К тюрьме примыкал сад, в котором именитым заключенным разрешалось совершать прогулки. Сад был обнесен стеной, но против нее в одном месте была куча земли, а прямо к стене примыкала небольшая улочка, ведущая к Роне. Крыши двух-трех построек находились близко от тюремной стены… Утром 7 апреля Сервет попросил у тюремщика ключ от сада. Было рано, на узнике был надет ночной халат, и стражник решил, что тому не спится, он хочет прогуляться, и дал ему ключ. Сервет подождал некоторое время, пока стражник удалится, потом, сложив под деревом халат, побежал к стене, перелез через нее и благополучно добрался до реки.
Обнаружив бегство еретика, власти обыскали все расположенные рядом дома, но даже самые тщательные розыски по всем городам Франции не дали результата. Однако 17 июня 1553 года суд над М. Серветом все же был устроен: скамья, на которой должен был бы находиться подсудимый, пустовала, но приговор ему был вынесен. Суд постановил предать Михаила Вилланова, выступившего против христианского учения, сожжению живым на медленном огне, а пока были сожжены кукольное изображение еретика и пять тюков с экземплярами книги «Восстановление христианства».
А М. Сервет скрывался в это время у друзей, хотя положение его было отчаянным: в любой католической стране его ждала кара, объявленная судом города Вьенна. Он не мог появляться на улицах, и, казалось, не было на земле места, где бы он мог чувствовать себя в безопасности. Он покинул Францию и направился в Италию, но по дороге посетил Женеву, где не было инквизиции. Пускай они расходятся с Ж. Кальвиным во взглядах, но не пойдет же тот по стопам инквизиторов… Однако Сервет не знал, что, осуждая инквизиторов, Ж. Кальвин проявлял не меньшую жестокость по отношению к тем, кто отвергал его собственное учение и шел против его воли.
Едва Сервет появился в Женеве, как Ж. Кальвин тут же опознал его, и женевская консистория «сочла правильным заключить Сервета в тюрьму, дабы лишить возможности и далее отравлять мир своей ересью и богохульством, поскольку он известен как человек неисправимый и безнадежный». Те же четыре стены, то же маленькое окошко под потолком и тот же неусыпный надзор тюремщика в узкий глазок двери, обитой железом… Но по законам Женевы обвинитель тоже должен был находиться в тюрьме до тех пор, пока не доказана вина обвиняемого. Однако Ж. Кальвин препоручил обязанности обвинителя своему секретарю Никола де ля Фонтену, который представил на суд написанный рукой реформатора донос на Сервета.
Снова начались расследования и мучительные допросы, вновь от Сервета потребовали, чтобы он отрекся от своих взглядов, вновь начались споры между обвинителем и обвиняемым, которому было предъявлено 49 обвинений: в подрыве устоев христианской религии, отождествлении Бога с природой, выступлениях против Троицы, поддержке мятежных крестьян и т. д. Его обвиняли даже в том, что он бежал от суда католиков… Сервет опровергал все обвинения, заявляя, что выступал не против христианской веры, а за освобождение этого учения от всех извращений, которые внесли в него люди, слишком заботящиеся о своем земном благополучии. Он выступал не против церкви вообще, а против той церкви, которая душит свободную мысль и всякое стремление к познанию истины, если эта истина расходилась с установленными догматами.
Судьи оказались в затруднении, так как ничего не могли возразить ему. И тогда на судебное заседание пришел сам Ж. Кальвин, но и ему не удалось разбить доводы Сервета. И тогда он обвинил его в подрыве государственных устоев, что могло вызвать серьезные политические последствия. Опровергнуть такое обвинение оказалось не так-то просто…
Проходили дни, недели, месяцы; судьи колебались и не решались вынести Сервету смертный приговор, не желая брать на себя такую ответственность. Но Кальвин, никогда не прощавший своих врагов, был непреклонен; ему удалось навязать суду свою точку зрения, и тот приговорил Сервета к сожжению. Тем не менее, Кальвин решил проявить «милосердие»: он выступил против столь жестокого приговора и настаивал на том, чтобы преступнику отрубили голову. На этот раз «немилосердными» оказались судьи…
Ранним утром 27 октября 1553 года на улицах Женевы, ведущих от городской тюрьмы к холму Шампель, начали собираться люди. Стоя группами, они обсуждали предстоящее событие — сожжение еретика, осмелившегося критиковать святое учение. Ждать пришлось долго: только около полудня отворились массивные ворота тюрьмы, и в сопровождении алебардщиков вышел изможденный, скованный цепями человек в изорванной одежде. Сервет с трудом поднял руку, прикрывая ладонью глаза, много дней не видевшие дневного света. А потом жадно вдохнул воздух и покачнулся, опьяненный его свежестью… С трудом сделал шаг: свинцовая тяжесть сковала измученное пытками тело, но он стиснул зубы и медленно пошел по мостовой. Никто не должен был видеть, как ему тяжело, он не склонял головы, когда тюремщики терзали его, требуя раскаяться в грехах, не склонит ее и в свой смертный час…