Однако Эрик XIV не хотел подписывать этих условий, чему мешали его обыкновенные фантазии. Так, например, он мечтал закопать где-нибудь 50 000 червонцев и много серебра, а потом тайно скрыться и набрать солдат, хотя магистрат Стокгольма уже вступил в тайные переговоры с его братьями. Многие советники оставили короля и перешли на сторону герцогов, намереваясь, однако, ходатайствовать о сносных для него условиях сдачи. Эрик XIV был свергнут с престола и заключен в крепость Грипсхольм, где в свое время сидел его брат Юхан. Короля отвели сначала в его собственную комнату, но потом перевели в другую — с железной решеткой, где его охраняли самые злейшие его враги. Отсюда Эрик XIV посылал много писем своему брату и его супруге, прося их о милосердии. В одном из них он писал, что
В своих письмах Эрик XIV никогда не называл брата Юхана королем, присваивая ему только титул наследного принца и государственного правителя. В письме к невестке просил ее ходатайствовать о них перед супругом и притом не забывать, сколь непостоянно счастье и как часто короны сменяются на узы. Однако все эти послания не изменили участи Эрика XIV, и в середине января 1569 года государственные чиновники начали решать дело о положении несчастного короля. Его привели в замковую церковь и предъявили обвинения: он поступал против государства как ужасный неприятель и тиран; восставал уже против своего отца и его огорчал, но по ходатайству брата его, герцога Юхана, остался наследником престола, однако же потом не соблюдал ни присяги, ни обетов, ни письменных обязательств; братьям своим и другим, коих ненавидел, расставлял бесчисленные сети, чтобы с ними войти в споры; посягал на имения, честь и жизнь безвинных людей; убивал и собственной рукой проливал кровь безвинную; нарушал шведские законы —
Эрик XIV сам выступал в свою защиту, всю вину возложив на дворянство. На суде не приняли во внимание, что порой король был не в своем рассудке, а также и то, что сами чиновники прежде одобряли его в тех пунктах, в которых сейчас обвиняли. Короля посадили в мрачную темницу, где он днем и ночью сносил голод и холод, смрад и беспокойство, оскорбления и ругательства. Один из стражников даже прострелил ему руку и, не перевязав, надолго оставил его лежать в крови. В одной из жалоб брату Юхану король писал:
Бог ведает, сколь бесчестно поступали с ним двадцать две недели, и он не может подумать, чтобы жестокости сии чинились по повелению брата: ни един день не проходит без нового унижения. Его лишили Божьего слова, и оне двенадцать воскресных дней никакой проповеди не слышал, так как Библию у него отняли с прочими вещами. И хотя бы он и был виновен во всем, что на него возложили, однако ж королевское тело его довольно уж за то наказано…