты, соорудив гроб, с гиканьем проносят его мимо окон резиденции премьер-министра и кричат:
Хотя резиденция премьер-министра находилась в окружении войск, он решился покинуть ее. Его друзья и помощники М. Мполо и Ж. Окито сжигают ненужные бумаги, а потом вместе с П. Лумумбой в ночь на 27 ноября, обманув стражу, незаметно выбираются из резиденции и на автобусе направляются в Стэнливиль. Ж. Д. Мобуту отдал приказ схватить их еще до того, как они доберутся до места, и его солдаты настигли беглецов у деревни Лоди. П. Лумумбу доставили в Порт-Франки, а оттуда военным самолетом в военный лагерь "Арди" в Тисвиле, где уже находились девять его сторонников.
В письме на имя специального представителя ООН П. Лумумба сообщал: