Поначалу Генрих VIII очень ласково относился к своему советнику-гуманисту, привлек его к работе Королевского совета, назначил докладчиком по прошениям, поступающим на имя короля, спрашивал его мнения по всем важнейшим вопросам. И Т. Мор начал быстро продвигаться по служебной лестнице, последовательно занимая высокие должности. Но успехи нисколько не вскружили ему голову, хотя он был первым выходцем из буржуазии, ставшим первым министром королевства, пост который до него доставался только представителям родовитого дворянства.
Т. Мор был верующим католиком и противником развернувшегося тогда в Европе движения Реформации; он не был согласен со взглядами М. Лютера, а кроме того, считал, что массовые движения могут привести лишь к анархии и разрушениям. В мае 1532 года король предъявил собранию духовенства требования, отвергавшие власть римского папы. Через четыре дня духовенство капитулировало, и это было крахом для Т. Мора, защищавшего в своих трактатах самостоятельную политическую позицию английского духовенства. Т. Мор не мог принять собственную «реформацию» Генриха III, особенно проведенную таким путем и по такому поводу. Он не захотел принять фальшивых доводов своего монарха, который утверждал, что его брак с Екатериной Арагонской «противоестествен», так как сначала она была предназначена в жены его умершему брату Артуру. Зная нрав короля, Т. Мор подал в отставку, чтобы не брать на себя ответственности за его действия. 16 мая в саду при Йоркском дворце бывший советник короля вернул большую государственную печать Англии, но не хотел, чтобы его отставка выглядела демонстрацией, и некоторое время настаивал на том, что она вызвана плохим состоянием здоровья.
Он ушел в личную жизнь, хотя прекрасно понимал, что вряд ли она спасет его от опасности. Правда, и Генрих VIII не сразу решился преследовать своего прежнего советника, так как слишком велико было влияние того среди буржуазии и в придворных кругах. К Т. Мору начали подбираться издалека: сначала было конфисковано его имение, и он лишился средств к жизни. Затем его попытались припутать к делу монахини Елизаветы Бартон, пророчившей гибель королю, если он женится на Анне Болейн. Но дело это было так явно подтасовано, что Т. Мор вышел из него чистым от всякого обвинения, заявив, что всегда скептически относился к «откровениям» и «чудесам», приписываемым этой монахине.
После рождения принцессы Елизаветы — дочери Генриха VIII и Анны Болейн — английский парламент принял новый «Акт о наследовании», по которому дочь короля от его брака с Екатериной Арагонской (принцесса Мария) объявлялась незаконнорожденной, а наследницей объявлялась принцесса Елизавета. Кроме того, в документе отвергались все права римского папы, касающиеся заключения и расторжения брака английского короля, и дела такого рода передавались в компетенцию епископов англиканской церкви. К «Акту» прилагалось постановление о присяге, которую обязан был принести любой подданный по первому требованию короля.
В середине апреля 1534 года, более чем за две недели до вступления «Акта о наследовании» в законную силу, Т. Мора вызвали в специальную комиссию для принятия присяги. Все рассчитывали на то, что вызов в комиссию поможет сломить упрямство бывшего советника. Король добивался юридического оформления своего главенства над церковью, но Т. Мор отказался присягнуть по многим пунктам «Акта», согласившись лишь, и то в виде уступки, признать принцессу Елизавету наследницей английского трона. За этот отказ его обвинили в государственной измене и 17 апреля отправили в Вестминстерское аббатство, где он просидел четыре дня, пока король совещался со своими министрами, какие принять в отношении упрямца меры. Потом Т. Мора перевели в Тауэр, но он продолжал заявлять: